16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Teenuse funktsioonid
● Järjestusplatvorm: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S ja ITS lühikeste piirkondade võimendamine muude võimendussihtmärkide hulgas.
● Amplikoni paindlikud valikud.
● Eelnev projektikogemus mitme võimenduse sihtmärgiga.
Teenuse eelised
●Isolatsioonivaba:Mikroobse koostise kiire tuvastamine keskkonnaproovides.
●Kõrge eraldusvõime: Keskkonnaproovide vähese sisaldusega komponentides.
●Laialdaselt kasutatav: Erinevad mikroobikoosluse uuringud.
●Põhjalik bioinformaatiline analüüs: uusim QIIME2 pakett (kvantitatiivne ülevaade mikroobide ökoloogiast), mis sisaldab erinevaid analüüse andmebaasi, annotatsiooni, OTU/ASV osas.
●Laialdased teadmised: Aastas läbiviidava 150 tuhande amplikonide järjestamise projektiga toob BMKGENE üle kümne aasta pikkuse kogemuse, kõrgelt kvalifitseeritud analüüsimeeskonna, igakülgse sisu ja suurepärase müügijärgse toe.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300 000 sildid (lugemispaarid) |
Nõuded teenindusele
| Kontsentratsioon (ng/µL) | Kogusumma (ng) | Maht (µL) |
| ≥1 | ≥ 200 | ≥20 |
● Muld/muda: 1-2g
● Soolesisu-loom: 0,5-2g
● Soolesisu-putukas: 0,1-0,25g
● Taimepind (rikastatud sete): 0,1-0,5g
● Käärimispuljongiga rikastatud sete): 0,1–0,5 g
● Väljaheited (suurloomad): 0,5-2g
● Väljaheited (hiir): 3-5 tera
● Kopsualveolaarne loputusvedelik: filterpaber
● Vaginaalne tampoon: 5-6 tampooni
● Naha/suguelundite tampooni/sülje/suu pehmete kudede/neelu tampoon/rektaalne tampoon: 2-3 tampooni
● Pinna mikroorganismid: filterpaber
● Veekogu/õhk/biokile: filterpaber
● Endofüüdid: 1-2g
● Hambakatt: 0,5-1g
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
- Toorandmete kvaliteedi kontroll
- OTU rühmitamine / müra eemaldamine (ASV)
- OTU annotatsioon
- Alfa mitmekesisuse analüüs: mitu indeksit, sealhulgas Shannon, Simpson ja ACE.
- Beeta mitmekesisuse analüüs
- Gruppidevaheline analüüs
- Korrelatsioonianalüüs: keskkonnategurite ja OUT koostise ja mitmekesisuse vahel
- 16S funktsionaalse geeni ennustamine
Taksonoomilise jaotuse histogramm
taksonoomilise arvukuse rühmitamise soojuskaart
Alfa mitmekesisuse analüüs: harulduse kõver
beeta mitmekesisuse analüüs: NMDS
Rühmadevaheline analüüs: LEFSE biomarkeri avastamine
Avastage BMKGene'i amplikonide järjestusteenuste edusamme Illumina abil kureeritud väljaannete kogu kaudu.
Dong, C. et al. (2022) „Risosfääri pinnase ja koore mikrobioota kokkupanek, tuummikrobioota ja funktsioon Eucommia ulmoides’is”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) „Sünteetiliste bakterite konsortsiumi siirdamine Gardnerella vaginalisest põhjustatud bakteriaalse vaginoosi raviks hiirtel”, Microbiome, 11(1), lk 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. ja Liu, H. (2022) „Maapealse suletud bioregeneratiivse elu toetamise katse „Lunar Palace 365” käigus kogutud õhutolmu mikrobioomid”, Environmental Microbiomes, 17(1), lk. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) Lämmastiku transformatsiooniga seotud funktsionaalsete geenide lähteainest sõltuv arvukus kontrollis lämmastikukadu kompostimisel, Bioresource Technology, 361, lk. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
