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BMKMANU S3000_Transcriptoma espacial
La transcriptómica espacial está a la vanguardia de la innovación científica y permite a los investigadores profundizar en intrincados patrones de expresión genética dentro de los tejidos preservando al mismo tiempo su contexto espacial. En medio de varias plataformas, BMKGene ha desarrollado el chip de transcriptoma espacial BMKManu S3000, que cuenta con una resolución mejorada de 3,5 µm, alcanza el rango subcelular y permite configuraciones de resolución de múltiples niveles. El chip S3000, que presenta aproximadamente 4 millones de puntos, emplea micropocillos en capas con perlas cargadas con sondas de captura con códigos de barras espaciales. Se prepara una biblioteca de ADNc, enriquecida con códigos de barras espaciales, a partir del chip S3000 y posteriormente se secuencia en la plataforma Illumina NovaSeq. La combinación de muestras con códigos de barras espaciales y UMI garantiza la precisión y especificidad de los datos generados. El chip BMKManu S3000 es extremadamente versátil y ofrece configuraciones de resolución de múltiples niveles que se pueden ajustar con precisión a diferentes tejidos y niveles de detalle deseados. Esta adaptabilidad posiciona al chip como una excelente opción para diversos estudios de transcriptómica espacial, asegurando una agrupación espacial precisa con un ruido mínimo. El uso de la tecnología de segmentación celular con BMKManu S3000 permite la delimitación de datos transcripcionales hasta los límites de las células, lo que da como resultado un análisis que tiene un significado biológico directo. Además, la resolución mejorada de S3000 da como resultado un mayor número de genes y UMI detectados por célula, lo que permite un análisis mucho más preciso de los patrones de transcripción espacial y la agrupación de células.
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Secuenciación de ARN de núcleo único
El desarrollo de técnicas de captura unicelular y construcción de bibliotecas personalizadas, junto con la secuenciación de alto rendimiento, ha revolucionado los estudios de expresión génica a nivel celular. Este avance permite un análisis más profundo y completo de poblaciones de células complejas, superando las limitaciones asociadas con el promedio de la expresión genética en todas las células y preservando la verdadera heterogeneidad dentro de estas poblaciones. Si bien la secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) tiene ventajas innegables, enfrenta desafíos en ciertos tejidos donde la creación de una suspensión unicelular resulta difícil y requiere muestras nuevas. En BMKGene, abordamos este obstáculo ofreciendo secuenciación de ARN de un solo núcleo (snRNA-seq) utilizando la tecnología de última generación 10X Genomics Chromium. Este enfoque amplía el espectro de muestras susceptibles de análisis del transcriptoma a nivel unicelular.
El aislamiento de los núcleos se logra mediante el innovador chip 10X Genomics Chromium, que presenta un sistema de microfluidos de ocho canales con cruces dobles. Dentro de este sistema, perlas de gel que incorporan códigos de barras, cebadores, enzimas y un solo núcleo se encapsulan en gotas de aceite del tamaño de un nanolitro, formando perlas de gel en emulsión (GEM). Después de la formación de GEM, dentro de cada GEM se produce la lisis celular y la liberación de códigos de barras. Posteriormente, las moléculas de ARNm se someten a una transcripción inversa en ADNc, incorporando códigos de barras 10X e identificadores moleculares únicos (UMI). Luego, estos ADNc se someten a la construcción de una biblioteca de secuenciación estándar, lo que facilita una exploración sólida y completa de los perfiles de expresión génica a nivel unicelular.
Plataforma: Plataforma 10× Genomics Chromium y Illumina NovaSeq
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Transcriptoma espacial 10x Genomics Visium
La transcriptómica espacial es una tecnología de vanguardia que permite a los investigadores investigar patrones de expresión genética dentro de los tejidos preservando al mismo tiempo su contexto espacial. Una plataforma poderosa en este dominio es 10x Genomics Visium junto con la secuenciación de Illumina. El principio de 10X Visium reside en un chip especializado con un área de captura designada donde se colocan secciones de tejido. Esta área de captura contiene puntos con códigos de barras, cada uno de los cuales corresponde a una ubicación espacial única dentro del tejido. Luego, las moléculas de ARN capturadas del tejido se etiquetan con identificadores moleculares únicos (UMI) durante el proceso de transcripción inversa. Estos puntos con códigos de barras y UMI permiten un mapeo espacial preciso y la cuantificación de la expresión genética con una resolución unicelular. La combinación de muestras con códigos de barras espaciales y UMI garantiza la precisión y especificidad de los datos generados. Al utilizar esta tecnología de transcriptómica espacial, los investigadores pueden obtener una comprensión más profunda de la organización espacial de las células y las complejas interacciones moleculares que ocurren dentro de los tejidos, ofreciendo información invaluable sobre los mecanismos subyacentes a los procesos biológicos en múltiples campos, incluida la oncología, la neurociencia, la biología del desarrollo y la inmunología. y estudios botánicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
