Análisis de ARNm eucariota (opciones de referencia y de novo disponibles)
Esta tubería utiliza datos NGS RNA-seq como entrada y produce resultados de análisis múltiples aguas abajo, incluidos, entre otros,: evaluación de calidad de datos de secuenciación,de novoAnotación del sitio de transcripción, análisis de empalme variable, análisis de expresión diferencial, anotación de funciones y análisis de enriquecimiento.
Análisis de ARN no codificante largo
Los ARN largos no codificantes (LNCRNA) son transcripciones no codificantes con longitudes de más de 200 nt y se sabe que juegan roles en la organización y la regulación de la cromatina. Las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y la bioinformática han capacitado nuestra comprensión de secuencias de lncRNA e información de posicionamiento para identificar lncRNA con funciones reguladoras cruciales. Esta tubería proporciona análisis de lncRNA además de los análisis mencionados en la tubería de análisis de ARNm eucariota.
16S/18S/Su secuenciación de amplicón
La tubería de análisis de diversidad microbiana de secuenciación de Amplicon se desarrolló en base a años de experiencia en el análisis del proyecto de diversidad microbiana. La tubería contiene un análisis básico estandarizado, que cubre el contenido de análisis convencional de la investigación microbiana actual y el análisis personalizado. El informe de análisis es rico e integral, con la opción de realizar un análisis personal diverso. Además, las muestras y los grupos pueden modificarse en la mosca para una personalización y control adicionales.
Análisis de metagenómica de escopeta
La tubería de análisis metagenómico de escopeta utiliza datos NGS de materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales. Los análisis incluidos proporcionan información detallada sobre la diversidad y la abundancia de especies, la estructura de la población, la relación filogenética, los genes funcionales y las redes de correlación con factores ambientales.
Análisis de variante NGS-WGS
El análisis de variante NGS-WGS es una tubería de detección de variantes integrada que realiza control de calidad de datos, alineación de secuencias, anotación y análisis de mutación génica. La tubería sigue las mejores prácticas de Gatk para la detección de SNP e Indel y usa Manta para llamadas de variantes estructurales.
Estudio de asociación amplia del genoma (GWAS)
La tubería GWAS es un análisis posterior que toma los archivos VCF generados previamente y los datos de fenotipo correspondientes para una cohorte de individuos como entrada. Utilizando metodologías estadísticas específicas, GWAS tiene como objetivo descubrir las variaciones de nucleótidos de todo el genoma correlacionadas con las diferencias fenotípicas. Desempeña un papel crucial en la exploración de genes funcionales asociados con enfermedades humanas complejas y rasgos intrincados en plantas y animales.
Análisis de segregación a granel (BSA)
El análisis BSA implica agrupar individuos con rasgos fenotípicos extremos de una población segregante. Al comparar loci diferencial entre las muestras agrupadas, este enfoque identifica rápidamente marcadores moleculares estrechamente vinculados asociados con los genes diana. Ampliamente utilizado en el mapeo genético de plantas y animales, es una herramienta valiosa para la reproducción asistida por marcadores.
Análisis de genética evolutiva
El análisis de trabajo de análisis de genética evolutiva aprovecha la extensa experiencia de Bmkgene en proyectos de evolución genética e incluye construcción de árboles filogenéticos, análisis de desequilibrio de enlace, evaluación de diversidad genética, identificación de barrido selectivo, análisis de parentesco, análisis de componentes principales y caracterización de la estructura de la población.
