Nanopore Transcriptoma de longitud completa

La secuenciación del transcriptoma con nanoporos es un método potente para secuenciar ADNc de longitud completa, identificando y cuantificando con precisión las isoformas de transcripción. La tubería de transcriptoma de longitud completa BMKCloud Nanopore está diseñada para analizar datos de RNA-Seq generados en la plataforma Nanopore frente a un genoma de referencia bien anotado de alta calidad, proporcionando análisis cualitativos y cuantitativos tanto a nivel de gen como de transcripción. Después del control de calidad, se obtienen secuencias no quiméricas (FLNC) de longitud completa y se mapean secuencias consenso en el genoma de referencia para eliminar transcripciones redundantes. A partir de este conjunto de transcripciones, se cuantifica la expresión y se identifican y anotan funcionalmente los genes y transcripciones expresados ​​diferencialmente. La cartera también incluye análisis de poliadenilación alternativa (APA), análisis de empalme alternativo, análisis de repetición de secuencia simple (SSR), predicción de lncRNA y objetivos correspondientes, predicción de secuencias codificantes (CDS), análisis de familias de genes, análisis de factores de transcripción, predicción de nuevos genes. y anotación funcional de transcripciones.