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Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS-PacBio

Los genes de ARNr 16S y 18S, junto con la región del espaciador interno transcrito (ITS), sirven como marcadores fundamentales de huellas dactilares moleculares debido a su combinación de regiones altamente conservadas e hipervariables, lo que los convierte en herramientas invaluables para caracterizar organismos procarióticos y eucariotas. La amplificación y secuenciación de estas regiones ofrecen un enfoque sin aislamiento para investigar la composición y diversidad microbiana en varios ecosistemas. Si bien la secuenciación de Illumina generalmente se dirige a regiones hipervariables cortas como V3-V4 de 16S e ITS1, se ha demostrado que se puede lograr una anotación taxonómica superior secuenciando la longitud completa de 16S, 18S e ITS. Este enfoque integral da como resultado porcentajes más altos de secuencias clasificadas con precisión, logrando un nivel de resolución que se extiende a la identificación de especies. La plataforma de secuenciación de una sola molécula en tiempo real (SMRT) de PacBio se destaca por proporcionar lecturas largas (HiFi) altamente precisas que cubren los amplicones de longitud completa, rivalizando con la precisión de la secuenciación de Illumina. Esta capacidad permite a los investigadores obtener una ventaja inigualable: una vista panorámica del panorama genético. La cobertura ampliada eleva significativamente la resolución en la anotación de especies, particularmente dentro de comunidades bacterianas o fúngicas, lo que permite una comprensión más profunda de las complejidades de las poblaciones microbianas.

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Detalles del servicio

Bioinformática

Resultados de la demostración

Publicaciones destacadas

Características del servicio

● Plataforma de secuenciación: PacBio Revio

● Modo de secuenciación: CCS (lecturas HiFi)

● Amplificación de la región objetivo seguida de enlace en tándem de amplicones antes de la preparación de la biblioteca de campanas HiFi SMRT

Ventajas del servicio

●Mayor resolución taxonómica: Tsecuenciación de amplicones cortos de han,permitiendo tasas de clasificación OTU más altas a nivel de especie.

●Llamada base de alta precisión: Secuenciación en modo PacBio CCS (lecturas HiFi).

●Sin aislamiento: Identificación rápida de la composición microbiana en muestras ambientales.

●Ampliamente aplicable: Diversos estudios de comunidades microbianas.

●Análisis bioinformático integral: El último paquete QIIME2 (conocimiento cuantitativo de la ecología microbiana) con diversos análisis en términos de base de datos, anotaciones, OTU/ASV.

●Amplia experiencia: Con miles de proyectos de secuenciación de amplicones realizados anualmente, BMKGENE aporta más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente capacitado, contenido integral y un excelente soporte posventa.

Especificaciones de servicio

Biblioteca	Estrategia de secuenciación	Datos recomendados
amplicón	PacBio Revio	10/30/50K etiquetas (CCS)

Requisitos de muestra

Concentración (ng/μL)	Cantidad total (μg)	Volumen (μL)
≥5	≥0,3	≥20

Entrega de muestra recomendada

Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3 a 4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para una reserva a largo plazo. Se requiere envío de muestras con hielo seco.

Flujo de trabajo del servicio

Entrega de muestra

construcción de biblioteca

Secuenciación

Análisis de datos

Servicios postventa

Anterior: Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS-NGS

Próximo: Ensayo de cromatina accesible a transposasa con secuenciación de alto rendimiento (ATAC-seq)

Incluye el siguiente análisis:

●Control de calidad de datos sin procesar

●Agrupación OTU/eliminación de ruido (ASV)

●Anotación OTU

●Análisis de diversidad alfa: múltiples índices, incluidos Shannon, Simpson y ACE.

●Análisis de diversidad beta

●Análisis intergrupal

●Análisis de correlación: entre factores ambientales y composición y diversidad de OUT.

●Predicción del gen funcional 16S.

Histograma de distribución taxonómica.

Árbol filogenético de distribución comunitaria.

Análisis de diversidad alfa: ACE

índice

Análisis de diversidad beta: PCoA

Análisis intergrupal: ANOVA

Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación de amplicones de BMKGene con PacBio a través de una colección seleccionada de publicaciones.

Gao, X. y Wang, H. (2023) 'Análisis comparativo de los perfiles y funciones bacterianas del rumen durante la adaptación a diferentes fenologías (reverdeciendo versus herbáceo) en ovejas merinas alpinas con dos etapas de crecimiento en una pradera alpina', Fermentación, 9( 1), pág. 16. doi: 10.3390/FERMENTACIÓN9010016/S1.

Li, S. y col. (2023) 'Captura de materia oscura microbiana en suelos desérticos mediante metagenómica basada en culturómica y análisis de alta resolución', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), págs. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. y col. (2022) 'Efectos de las sales de ácidos grasos sobre las características de fermentación, la diversidad bacteriana y la estabilidad aeróbica del ensilaje mixto preparado con alfalfa, paja de arroz y salvado de trigo', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102 (4), págs. 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. y col. (2023) 'La interacción entre los biomarcadores de estrés oxidativo y la microbiota intestinal en los efectos antioxidantes de los extractos de Sonchus brachyotus DC. en Estrés oxidativo intestinal inducido por oxazolona en pez cebra adulto', Antioxidantes 2023, vol. 12, página 192, 12(1), pág. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.