Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Logi sisse

Tooted

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S ja 18S rRNA geenid koos ITS (Internal Transcribed Spacer) piirkonnaga toimivad pöördeliste molekulaarsete sõrmejälgede markeritena tänu nende väga konserveerunud ja hüpermuutlike piirkondade kombinatsioonile, muutes need hindamatuteks tööriistadeks prokarüootsete ja eukarüootsete organismide iseloomustamiseks. Nende piirkondade võimendamine ja järjestamine pakuvad isolatsioonivaba lähenemisviisi mikroobide koostise ja mitmekesisuse uurimiseks erinevates ökosüsteemides. Kuigi Illumina sekveneerimine on tavaliselt suunatud lühikestele hüpervarieeruvatele piirkondadele, nagu 16S ja ITS1 V3-V4, on näidatud, et parem taksonoomiline annotatsioon on saavutatav 16S, 18S ja ITS täispikkuses sekveneerimisega. Selle kõikehõlmava lähenemisviisi tulemuseks on täpselt klassifitseeritud järjestuste suurem protsent, saavutades eraldusvõime taseme, mis ulatub liikide tuvastamiseni. PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekveneerimisplatvorm paistab silma, pakkudes ülitäpset pikka lugemist (HiFi), mis katab täispikad amplikonid, konkureerides Illumina sekveneerimise täpsusega. See võimalus võimaldab teadlastel saavutada ületamatu eelise - panoraamvaade geneetilisele maastikule. Laiendatud katvus suurendab oluliselt liikide annotatsiooni eraldusvõimet, eriti bakterite või seente kooslustes, võimaldades sügavamalt mõista mikroobipopulatsioonide keerukust.

Võtke meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Esiletõstetud väljaanded

Teenuse funktsioonid

● Järjestusplatvorm: PacBio Revio

● Järjestusrežiim: CCS (HiFi lugemised)

● Sihtpiirkonna võimendamine, millele järgneb amplikonide tandemlinkimine enne HiFi SMRT kella raamatukogu ettevalmistamist

Teenuse eelised

●Kõrgem taksonoomiline eraldusvõime: Than lühikeste amplikonide järjestamine,võimaldades kõrgemaid OTU klassifikatsiooni määrasid liigi tasandil.

●Väga täpne baaskõne: PacBio CCS-režiimi järjestamine (HiFi loeb).

●Isolatsioonivaba: Mikroobse koostise kiire tuvastamine keskkonnaproovides.

●Laialdaselt rakendatav: Erinevad mikroobikoosluse uuringud.

●Põhjalik bioinformaatiline analüüs: uusim QIIME2 pakett (kvantitatiivne ülevaade mikroobide ökoloogiast), mis sisaldab erinevaid analüüse andmebaasi, annotatsiooni, OTU/ASV osas.

●Laialdased teadmised: Igal aastal läbiviidavate tuhandete amplikonide järjestamise projektidega pakub BMKGENE üle kümne aasta pikkuse kogemuse, kõrgelt kvalifitseeritud analüüsimeeskonna, igakülgse sisu ja suurepärase müügijärgse toe.

Teenuse spetsifikatsioonid

Raamatukogu	Järjestusstrateegia	Soovitatavad andmed
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 K sildid (CCS)

Näidisnõuded

Kontsentratsioon (ng/µL)	Kogusumma (µg)	Maht (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Soovitatav näidiste kohaletoimetamine

Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tunniks ja säilitage vedelas lämmastikus või -80 kraadises pikaajalises reservatsioonis. Näidis saatmine kuiva jääga on nõutav.

Teeninduse töövoog

Näidiste kohaletoimetamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Eelmine: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Järgmine: Transposaasile ligipääsetava kromatiini analüüs suure läbilaskevõimega sekveneerimisega (ATAC-seq)

Sisaldab järgmist analüüsi:

● Toorandmete kvaliteedi kontroll

●OTU rühmitamine/müra eemaldamine (ASV)

●OTU annotatsioon

●Alfa mitmekesisuse analüüs: mitu indeksit, sh Shannon, Simpson ja ACE.

●Beeta mitmekesisuse analüüs

●Rühmadevaheline analüüs

●Korrelatsioonianalüüs: keskkonnategurite ja OUT koostise ja mitmekesisuse vahel

●16S funktsionaalse geeni ennustamine

Taksonoomilise jaotuse histogramm

Kogukonna leviku fülogeneetiline puu

Alfa mitmekesisuse analüüs: ACE

indeks

Beeta mitmekesisuse analüüs: PCoA

Rühmadevaheline analüüs: ANOVA

Avastage BMKGene'i amplikonide järjestamise teenuste pakutavaid edusamme koos PacBioga kureeritud väljaannete kogu kaudu.

Gao, X. ja Wang, H. (2023) „Matsas asuvate bakterite profiilide ja funktsioonide võrdlev analüüs erinevate fenoloogiatega (Regreen vs. Grassy) kohanemisel alpi meriinolammastel, kellel on kaks kasvufaasi alpiniidul”, Fermentatsioon, 9( 1), lk. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) „Mikroobse tumeaine püüdmine kõrbemuldades kulturoomikal põhineva metagenoomika ja kõrge eraldusvõimega analüüsi abil”, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), lk 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) „Rasvhapete soolade mõju käärimisomadustele, bakterite mitmekesisusele ja lutserni, riisiõlgede ja nisukliidega valmistatud segasilo aeroobsele stabiilsusele”, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), lk 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) Oksüdatiivse stressi biomarkerite ja soolestiku mikrobiota koostoime Sonchus brachyotus DC ekstraktide antioksüdantsetes mõjudes. in Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish, Antioxidants 2023, Vol. 12, lk 192, 12(1), lk. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.