Secuenciación de Amplicón (16S/18S/ITS)

La secuenciación de Amplicon (16S/18S/ITS) con Illumina es un método para analizar la diversidad microbiana al identificar los perfiles microbianos de acuerdo con sus secuencias y luego intentar descifrar la riqueza y la diversidad de la comunidad dentro de cada muestra y entre muestras. La tubería BMKCloud Amplicon (NGS) permite el análisis de 16S, 18S, ITS y múltiples genes funcionales. Comienza con recorte de lectura, ensamblaje de lectura de extremo emparejado y evaluación de calidad, seguida de agrupación de lecturas similares para generar unidades taxonómicas operativas (OTU) utilizadas en seis secciones de análisis diferentes. La anotación taxonómica proporciona información sobre la abundancia y composición relativa de cada muestra, mientras que los análisis de diversidad alfa y beta se centran en la diversidad microbiana dentro y entre las muestras, respectivamente. El análisis diferencial entre grupos encuentra OTU que difieren utilizando pruebas paramétricas y no paramétricas, mientras que el análisis de correlación relaciona estas diferencias con los factores ambientales. Finalmente, la abundancia de genes funcionales se predice en función de la abundancia de genes marcadores, proporcionando información sobre la función y la ecología en cada muestra.