Transcriptoma bmkmanu S3000_Spatial
Esquema técnico de transcriptoma espacial BMKManu S3000
Características
- Resolución: 3.5 µm
- Diámetro de la mancha: 2.5 µm
- Número de puntos: aproximadamente 4 millones
- 3 posibles formatos de área de captura: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
- Cada cordón codificado se carga con cebadores compuestos de 4 secciones:
• cola de poli (DT) para cebado de ARNm y síntesis de ADNc,
• Identificador molecular único (UMI) para corregir el sesgo de amplificación
• Código de barras espacial
• secuencia de unión de letrero parcial 1 cebador de secuenciación
- H&E y tinción fluorescente de secciones
- Posibilidad de usar tecnología de segmentación celular: integración de la tinción de H&E, tinción fluorescente y secuenciación de ARN para determinar los límites de cada célula y asignar correctamente la expresión de genes a cada célula. Procesamiento de análisis de perfil espacial aguas abajo basado en la papelera celular.
- posible lograr un análisis de resolución multinivel: análisis flexible de varios niveles que varía de 100um a 3.5 um para resolver diversas características de tejido a una resolución óptima.
Ventajas de Bmkmanu S3000
-Duplicación de puntos de captura a 4 millones: con una resolución mejorada de 3.5 um, lo que lleva a una detección de genes más altas y a la UMI por célula. Esto da como resultado una agrupación mejorada de células basadas en perfiles transcripcionales, con detalles más finos que coinciden con la estructura de los tejidos.
- Resolución subcelular:Cada área de captura contenía> 2 millones de manchas de código de barras espaciales con un diámetro de 2.5 µM y un espacio de 5 µM entre los centros de puntos, lo que permite el análisis del transcriptoma espacial con resolución subcelular (5 µM).
-Análisis de resolución de varios niveles:Análisis multinivel flexible que varía de 100 μm a 5 μm para resolver diversas características de tejido a una resolución óptima.
-Posibilidad de usar tecnología de segmentación celular "Tres en un diapositivas":Combinando la tinción de fluorescencia, la tinción de H&E y la secuenciación de ARN en una sola diapositiva, nuestro algoritmo de análisis "tres en uno" potencia la identificación de los límites celulares para la transcriptómica posterior basada en células.
-Compatible con múltiples plataformas de secuenciación: Tanto NGS como la secuenciación de lectura larga disponible.
-Diseño flexible del área de captura activa 1-8: El tamaño del área de captura es flexible, es posible usar 3 formatos (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm y 15 mm * 20 mm)
-Servicio único: Integra toda la experiencia y los pasos basados en habilidades, incluida la criocreacción, la tinción, la optimización de tejidos, el código de barras espacial, la preparación de la biblioteca, la secuenciación y la bioinformática.
-Bioinformática integral y visualización fácil de usar de resultados:El paquete incluye 29 análisis y más de 100 figuras de alta calidad, combinadas con el uso de software desarrollado en Inhouse para visualizar y personalizar la división de células y la agrupación de manchas.
-Análisis y visualización de datos personalizados: Disponible para diferentes solicitudes de investigación
-Equipo técnico altamente calificado: Con experiencia en más de 250 tipos de tejidos y más de 100 especies, incluidos humanos, ratones, mamíferos, peces y plantas.
-Actualizaciones en tiempo real sobre el proyecto completo: con el control total del progreso experimental.
-Análisis conjunto opcional con secuenciación de ARNm de células individuales
Especificaciones de servicio
| Requisitos de muestra | Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidad |
| Muestras de crio embebido en octubre (Diámetro óptimo: aprox. 6 × 6 × 6 mm³) 2 bloques por muestra 1 para el experimento, 1 para copia de seguridad | Biblioteca de ADNc de S3000 | Illumina PE150 | 160k PE Reads por 100INA (250 GB) | Rin> 7 |
Para obtener más detalles sobre la orientación de preparación de muestras y el flujo de trabajo de servicio, no dude en hablar con unExperto en bmkgene
Flujo de trabajo de servicio
En la fase de preparación de la muestra, se realiza una prueba de extracción de ARN a granel inicial para garantizar que se pueda obtener un ARN de alta calidad. En la etapa de optimización del tejido, las secciones se tiñen y visualizan y las condiciones de permeabilización para la liberación de ARNm del tejido están optimizadas. El protocolo optimizado se aplica luego durante la construcción de la biblioteca, seguido de secuenciación y análisis de datos.
El flujo de trabajo de servicio completo implica actualizaciones en tiempo real y confirmaciones del cliente para mantener un ciclo de retroalimentación receptivo, asegurando la ejecución sin problemas del proyecto.
Los datos generados por BMKManu S3000 se analizan utilizando el software "BSTMATRIX", que está diseñado independientemente por BMKGene, generando un nivel celular y una matriz de expresión de genes de resolución multinivel. A partir de ahí, se genera un informe estándar que incluye control de calidad de datos, análisis de muestras interiores y análisis entre grupos.
- Control de calidad de datos:
- Salida de datos y distribución de puntaje de calidad
- Detección de genes por lugar
- Cobertura de tejido
- Análisis de muestras interiores:
- Riqueza de genes
- Clustering spot, incluido el análisis de dimensión reducida
- Análisis de expresión diferencial entre grupos: identificación de genes marcadores
- Anotación funcional y enriquecimiento de genes marcadores
- Análisis entre grupos
-Re-combinación de puntos de ambas muestras (por ejemplo, enfermo y control) y vuelva a crecer
- Identificación de genes marcadores para cada clúster
- Anotación funcional y enriquecimiento de genes marcadores
- Expresión diferencial del mismo clúster entre grupos
Además, el BMKGene desarrollado "BSTViewer" es una herramienta fácil de usar que permite al usuario visualizar la expresión génica y la agrupación de puntos en diferentes resoluciones.
BMKGene ofrece servicios de perfil espacial a una resolución precisa de una sola célula (basada en el contenedor celular o el contenedor cuadrado multinivel de 100um a 3.5um).
Los datos de perfiles espaciales de las secciones de tejido en la diapositiva S3000 funcionaban bien como a continuación.
Estudio de caso 1: Cerebro del ratón
El análisis de una sección cerebral de ratón con S3000 dio como resultado la identificación de ~ 94 000 células, con una secuenciación media de ~ 2000 genes por célula. La resolución mejorada de 3.5 um dio como resultado una agrupación muy detallada de las células basadas en patrones transcripcionales, con los grupos de células que imitaban las estructuras diferenciadas por el cerebro. Esto se observa fácilmente visualizando la distribución de células agrupadas como oligodendrocitos y células de microglia, que se encuentran casi exclusivamente en materia gris y blanca, respectivamente.
Estudio de caso 2: embrión de ratón
El análisis de una sección de embriones de ratón con S3000 dio como resultado la identificación de ~ 2200 000 células, con una secuenciación media de ~ 1600 genes por célula. La resolución mejorada de 3.5 um dio como resultado una agrupación muy detallada de las células basadas en patrones transcripcionales, con 12 grupos en el área del ojo y 28 grupos en el área del cerebro.
Análisis de la muestra interna Agrupación celular:
Identificación de genes marcadores y distribución espacial:
-Resolución subcelular más alta: en comparación con el portaobjetos S1000, cada área de captura de S3000 contenía> 4 millones de puntos de código de barras espaciales con un diámetro de 2.5 µM y una distancia de 3.5 µM entre los centros de puntos, permitiendo el análisis del transcriptoma espacial con resolución sub-celular más alta (Bin cuadrado: 3.5 µm).
- Mayor eficiencia de captura: en comparación con el diapositivo S1000, la mediana_umi aumenta del 30% al 70%, el aumento mediano_Gene del 30% al 60%
Esquema del chip S1000:
Esquema del chip S3000:
