Secuenciación del genoma completo de planta/animal
Características de servicio
● La preparación de la biblioteca puede ser estándar o sin PCR
● Disponible en 4 plataformas de secuenciación: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 o Pacbio Revio.
● Análisis bioinformático centrado en la detección de variantes: SNP, Indel, SV y CNV
Ventajas de servicio
●Experiencia extensa y registros de publicación: La experiencia acumulada en la secuenciación del genoma para más de 1000 especies ha resultado en más de 1000 casos publicados con un factor de impacto acumulativo de más de 5000.
●Análisis bioinformático integral: Incluyendo llamadas de variación y anotación de funciones.
● Soporte post-ventas:Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio posterior a la venta de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia de problemas de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados.
●Anotación integral: Utilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes con variaciones identificadas y realizar el análisis de enriquecimiento correspondiente, proporcionando información sobre múltiples proyectos de investigación.
Especificaciones de servicio
| Variantes a identificar | Estrategia de secuenciación | Profundidad recomendada |
| SNP e Indel | Illumina Novaseq PE150 o MGI T7 | 10x |
| SV y CNV (menos preciso) | 30x | |
| SV y CNV (más preciso) | Nanopore PROM P48 | 20x |
| SNPS, Indels, SV y CNV | Pacbio Revio | 10x |
Requisitos de muestra
| Ácidos nucleicos de tejido o extraídos | Illumina/MGI | Nanoporo | Pacbio
| ||
| Víspera de animales | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Músculo animal | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sangre de mamíferos | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Aves de corral/sangre de pez | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Planta-hoja fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Células cultivadas |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insecto de tejido blando/individuo | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN extraído
| Concentración: ≥ 1 ng/ µl Cantidad: ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o sin
| Concentración Cantidad
OD260/280
OD260/230
Degradación o contaminación limitada o sin
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/celda de flujo/muestra
1.7-2.2
≥1.5 | Concentración Cantidad
OD260/280
OD260/230
Degradación o contaminación limitada o sin | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/celda de flujo/muestra
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparación de la biblioteca sin PCR: Concentración ≥ 40 ng/ µl Cantidad ≥ 500 ng | |||||
Flujo de trabajo de servicio
Entrega de muestra
Extracción de ADN
Construcción de la biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Entrega de datos
Incluye el siguiente análisis:
- Control de calidad de datos sin procesar
- Estadísticas de alineación para hacer referencia al genoma
- Identificación de variante: SNP, Indel, SV y CNV
- Anotación funcional de variantes
Estadísticas de alineación para referencia al genoma: distribución de profundidad de secuenciación
Llamadas SNP entre múltiples muestras
Identificación de INDEL: estadísticas de la longitud de INDEL en la región de CDS y la región de todo el genoma
Distribución de variantes en el genoma - gráfico Circos
Anotación funcional de genes con variantes identificadas: ontología genética
Chai, Q. et al. (2023) 'Una glutatión S -transferasa GHTT19 determina la pigmentación del pétalo de flores mediante la regulación de la acumulación de antocianinas en algodón', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'El genoma de Hevea Brasiliensis a nivel de cromosoma basiliensis proporciona nuevas herramientas para la cría asistida por genómico y loci valiosos para elevar el rendimiento de caucho', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'El genoma de la ostra estuarina proporciona información sobre el impacto climático y la plasticidad adaptativa', Biología de comunicaciones 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'El análisis de los cambios en el genoma y la metilación en los pollos indígenas chinos a lo largo del tiempo proporciona información sobre la conservación de especies', Communications Biology, 5 (1), pp. 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
