16S/18S/ITS AMPLICON SECENCIPIA NGS
Características de servicio
● Plataforma de secuenciación: Illumina Novaseq.
● Amplificación de regiones cortas de 16s, 18s y sus, entre otros objetivos de amplificación.
● Opciones flexibles de Amplicon.
● Experiencia previa del proyecto con múltiples objetivos de amplificación.
Ventajas de servicio
●Sin aislamiento:Identificación rápida de la composición microbiana en muestras ambientales.
●Resolución alta: En componentes bajos en muestras ambientales.
●Ampliamente aplicable: Diversos estudios de la comunidad microbiana.
●Análisis bioinformático integral: El último paquete QIIME2 (información cuantitativa sobre ecología microbiana) con diversos análisis en términos de base de datos, anotación, OTU/ASV.
●Experiencia extensa: Con 150 mil proyectos de secuenciación de amplicones realizados anualmente, Bmkgene trae más de una década de experiencia, un equipo de análisis altamente calificado, contenido integral y excelente apoyo post-ventas.
Especificaciones de servicio
| Biblioteca | Estrategia de secuenciación | Datos recomendados |
| Amplicón | Illumina PE250 | Etiquetas de 50/100/300k (lectura de pares) |
Requisitos de servicio
| Concentración (ng/µl) | Cantidad total (NG) | Volumen (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Suelo/lodo: 1-2g
● Contenido intestinal-animal: 0.5-2g
● Contenido intestinal-insecto: 0.1-0.25g
● Superficie de la planta (sedimento enriquecido): 0.1-0.5g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0.1-0.5g
● Heces (animales grandes): 0.5-2g
● Heces (ratón): 3-5 cerebros
● Fluido de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● SwaB vaginal: 5-6 hisopos
● Skin/Genital SwaB/Saliva/Osly Tisse Soft Tission/Faríngea SwaB/Rectal SwaB: 2-3 SwaBs
● Microorganismos de superficie: papel de filtro
● Waterbody/aire/biopelícula: papel de filtro
● Endófitos: 1-2g
● Plaque dental: 0.5-1g
Flujo de trabajo de servicio
Entrega de muestra
Construcción de la biblioteca
Secuenciación
Análisis de datos
Servicios posteriores
Incluye el siguiente análisis:
- Control de calidad de datos sin procesar
- OTU Clustering /De-Noise (ASV)
- Anotación OTU
- Análisis de diversidad alfa: índices múltiples, incluidos Shannon, Simpson y ACE.
- Análisis de diversidad beta
- Análisis entre grupos
- Análisis de correlación: entre factores ambientales y composición y diversidad fuera
- 16S Predicción de genes funcionales
Histograma de distribución taxonómica
mapa de calor de agrupación de abundancia taxonómica
Análisis de diversidad alfa: curva de rarefacción
Análisis de diversidad beta: NMDS
Análisis intergrupal: descubrimiento de biomarcadores de Lefse
Explore los avances facilitados por los servicios de secuenciación Amplicon de Bmkgene con Illumina a través de una colección curada de publicaciones.
Dong, C. et al. (2022) 'ensamblaje, microbiota central y función del suelo de rizosfera y la microbiota de corteza en Eucommia Ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. DOI: 10.3389/FMICB.2022.855317/Full.
Li, Y. et al. (2023) 'Trasplante de consorcios bacterianos sintéticos para el tratamiento de la vaginosis bacteriana inducida por Gardnerella vaginalis en ratones', Microbioma, 11 (1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. y Liu, H. (2022) 'Microbiomas de polvo de aire recolectados durante el experimento de soporte vital biorenerativo cerrado en tierra "Palacio lunar 365", Microbiomas ambientales, 17 (1), pp. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/figuras/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Abundancia dependiente de materia prima de genes funcionales relacionados con la pérdida de nitrógeno controlada por la transformación de nitrógeno en el compostaje', Bioresource Technology, 361, p. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
