Amplikonide järjestamine (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) järjestamine Illumina abil on meetod mikroobide mitmekesisuse analüüsimiseks, identifitseerides mikroobide profiilid vastavalt nende järjestustele ja püüdes seejärel dešifreerida kogukonna rikkust ja mitmekesisust igas proovis ja proovide vahel. BMKCloud Amplicon (NGS) torujuhe võimaldab analüüsida 16S, 18S, ITS ja mitut funktsionaalset geeni. See algab lugemise kärpimise, paarisotsa lugemise kokkupanemise ja kvaliteedi hindamisega, millele järgneb sarnaste lugemite rühmitamine, et genereerida operatiivseid taksonoomilisi ühikuid (OTU), mida kasutatakse kuues erinevas analüüsijaos. Taksonoomiline annotatsioon annab teavet iga proovi suhtelise arvukuse ja koostise kohta, alfa- ja beeta mitmekesisuse analüüsid aga keskenduvad mikroobide mitmekesisusele vastavalt proovide sees ja nende vahel. Rühmadevaheline diferentsiaalanalüüs leiab nii parameetriliste kui ka mitteparameetriliste testide abil OTU-d, mis erinevad, samas kui korrelatsioonianalüüs seostab need erinevused keskkonnateguritega. Lõpuks ennustatakse funktsionaalse geeni arvukust markergeenide arvukuse põhjal, mis annab ülevaate iga proovi funktsioonist ja ökoloogiast.