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Tomando los datos de secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PACBIO) como entrada, esta aplicación puede identificar secuencias de transcripción de longitud completa (sin ensamblaje). Al asignar secuencias de longitud completa contra el genoma de referencia, las transcripciones pueden optimizarse por genes conocidos, transcripciones, regiones de codificación, etc. En este caso, se puede lograr una identificación más precisa de las estructuras de ARNm, como el empalme alternativo, etc. El análisis conjunto con datos de secuenciación del transcriptoma NGS permite una anotación más integral y una cuantificación más precisa en la expresión a nivel de transcripción, lo que beneficia en gran medida a la expresión diferencial y el análisis funcional.