Secuenciación de ARNm de longitud completa -PacBio
Características
● Síntesis de ADNc a partir de ARNm poli-A seguida de preparación de biblioteca
● Secuenciación en modo CCS, generando lecturas HiFi
● Secuenciación de las transcripciones completas.
● El análisis no requiere un genoma de referencia; sin embargo, puede ser empleado
● El análisis bioinformático permite el análisis de transcripciones de isoformas de ARNc, fusiones de genes, poliadenilación y estructura de genes.
Ventajas del servicio
●Alta precisión: HiFi lee con una precisión >99,9% (Q30), comparable a NGS
● Análisis de empalmes alternativos: la secuenciación de las transcripciones completas permite la identificación y caracterización de isoformas
●Amplia experiencia: con un historial de completar más de 1100 proyectos de transcriptoma completo de PacBio y procesar más de 2300 muestras, nuestro equipo aporta una gran experiencia a cada proyecto.
●Soporte postventa: nuestro compromiso se extiende más allá de la finalización del proyecto con un período de servicio postventa de 3 meses. Durante este tiempo, ofrecemos seguimiento del proyecto, asistencia para la resolución de problemas y sesiones de preguntas y respuestas para abordar cualquier consulta relacionada con los resultados.
Requisitos de muestra y entrega
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con PolyA | PacBio Secuela II PacBio Revio | 20/40GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Requisitos de muestra:
Nucleótidos:
● Plantas:
Raíz, Tallo o Pétalo: 450 mg
Hoja o Semilla: 300 mg
Fruta: 1,2 gramos
● Animales:
Corazón o Intestino: 300 mg
Vísceras o Cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Huesos, Cabello o Piel: 1g
● Artrópodos:
Insectos: 6g
Crustáceos: 300 mg
● Sangre entera: 1 tubo
● Celdas: 106 células
| Conc.(ng/μl) | Cantidad (μg) | Pureza | Integridad |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 En el gel se muestra contaminación limitada o nula de proteínas o ADN. | Para plantas: RIN≥7,5; Para animales: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; elevación basal limitada o nula |
Entrega de muestra recomendada
Recipiente: Tubo de centrífuga de 2 ml (no se recomienda papel de aluminio)
Etiquetado de muestras: Grupo+réplica, por ejemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Hielo seco: las muestras deben empaquetarse en bolsas y enterrarse en hielo seco.
2. Tubos RNAstable: las muestras de ARN se pueden secar en un tubo de estabilización de ARN (por ejemplo, RNAstable®) y enviarse a temperatura ambiente.
Flujo de trabajo del servicio
Diseño de experimentos
Entrega de muestra
extracción de ARN
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios postventa
Incluye el siguiente análisis:
● Control de calidad de los datos sin procesar
● Análisis de poliadenilación alternativa (APA)
● Análisis de transcripción de fusión
● Análisis de empalmes alternativos
● Evaluación comparativa del análisis de ortólogos universales de copia única (BUSCO)
● Análisis de transcripciones novedosas: predicción de secuencias codificantes (CDS) y anotación funcional.
● Análisis de lncRNA: predicción de lncRNA y objetivos.
● Identificación de microsatélites (SSR)
Análisis BUSCO
Análisis de empalme alternativo
Análisis de poliadenilación alternativa (APA)
Anotación funcional de transcripciones novedosas.
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de ARNm completo Nanopore de BMKGene en esta publicación destacada.
Ma, Y. et al. (2023) 'Análisis comparativo de los métodos de secuenciación de ARN de PacBio y ONT para la identificación del veneno de Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), pág. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. y col. (2019) 'La dinámica del desarrollo del transcriptoma del tallo de Populus', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), págs. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. y col. (2022) 'Cambios dinámicos en el contenido de ácido ascórbico durante el desarrollo y maduración del fruto de Actinidia latifolia (un cultivo frutal rico en ascorbato) y los mecanismos moleculares asociados', Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Predicción efectiva de genes de vías biosintéticas implicados en polifilinas bioactivas en Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), págs. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. y col. (2023) 'Análisis combinado de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq del transcriptoma de Tuta absoluta (Meyrick) y los genes del citocromo P450', Insectos, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTOS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un estudio de la complejidad del transcriptoma utilizando el análisis en tiempo real de una sola molécula de PacBio combinado con la secuenciación de ARN de Illumina para una mejor comprensión de la biosíntesis del ácido ricinoleico en Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), págs. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
