Secuenciación de ADN/ARN -pacbio secuenciador
Características
Dos modos de secuenciación en el secuenciador de Pacbio: lectura continua larga (CLR) y lectura de consenso circular (CCS)
| Modo de secuenciación | Tamaño de la biblioteca | Datos teóricosRendimiento (por célula) | Una sola baseExactitud | Aplicaciones |
| CLR | 20kb, 30 kb, etc. | 80 GB a 130 GB | Aprox. 85% | De novo, SV llamadas, etc. |
| CCS | 15-20 kb | 14 a 40 GB/celda (secuela II) 70 a 110 GB/celda (Revio) Depende de las muestras | Aprox. 99% | De novo, SNP/Indel/SV Calling, ISO-seq, |
Comparación del rendimiento y las características de Revio y la secuela II
| Términos | Sistema de la secuela II | Sistema de revisión | Aumentar |
| Mayor densidad | 8 millones de ZMWS | 25 millones de ZMWS | 3x |
| Etapas independientes | 1 | 4 | 4x |
| Tiempos de ejecución más cortos | 30 horas | 24 horas | 1.25x |
| 30x Genomas humanos / año Hifi | 88 | 1.300 | 15x en general |
Ventajas de servicio
● Más de 8 años de experiencia en la plataforma de secuenciación de Pacbio con miles de proyectos cerrados con varias especies.
● Totalmente equipado con las últimas plataformas de secuenciación de PacBio, Revio para garantizar un rendimiento de secuenciación suficiente.
● Tiempo de respuesta más rápido, mayor rendimiento de datos y datos más precisos.
● Contribuido en cientos de publicaciones de alto impacto basado en Pacbio.
Requisitos de muestra
| Tipo de muestra | Cantidad | Concentración （QUBT®） | Volumen | Pureza | Otros |
| ADN genómico | Depender de los requisitos de datos | ≥50 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 ； Pico despejado a 260 nm,Sin contaminaciones | La concentración debe medirse por qubit y qubit/nanopore = 0.8-2.5 |
| ARN total | ≥1.2 μg | ≥120 ng/μL | ≥15 μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ；Sin contaminaciones | Valor de rin ≥7.5 5≥28s/18S≥1 |
Flujo de trabajo de servicio
Preparación de muestra
Construcción de la biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Entrega de proyectos
1. rendimiento de datos en casa
Datos generados a partir de 63 células CCS (de 26 especies)
| DATOS-Pacbio-CCS-15 KB | Promedio | Máximo | Mínimo | Mediana |
| Rendimiento - subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerasa N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Subreads N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Polimerasa de longitud promedio | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Subrets de longitud promedio | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| CCS de longitud promedio | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Datos generados a partir de 16 células CLR (de 76 especies)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | Promedio | Máximo | Mínimo | Mediana |
| Rendimiento - subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimerasa N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Subreads N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Polimerasa de longitud promedio | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Subrets de longitud promedio | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. Data QC - DemoEstadísticas sobre rendimiento de datos
| Muestra | CCS lee num | Bases CCS totales (BP) | CCS dice N50 (BP) | Longitud media de CCS (BP) | CCS más larga lectura (BP) | Subreads Bases (BP) | Tasa de CCS (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
