Genética evolutiva
Ventajas del servicio
Takagi et al.,El diario de las plantas, 2013
●Análisis bioinformático integral:Permitir la estimación de la diversidad genética, que refleja el potencial evolutivo de las especies, y revelar una relación filogenética confiable entre especies con una influencia minimizada de la evolución convergente y la evolución paralela.
●Análisis personalizado opcional: como la estimación del tiempo y la velocidad de divergencia en función de variaciones a nivel de nucleótidos y aminoácidos.
●Amplia experiencia y registros de publicaciones.: BMKGene ha acumulado una experiencia masiva en proyectos de genética evolutiva y de poblaciones durante más de 15 años, cubriendo miles de especies, etc. y ha contribuido a más de 1000 proyectos de alto nivel publicados en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Equipo bioinformático altamente cualificado y ciclo de análisis corto.: con una gran experiencia en análisis genómicos avanzados, el equipo de BMKGene ofrece análisis completos con un tiempo de respuesta rápido.
● Soporte posventa:Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio postventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados.
Especificaciones y requisitos del servicio
| Tipo de secuenciación | Escala de población recomendada | Estrategia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación del genoma completo | ≥ 30 individuos, con ≥ 10 individuos de cada subgrupo
| 10x | Concentración: ≥ 1 ng/ µL Cantidad total ≥ 30 ng Degradación o contaminación limitada o nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidad de la etiqueta: 10x Número de etiquetas: <400 Mb: se recomienda WGS <1 GB: 100 000 etiquetas 1GB >2Gb: 300K etiquetas Máximo 500 000 etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/μL Cantidad total ≥ 80 ng Nanogota OD260/280=1,6-2,5 Gel de agarosa: degradación o contaminación nula o limitada
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Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios postventa
El servicio incluye análisis de la estructura de la población (árbol filogenético, PCA, cuadro de estratificación de la población), diversidad de la población y selección de la población (desequilibrio de vinculación, selección selectiva de sitios ventajosos). El servicio también puede incluir análisis personalizados (por ejemplo, tiempo de divergencia, flujo de genes).
*Los resultados de demostración que se muestran aquí provienen todos de genomas publicados con BMKGENE
1.El análisis de la evolución contiene la construcción de un árbol filogenético, una estructura poblacional y un PCA basados en variaciones genéticas.
El árbol filogenético representa las relaciones taxonómicas y evolutivas entre especies con un ancestro común.
PCA tiene como objetivo visualizar la cercanía entre subpoblaciones.
La estructura de la población muestra la presencia de subpoblaciones genéticamente distintas en términos de frecuencias alélicas.
Chen, et. Alabama.,PNAS, 2020
2.Barrido selectivo
El barrido selectivo se refiere a un proceso mediante el cual se selecciona un sitio ventajoso y las frecuencias de los sitios neutrales vinculados aumentan y las de los sitios no vinculados disminuyen, lo que resulta en una reducción de la regional.
La detección de todo el genoma en regiones de barrido selectivo se procesa calculando el índice genético de la población (π, Fst, D de Tajima) de todos los SNP dentro de una ventana deslizante (100 Kb) en un paso determinado (10 Kb).
Diversidad de nucleótidos (π）
D de Tajima
Índice de fijación (Fst)
Wu, et. Alabama.,Planta molecular, 2018
3.Flujo de genes
Wu, et. Alabama.,Planta molecular, 2018
4.Historia demográfica
Zhang, et. Alabama.,Naturaleza Ecología y Evolución, 2021
5.Tiempo de divergencia
Zhang, et. Alabama.,Naturaleza Ecología y Evolución, 2021
Explore los avances facilitados por los servicios de genética evolutiva de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones:
Hassanyar, AK y cols. (2023) 'Descubrimiento de marcadores moleculares SNP y genes candidatos asociados con la resistencia al virus de la cría sacra en larvas de Apis cerana cerana mediante resecuenciación del genoma completo',Revista internacional de ciencias moleculares., 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. y col. (2022) 'El descubrimiento de una salamandra gigante china salvaje y genéticamente pura crea nuevas oportunidades de conservación',Investigación zoológica, 2022, vol. 43, Número 3, Páginas: 469-480, 43(3), págs. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. y col. (2022) 'Patrón filogeográfico e historia de la evolución de la población del indígena Elymus sibiricus L. en la meseta tibetana de Qinghai',Fronteras en la ciencia vegetal, 13, pág. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. y col. (2022) 'Conocimientos genómicos sobre la evolución de longan a partir de un ensamblaje del genoma a nivel cromosómico y genómica poblacional de accesiones de longan',Investigación en horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
