Secuenciación de transcriptoma completo - Illumina
Características
● Biblioteca dual para secuenciar el transcriptoma completo: agotamiento de rRNA seguido de la preparación y selección de tamaño de la biblioteca PE150 seguida de la preparación de la biblioteca SE50
● Análisis bioinformático completo de ARNm, lncRNA, circRNA y miRNA en informes bioinformáticos separados
● Análisis conjunto de toda la expresión de ARN en un informe combinado, incluido el análisis de redes de CERNA.
Ventajas de servicio
●Análisis en profundidad de redes reguladoras: El análisis de la red de CERNA está habilitado por la secuenciación conjunta de ARNm, lncRNA, circRNA y miRNA y por un flujo de trabajo bioinformático exhaustivo.
●Anotación integral: Utilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes expresados diferencialmente (DEG) y realizamos el análisis de enriquecimiento correspondiente, proporcionando información sobre los procesos celulares y moleculares subyacentes a la respuesta del transcriptoma.
●Experiencia extensa: Con un historial de cierre con éxito en 2100 proyectos de transcriptoma completo en varios dominios de investigación, nuestro equipo aporta una gran experiencia a cada proyecto.
●Control de calidad riguroso: Implementamos puntos de control básicos en todas las etapas, desde la preparación de la muestra y la biblioteca hasta la secuenciación y la bioinformática. Este monitoreo meticuloso garantiza la entrega de resultados consistentemente de alta calidad.
●Soporte post-ventas: Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio posterior a la venta de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia de solución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| ARNr agotado | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Tamaño seleccionado | Illumina SE50 | Lecturas de 10-20m |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
| Conc. (Ng/μL) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Contaminación limitada o sin proteína o ADN que se muestra en el gel. | Rin≥6.0 5.0≥28s/18S≥1.0; Elevación limitada o no de referencia |
Entrega de muestra recomendada
Contenedor: 2 ml de tubo de centrífuga (no se recomienda la láminas de aluminio)
Etiquetado de muestra: grupo+replicar, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Picla de secado: las muestras deben empacarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos rnastables: las muestras de ARN se pueden secar en el tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNASTable®) y enviar a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo de servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
Extracción de ARN
Construcción de la biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posteriores
Bioinformática
Descripción general de la expresión de ARN
Genes expresados diferencialmente
análisis de CERNA
MiRNAs expresados diferencialmente y ARN relacionados
Explore los avances de investigación facilitados por los servicios de secuenciación de transcriptomas completos de BMKGene a través de una colección curada de publicaciones.
Dai, Y. et al. (2022) 'Perfiles de expresión integrales de ARNm, LNCRNA y miRNA en la enfermedad de Kashin-Beck identificados por secuenciación de ARN', Molecular Omics, 18 (2), pp. 154-166. doi: 10.1039/d1mo00370d.
Liu, N. Nan et al. (2022) 'Análisis de transcriptomas completos de resistencia al frío de APIS cerana en la montaña Changbai durante el período de invierno', Gene, 830, pp. 146503–146503. doi: 10.1016/j.gene.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Priorización basada en la integración múltiple múltiple de redes de regulación de ARN endógeno competidoras en cáncer de pulmón de células pequeñas: características moleculares y candidatos a fármacos', Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. Doi: 10.3389/fonc.2022.904865/bibtex.
Xu, P. et al. (2022) 'El análisis integrado de los perfiles de expresión de lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA revela nuevas ideas sobre los posibles mecanismos en respuesta a los nematodos nudos de la raíz en el maní', BMC Genomics, 23 (1), pp. 1-12. doi: 10.1186/s12864-022-08470-3/figuras/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'La secuenciación de ARN de transcriptoma completo destaca los mecanismos moleculares asociados con el mantenimiento de la calidad posterior a la cosecha en el brócoli por irradiación LED roja', Biología y Tecnología de poscosecha, 188, p. 111878. Doi: 10.1016/j.postharvbio.2022.111878.
