Reduktita Reprezenta Bisulfita Sekvencado (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) aperis kiel kostefika kaj efika alternativo al Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) en DNA-metiligesplorado. Dum WGBS disponigas ampleksajn komprenojn ekzamenante la tutan genaron ĉe unubaza rezolucio, ĝia alta kosto povas esti limiga faktoro. RRBS strategie mildigas tiun defion selekteme analizante reprezentan parton de la genaro. Tiu metodaro dependas de la riĉigo de CpG-insulaj regionoj per MspI-interfendo sekvita per grandecselektado de 200-500/600 bps fragmentoj. Sekve, nur regionoj proksimaj al CpG-insuloj estas sekvencitaj, dum tiuj kun malproksimaj CpG-insuloj estas ekskluditaj de la analizo. Tiu procezo, kombinita kun bisulfitsekvencado, permesas alt-rezolucian detekton de DNA-metiligo, kaj la sekvencaliro, PE150, temigas specife la finojn de la enigaĵoj prefere ol la mezo, pliigante la efikecon de metiligprofilado. La RRBS estas valorega ilo kiu ebligas kostefikan DNA-metiligesploradon kaj progresigas scion pri epigenezaj mekanismoj.
Servaj Trajtoj
● Postulas referencan genaron.
● Lambda DNA estas uzata por monitori bisulfite konvertan efikecon.
● MspI digesta efikeco ankaŭ estas monitorita.
● Duobla enzima digesto por plantaj specimenoj.
● Sekvencado sur Illumina NovaSeq.
Servaj Avantaĝoj
●Kostefika kaj Efika Alternativo al WGBS: ebligante la analizon esti farita je pli malalta kosto kaj kun pli malaltaj specimenaj postuloj.
●Kompleta Platformo:provizi unu-haltan bonegan servon de specimena prilaborado, biblioteka konstruo kaj sekvencado ĝis bioinformatika analizo.
●Vasta Sperto: kun RRBS-sekvencaj projektoj sukcese kompletigitaj tra diversa gamo da specioj, BMKGENE alportas pli ol jardekon da sperto, tre lerta analiza teamo, ampleksa enhavo kaj bonega postvenda subteno.
Specifoj de Servo
| Biblioteko | Sekvenca Strategio | Rekomendita eligo de datumoj | Kvalita kontrolo |
| MspI digestita kaj Bisulfite traktita biblioteko | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfita konvertiĝo > 99% MspI-tranĉa efikeco > 95% |
Ekzemplaj Postuloj
| Koncentriĝo (ng/µL) | Suma kvanto (µg) |
| |
| Genoma DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Limigita degradado aŭ poluado |
Serva Laborfluo
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Inkluzivas la sekvan analizon:
● Kruda sekvenca kvalito-kontrolo;
● Mapado al referenca genaro;
● Malkovro de 5mC metilitaj bazoj kaj motivo-identigo;
● Analizo de metiliga distribuo kaj specimena komparo;
● Analizo de Differentially Methylated Regionoj (DMRs);
● Funkcia komentario de genoj asociitaj al DMR-oj.
Kvalitkontrolo: digesta efikeco (en genarmapado)
Kvalitkontrolo: bisulfita konvertiĝo (en metiliga info-ekstraktado)
Metiligomapo: 5mC metiliga genar-kovranta distribuo
Specimena komparo: Ĉefa Komponanta Analizo
Differentially Methylated Regions (DMRoj) analizo: varmomapo
Esploru la esplorajn progresojn faciligitan de la tutaj genarbisulfitaj sekvencaj servoj de BMKGene per vikariita kolekto de publikaĵoj.
Li, Z. et al. (2022) "Altfideleca reprogramado en Leydig-similajn ĉelojn per CRISPR-aktivigo kaj parakrinaj faktoroj",PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) "Genom-kovranta DNA-metiliga analizo de korpokonsisto en ĉinaj monozigotaj ĝemeloj",Eŭropa Ĵurnalo de Klinika Esploro, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) "DNA-metiligo kaj talio-al-kokso-proporcio: epigenom-kovranta asocio studo en ĉinaj monozigotaj ĝemeloj",Ĵurnalo de Endokrinologia Esploro, 45 (12), pp 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
