Specif-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Laborfluo
Teknika Skemo
Servaj Trajtoj
● Sekvencado sur NovaSeq kun PE150.
● Biblioteka preparo kun duobla strekokodado, ebligante kunigon de pli ol 1000 specimenoj.
● Ĉi tiu tekniko povas esti uzata kun aŭ sen referenca genaro, kun malsamaj bioinformadaj duktoj por ĉiu kazo:
Kun referenca genaro: SNP kaj InDel-malkovro
Sen referenca genaro: specimena clustering kaj SNP-eltrovaĵo
● En lain silicoantaŭ-dezajna stadio multoblaj restriktaj enzimkombinaĵoj estas ekzamenitaj por trovi tiujn kiuj generas unuforman distribuadon de SLAF-etikedoj laŭ la genaro.
● Dum la antaŭeksperimento, tri enzimaj kombinaĵoj estas testitaj en 3 specimenoj por generi 9 SLAF-bibliotekojn, kaj ĉi tiu informo estas uzata por elekti la optimuman limigan enzimkombinon por la projekto.
Servaj Avantaĝoj
●High Genetic Marker Discovery: Integrigi alt-produktan duoblan strekkodsistemon permesas la samtempan sinsekvon de grandaj populacioj, kaj lok-specifa plifortigo plibonigas efikecon, certigante ke etikednombroj plenumas la diversajn postulojn de diversaj esplordemandoj.
● Malalta Dependeco de la Genaro: Ĝi povas esti aplikita al specioj kun aŭ sen referenca genaro.
●Fleksebla Skemo Dezajno: Unu-enzima, du-enzima, mult-enzima digestado, kaj diversaj specoj de enzimoj povas ĉiuj esti elektitaj por servi malsamajn esplorcelojn aŭ speciojn. Lain silicoantaŭ-dezajno estas efektivigita por certigi optimuman enzimdezajnon.
● Alta Efikeco en Enzimata Digesto: La kondukado de anin silicoantaŭ-dezajno kaj antaŭ-eksperimento certigis optimuman dezajnon kun egala distribuado de SLAF-etikedoj sur la kromosomo (1 SLAF-etikedo/4Kb) kaj reduktita ripetema sekvenco (<5%).
●Vasta Sperto: Nia teamo alportas abundon da sperto al ĉiu projekto, kun rekordo de fermo de pli ol 5000 SLAF-Seq-projektoj pri centoj da specioj, inkluzive de plantoj, mamuloj, birdoj, insektoj kaj akvaj organismoj.
● Mem-evoluinta Bioinformatika Laborfluo: BMKGENE evoluigis integran bioinformatikan laborfluon por SLAF-Seq por certigi la fidindecon kaj precizecon de la fina produktaĵo.
Specifoj de Servo
| Tipo de analizo | Rekomendita loĝantarskalo | Sekvenca strategio | |
| Profundo de etikedsekvenco | Etikednumero | ||
| Genetikaj Mapoj | 2 gepatroj kaj >150 idoj | Gepatroj: 20x WGS Idoj: 10x | Genaro grandeco: <400 Mb: WGS rekomendas <1Gb: 100K etikedoj 1-2Gb:: 200K etikedoj > 2Gb: 300K etikedoj Maksimume 500k etikedoj |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 specimenoj | 10x | |
| Genetika Evoluo | ≥30 specimenoj, kun >10 specimenoj de ĉiu subgrupo | 10x | |
Servaj Postuloj
Koncentriĝo ≥ 5 ng/µL
Suma kvanto ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose-ĝelo: neniu aŭ limigita degenero aŭ poluado
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo
(Por la plej multaj el la specimenoj, ni rekomendas ne konservi en etanolo)
Ekzempla etikedado: Specimenoj devas esti klare etikeditaj kaj identaj al sendita specimena informformularo.
Sendado: Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj unue kaj enterigitaj en seka glacio.
Serva Laborfluo
Specimeno QC
Pilota eksperimento
SLAF-eksperimento
Biblioteko Preparado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj Servoj
Inkluzivas la sekvan analizon:
- Sekvencaj datumoj QC
- Evoluo de etikedoj SLAF
Mapado al referenca genaro
Sen referenca genaro: clustering
- Analizo de SLAF-etikedoj.: statistiko, distribuo trans la genaro
- Malkovro de markiloj: SNP, InDel, SNV, CV-voko kaj komentario
Distribuado de SLAF-etikedoj sur kromosomoj:
Distribuado de SNPoj sur kromosomoj:
SNP komentario
| Jaro | Ĵurnalo | IF | Titolo | Aplikoj |
| 2022 | Naturkomunikadoj | 17.694 | Genoma bazo de la giga-kromosomoj kaj giga-genomo de arba peonio Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nova fitologo | 7.433 | Malsovaĝaj piedsignoj ankras genomajn regionojn de agronomia graveco en sojfaboj | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ĵurnalo de Altnivela Esplorado | 12.822 | Genar-kovrantaj artefaritaj introgresoj de Gossypium barbadense en G. hirsutum malkaŝi superajn lokojn por samtempa plibonigo de kvalito kaj rendimento de kotono-fibro trajtoj | SLAF-Evolua genetiko |
| 2019 | Molekula Planto | 10.81 | Population Genomic Analysis kaj De Novo Assembly Reveal the Origin of Weedy Rizo kiel Evolua Ludo | SLAF-Evolua genetiko |
| 2019 | Natura Genetiko | 31.616 | Genarsekvenco kaj genetika diverseco de la ordinara karpo, Cyprinus carpio | Mapo de SLAF-Linkage |
| 2014 | Natura Genetiko | 25.455 | La genaro de kultivita arakido disponigas sciojn pri guŝokariotipoj, poliploidaj evoluado kaj malsovaĝigo de kultivaĵoj. | Mapo de SLAF-Linkage |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identigo de ST1 rivelas selektadon implikantan petveturadon de semmorfologio kaj oleoenhavo dum malsovaĝigo de sojfabo | Evoluo de SLAF-Marker |
| 2022 | Internacia Revuo de Molekulaj Sciencoj | 6.208 | Identigo kaj DNA-Signo-Evoluo por Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomia Kromosoma Anstataŭigo | Evoluo de SLAF-Marker |
| Jaro | Ĵurnalo | IF | Titolo | Aplikoj |
| 2023 | Limoj en plantscienco | 6.735 | QTL-mapado kaj transcriptoma analizo de sukerenhavo dum fruktomaturiĝo de Pyrus pyrifolia | Genetika Mapo |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identigo de ST1 rivelas elekton implikantan petveturadon de semmorfologio kaj oleoenhavo dum malsovaĝigo de sojfaboj.
| SNP voko |
| 2022 | Limoj en plantscienco | 6.623 | Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment (Mapado de Senŝecaj Apenaŭ Fenotipoj en Sekeca Medio).
| GWAS |
