Secuenciación de ARNm de eucariotas-NGS
Características
● Captura de poli ARNm antes de la preparación de la biblioteca.
● Preparación opcional de una biblioteca de ARNm direccional para permitir la obtención de datos de secuenciación específicos de la cadena.
● Análisis bioinformático de la expresión genética y la estructura de la transcripción.
Ventajas
●Amplia experiencia: Nuestro equipo ha procesado más de 600.000 muestras en BMKgene, que abarcan diversos tipos de muestras, como cultivos celulares, tejidos y fluidos corporales. Aportamos una gran experiencia a cada proyecto y hemos completado con éxito más de 100.000 proyectos de mRNA-Seq en diversos dominios de investigación.
●Control de calidad riguroso: Implementamos puntos de control centrales en todas las etapas, desde la preparación de muestras y bibliotecas hasta la secuenciación y la bioinformática. Este seguimiento meticuloso garantiza la entrega constante de resultados de alta calidad, asegurándole que su proyecto está en manos confiables.
●Anotación completa: Utilizamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente los genes expresados diferencialmente (DEG) y realizar los análisis de enriquecimiento correspondientes. Este enfoque integral proporciona información sobre los procesos celulares y moleculares que subyacen a la respuesta del transcriptoma, lo que garantiza que esté completamente informado sobre los resultados de su proyecto.
●Soporte postventa: Nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio postventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Poli A enriquecido | Iluminación PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
| Conc.(ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad | |
| Biblioteca estándar | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 En el gel se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
| Biblioteca direccional | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 En el gel se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animales: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
● Plantas:
Raíz, Tallo o Pétalo: 450 mg
Hoja o Semilla: 300 mg
Fruta: 1,2 gramos
●Animal:
Corazón o Intestino: 300 mg
Vísceras o Cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Huesos, Cabello o Piel: 1g
● Artrópodos:
Insectos: 6g
Crustáceos: 300 mg
● Sangre entera: 1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de muestra recomendada
Envase: tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda papel de aluminio)
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Envío:
1. Hielo seco: las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos de mesa de ARN: las muestras de ARN se pueden secar en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
extracción de ARN
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios postventa
Bioinformática
eucariota Flujo de trabajo de análisis de secuenciación de ARNm
Bioinformática
ØControl de calidad de datos sin procesar
ØAlineación del genoma de referencia.
ØAnálisis de la estructura de la transcripción.
ØCuantificación de expresiones
ØAnálisis de expresión diferencial.
ØAnotación y enriquecimiento de funciones.
Alineación del genoma de referencia
Saturación de datos
Correlación de muestras y evaluación de réplicas biológicas.
Genes expresados diferencialmente (DEG)
Anotación funcional de DEG
Enriquecimiento funcional de DEG
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de ARNm de NGS eucariotas de BMKGene a través de una colección seleccionada de publicaciones.
Huang, L. y col. (2023) 'El triclosán y el triclocarbán debilitan la capacidad olfativa de los peces de colores al limitar el reconocimiento de olores, alterar la transducción de señales olfativas y alterar el procesamiento de la información olfativa', Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ y cols. (2023) 'Aspergillus fumigatus secuestra la p11 humana para redirigir los fagosomas que contienen hongos a una vía no degradativa', Cell Host & Microbe, 31 (3), págs. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. y col. (2022) 'Factores de transcripción TCP implicados en el desarrollo de brotes de bambú Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. y col. (2022) 'El genoma de Chrysanthemum lavandulifolium y el mecanismo molecular subyacente a diversos tipos de capítulos', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Un nanorreactor en cascada para mejorar la terapia sonodinámica en el cáncer colorrectal mediante un aumento sinérgico de ROS y bloqueo de autofagia', Nano Today, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
