Mapa de calor
La herramienta Heatmap acepta un archivo de datos matriciales como entrada y permite a los usuarios filtrar, normalizar y agrupar datos. El principal caso de uso de los mapas de calor es el análisis de conglomerados del nivel de expresión genética entre diferentes muestras.
Anotación genética
La herramienta Gene Annotation realiza anotaciones genéticas basadas en la alineación de secuencias de archivos FASTA de entrada con varias bases de datos.
Herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST)
La herramienta BLAST es una versión integrada de BMKCloud de NCBI BLAST y se puede utilizar para realizar las mismas funciones utilizando los datos cargados en la cuenta de BMKCloud.
Predicción CDS_UTR
La herramienta de predicción CDS_UTR está diseñada para predecir regiones codificantes (CDS) y regiones no codificantes (UTR) en secuencias de transcripción determinadas basándose en resultados BLAST frente a bases de datos de proteínas conocidas y resultados de predicción ORF.
Parcela de Manhattan
La herramienta Manhattan Plot permite la visualización de experimentos con un gran número de muestras y se utiliza habitualmente en estudios de asociación de todo el genoma (GWAS).
Diagrama de circo
La herramienta CIRCOS Diagram proporciona una visualización eficaz de cómo se distribuyen las características genómicas en todo el genoma. Las características comunes incluyen loci cuantitativos, SNP, InDels, variantes estructurales y de número de copias.
Enriquecimiento de ontología genética (GO)
La herramienta GO Enrichment proporciona un análisis de enriquecimiento funcional. El software principal de esta herramienta es el paquete TopGO-Bioconductor, que incluye análisis de expresión diferencial, análisis de enriquecimiento GO y visualización de los resultados.
Análisis de red de coexpresión de genes ponderados (WGCNA)
WGCNA es un método de extracción de datos ampliamente utilizado para descubrir módulos de coexpresión de genes. Es aplicable a varios conjuntos de datos de expresión, incluidos microarrays y datos de expresión de genes NGS.
InterProScan
La herramienta InterProScan proporciona análisis y clasificación de secuencias de proteínas InterPro.
Enriquecimiento GO KEGG
La herramienta de enriquecimiento GO KEGG está diseñada para generar un histograma de enriquecimiento GO, un histograma de enriquecimiento KEGG y una vía de enriquecimiento KEGG en función de un conjunto de genes proporcionado y la anotación correspondiente.