Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
La secuenciación con bisulfito de representación reducida (RRBS) ha surgido como una alternativa rentable y eficiente a la secuenciación con bisulfito del genoma completo (WGBS) en la investigación de la metilación del ADN. Si bien WGBS proporciona información integral al examinar todo el genoma con una resolución de base única, su alto costo puede ser un factor limitante. RRBS mitiga estratégicamente este desafío al analizar selectivamente una porción representativa del genoma. Esta metodología se basa en el enriquecimiento de regiones ricas en islas CpG mediante escisión de MspI seguida de una selección de tamaño de fragmentos de 200-500/600 pb. En consecuencia, solo se secuencian las regiones próximas a las islas CpG, mientras que aquellas con islas CpG distantes se excluyen del análisis. Este proceso, combinado con la secuenciación con bisulfito, permite la detección de alta resolución de la metilación del ADN, y el enfoque de secuenciación, PE150, se centra específicamente en los extremos de los insertos en lugar de en el medio, lo que aumenta la eficiencia del perfil de metilación. El RRBS es una herramienta invaluable que permite una investigación rentable sobre la metilación del ADN y avanza en el conocimiento de los mecanismos epigenéticos.
Características del servicio
● Requiere un genoma de referencia.
● El ADN Lambda se utiliza para controlar la eficiencia de la conversión de bisulfito.
● También se controla la eficiencia de la digestión de MspI.
● Digestión doble enzimática para muestras de plantas.
● Secuenciación en Illumina NovaSeq.
Ventajas del servicio
●Alternativa rentable y eficiente a WGBS: permitiendo que el análisis se realice a un menor coste y con menores requisitos de muestra.
●Plataforma completa:Brindamos un excelente servicio integral desde el procesamiento de muestras, la construcción de bibliotecas y la secuenciación hasta el análisis bioinformático.
●Amplia experiencia: con proyectos de secuenciación RRBS completados con éxito en una amplia gama de especies, BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente capacitado, contenido integral y un excelente soporte posventa.
Especificaciones de servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Salida de datos recomendada | Control de calidad |
| Biblioteca digerida con MspI y tratada con bisulfito | Iluminación PE150 | 8GB | Q30 ≥ 85% Conversión de bisulfito > 99% Eficiencia de corte MspI > 95% |
Requisitos de muestra
| Concentración (ng/μL) | Cantidad total (μg) |
| |
| ADN genómico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradación o contaminación limitada |
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios postventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de secuenciación sin procesar;
● Mapeo del genoma de referencia;
● Detección de bases metiladas de 5 mC e identificación de motivos;
● Análisis de la distribución de metilación y comparación de muestras;
● Análisis de regiones metiladas diferencialmente (DMR);
● Anotación funcional de genes asociados a DMR.
Control de calidad: eficiencia de la digestión (en mapeo del genoma)
Control de calidad: conversión de bisulfito (en extracción de información de metilación)
Mapa de metilación: distribución de todo el genoma de metilación de 5 mC
Comparación de muestras: análisis de componentes principales
Análisis de regiones metiladas diferencialmente (DMR): mapa de calor
Explore los avances en la investigación facilitados por los servicios de secuenciación de bisulfito del genoma completo de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Li, Z. y col. (2022) 'Reprogramación de alta fidelidad en células similares a Leydig mediante activación CRISPR y factores paracrinos',Nexo PNAS, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. y col. (2023) 'Análisis de metilación del ADN de todo el genoma de la composición corporal en gemelos monocigóticos chinos',Revista europea de investigación clínica, 53(11), pág. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilación del ADN y relación cintura-cadera: un estudio de asociación de todo el epigenoma en gemelos monocigóticos chinos',Revista de investigación endocrinológica, 45(12), págs. 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
