Prokariota RNA-sekvencado
Karakterizaĵoj
● RNA-specimena pretigo implikis rRNA-malplenigon sekvitan de direkta RNA-biblioteka preparo.
● Bioinformatika analizo bazita sur vicigo al referenca genaro
● Analizo inkluzivas genan esprimon kaj DEG-ojn sed ankaŭ transskriban strukturon kaj sRNA-analizon
Servaj Avantaĝoj
●Rigora Kvalita Kontrolo: ni efektivigas kernajn kontrolpunktojn tra ĉiuj stadioj, de specimena kaj biblioteka preparo ĝis sekvencado kaj bioinformadiko. Ĉi tiu zorgema monitorado certigas la liveron de konstante altkvalitaj rezultoj.
●Strand-specifaj Sekvencaj Datumoj: pro la RNA-biblioteka preparo estas direkta, ebligante identigon de kontraŭ-sencaj transskribaĵoj.
●Kompleta Analizo Adaptita al Prokariotaj Transkriptomoj: la bioinformatika dukto inkludas ne nur analizon de la genekspresio sed ankaŭ analizon de la transskriba strukturo, inkluzive de identigo de operonoj, UTRoj kaj reklamantoj. Ĝi ankaŭ inkluzivas analizon de sRNAoj, nome komentario kaj antaŭdiro de sekundara strukturo kaj celoj.
●Postvenda Subteno: nia devontigo etendiĝas preter projektokompletigo kun 3-monata post-venda servoperiodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri solvo de problemoj kaj sesiojn pri demandoj kaj respondoj por trakti demandojn rilate al la rezultoj.
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Sekvenca strategio | Datenoj rekomenditaj | Kvalita Kontrolo |
| rRNA elĉerpita direkta biblioteko | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Ekzemplaj Postuloj:
| Konk. (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | RIN≥6.5 |
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendado:
1. Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
2. RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Bioinformatika Analiza Laborfluo
Inkluzivas la Sekvan Analizon:
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● Vicigo al la referenca genaro
● Biblioteko Kvalita Takso: RNA fragmentiĝo hazardo, enigaĵo grandeco kaj sekvenca saturiĝo
● Funkcia komentario de antaŭviditaj kodaj genoj
● Esprimo-Analizo: korelacio kaj Ĉefa Komponanta Analizo (PCA)
● Diferenca Gena Esprimo (DEGs)
● Funkcia komentario kaj pliriĉigo de DEG-oj
● Analizo de sRNA: antaŭdiro, komentario, celo kaj malĉefa strukturo antaŭdiro
● Transskriba Struktura Analizo: operonoj, komencaj kaj finaj pozicioj, Netradukita regiono (UTS), iniciatinto kaj analizo SNP/InDel
Sekvenca saturiĝo
Funkcia komentario de kodigaj genoj
Korelacio inter specimenoj
Analizo de Differential Expressed Genes (DEGoj).
Analizo pri funkcia riĉigo
sRNA komentario
Esploru la progresojn facilitajn de la plenlongaj mRNA-sekvencaj servoj de Nanopore de BMKGene en ĉi tiu elstara publikaĵo.
Guan, CP et al. (2018) "Tutmondaj Transcriptome Ŝanĝoj de Biofilm-Formada Staphylococcus epidermidis Respondanta al Totalaj Alkaloidoj de Sophorea alopecuroides",Pola Revuo pri Mikrobiologio, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
