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Interacción de cromatina basada en Hi-C
Hi-C es un método diseñado para capturar la configuración genómica combinando interacciones basadas en proximidad y secuenciación de alto rendimiento. El método se basa en la reticulación de la cromatina con formaldehído, seguida de digestión y religación de manera que sólo los fragmentos que están unidos covalentemente formen productos de ligación. Al secuenciar estos productos de ligadura, es posible estudiar la organización tridimensional del genoma. Hi-C permite estudiar la distribución de las porciones del genoma que están ligeramente empaquetadas (compartimentos A, eucromatina) y con mayor probabilidad de ser transcripcionalmente activas, y las regiones que están más compactas (compartimentos B, heterocromatina). Hi-C también se puede utilizar para identificar dominios topológicamente asociados (TAD), regiones del genoma que tienen estructuras plegadas y probablemente tengan patrones de expresión similares, y para identificar bucles de cromatina, regiones de ADN que están unidas entre sí por proteínas y que están a menudo enriquecidos con elementos regulatorios. El servicio de secuenciación Hi-C de BMKGene permite a los investigadores explorar las dimensiones espaciales de la genómica, abriendo nuevas vías para comprender la regulación del genoma y sus implicaciones en la salud y la enfermedad.
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Secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq)
La inmunoprecipitación de cromatina (CHIP) es una técnica que aprovecha los anticuerpos para enriquecer selectivamente las proteínas de unión al ADN y sus correspondientes objetivos genómicos. Su integración con NGS permite el perfilado de todo el genoma de objetivos de ADN asociados con la modificación de histonas, factores de transcripción y otras proteínas de unión al ADN. Este enfoque dinámico permite comparaciones de sitios de unión entre diversos tipos de células, tejidos o condiciones. Las aplicaciones de ChIP-Seq abarcan desde el estudio de la regulación transcripcional y las vías de desarrollo hasta el esclarecimiento de los mecanismos de las enfermedades, lo que lo convierte en una herramienta indispensable para comprender los paisajes de regulación genómica y avanzar en conocimientos terapéuticos.
Plataforma: Illumina NovaSeq
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Secuenciación de bisulfito del genoma completo (WGBS)
La secuenciación con bisulfito del genoma completo (WGBS) es la metodología estándar de oro para la exploración en profundidad de la metilación del ADN, específicamente la quinta posición en la citosina (5-mC), un regulador fundamental de la expresión genética y la actividad celular. El principio subyacente del WGBS implica el tratamiento con bisulfito, que induce la conversión de citosinas no metiladas en uracilo (C a U), dejando las citosinas metiladas sin cambios. Esta técnica ofrece resolución de base única, lo que permite a los investigadores investigar exhaustivamente el metiloma y descubrir patrones de metilación anormales asociados con diversas afecciones, en particular el cáncer. Al emplear WGBS, los científicos pueden obtener conocimientos incomparables sobre los paisajes de metilación de todo el genoma, proporcionando una comprensión matizada de los mecanismos epigenéticos que subyacen a diversos procesos biológicos y enfermedades.
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Ensayo de cromatina accesible a transposasa con secuenciación de alto rendimiento (ATAC-seq)
ATAC-seq es una técnica de secuenciación de alto rendimiento utilizada para el análisis de accesibilidad de la cromatina en todo el genoma. Su uso proporciona una comprensión más profunda de los complejos mecanismos del control epigenético global sobre la expresión genética. El método utiliza una transposasa Tn5 hiperactiva para fragmentar y etiquetar simultáneamente regiones abiertas de cromatina mediante la inserción de adaptadores de secuenciación. La amplificación por PCR posterior da como resultado la creación de una biblioteca de secuenciación que permite la identificación integral de regiones de cromatina abiertas en condiciones espacio-temporales específicas. ATAC-seq proporciona una visión holística de los paisajes de cromatina accesibles, a diferencia de los métodos que se centran únicamente en sitios de unión de factores de transcripción o regiones específicas modificadas por histonas. Al secuenciar estas regiones de cromatina abiertas, ATAC-seq revela regiones con mayor probabilidad de activar secuencias reguladoras y posibles sitios de unión de factores de transcripción, lo que ofrece información valiosa sobre la modulación dinámica de la expresión génica en todo el genoma.
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Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
La secuenciación con bisulfito de representación reducida (RRBS) ha surgido como una alternativa rentable y eficiente a la secuenciación con bisulfito del genoma completo (WGBS) en la investigación de la metilación del ADN. Si bien WGBS proporciona información integral al examinar todo el genoma con una resolución de base única, su alto costo puede ser un factor limitante. RRBS mitiga estratégicamente este desafío al analizar selectivamente una porción representativa del genoma. Esta metodología se basa en el enriquecimiento de regiones ricas en islas CpG mediante escisión de MspI seguida de una selección de tamaño de fragmentos de 200-500/600 pb. En consecuencia, solo se secuencian las regiones próximas a las islas CpG, mientras que aquellas con islas CpG distantes se excluyen del análisis. Este proceso, combinado con la secuenciación con bisulfito, permite la detección de alta resolución de la metilación del ADN, y el enfoque de secuenciación, PE150, se centra específicamente en los extremos de los insertos en lugar de en el medio, lo que aumenta la eficiencia del perfil de metilación. El RRBS es una herramienta invaluable que permite una investigación rentable sobre la metilación del ADN y avanza en el conocimiento de los mecanismos epigenéticos.
