Solución de ARNm de longitud completa PacBio 2+3
Características
● Diseño del estudio:
Muestra combinada secuenciada con PacBio para identificar isoformas de transcripción
Muestras separadas (réplicas y condiciones a probar) secuenciadas conNGS para cuantificar la expresión de la transcripción.
● Secuenciación PacBio en modo CCS, generando lecturas HiFi
● Secuenciación de las transcripciones completas.
● El análisis no necesita un genoma de referencia; sin embargo, puede ser empleado
● El análisis bioinformático incluye no sólo la expresión a nivel de genes e isoformas, sino también el análisis de lncRNA, fusiones de genes, poliadenilación y estructura genética.
Ventajas
● Alta precisión: HiFi lee con una precisión >99,9% (Q30), comparable a NGS
● Análisis de empalmes alternativos: la secuenciación de todas las transcripciones permite la identificación y caracterización de isoformas.
● Combinación de las fortalezas de PacBio y NGS: permite la cuantificación de la expresión a nivel de isoforma, revelando cambios que pueden quedar enmascarados al analizar la expresión genética completa
● Amplia experiencia: con un historial de completar más de 1100 proyectos de transcriptoma completo de PacBio y procesar más de 2300 muestras, nuestro equipo aporta una gran experiencia a cada proyecto.
● Soporte posventa: nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio postventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con PolyA | PacBio Secuela II PacBio Revio | 20/40GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A enriquecido | Iluminación PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nucleótidos
|
| Conc.(ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 En el gel se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 En el gel se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | Plantas: RIN≥7,5 Animales: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
Entrega de muestra recomendada
Envase: tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda papel de aluminio)
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco:Las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos RNAstable: las muestras de ARN se pueden secar en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Incluye el siguiente análisis:
Control de calidad de datos sin procesar
Análisis de poliadenilación alternativa (APA)
Análisis de transcripción de fusión
Análisis de empalme alternativo
Evaluación comparativa del análisis de ortólogos universales de copia única (BUSCO)
Nuevo análisis de transcripción: predicción de secuencias codificantes (CDS) y anotación funcional.
Análisis de lncRNA: predicción de lncRNA y objetivos.
Identificación de microsatélites (SSR)
Análisis de transcripciones expresadas diferencialmente (DET)
Análisis de genes expresados diferencialmente (DEG)
Anotación funcional de DEG y DET
Análisis BUSCO
Análisis de empalme alternativo
Análisis de poliadenilación alternativa (APA)
Genes expresados diferencialmente (DEG) y transcripciones (análisis DET9
Redes de interacción proteína-proteína de DET y DEG
Explore los avances facilitados por la secuenciación completa de ARNm PacBio 2+3 de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Chao, Q. y col. (2019) 'La dinámica del desarrollo del transcriptoma del tallo de Populus', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), págs. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. y col. (2022) 'Cambios dinámicos en el contenido de ácido ascórbico durante el desarrollo y maduración del fruto de Actinidia latifolia (un cultivo frutal rico en ascorbato) y los mecanismos moleculares asociados', Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Predicción efectiva de genes de vías biosintéticas implicados en polifilinas bioactivas en Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), págs. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. y col. (2023) 'Análisis combinado de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq del transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) y los genes del citocromo P450', Insectos, 14 (4), pág. 363. doi: 10.3390/INSECTOS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un estudio de la complejidad del transcriptoma utilizando el análisis en tiempo real de una sola molécula de PacBio combinado con la secuenciación de ARN de Illumina para una mejor comprensión de la biosíntesis del ácido ricinoleico en Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), págs. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURAS/7.
