-
Metagenomic Sequencing -NGS
Metagenomo estas kolekto de la totala genetika materialo de miksita komunumo de organismoj, kiel ekzemple mediaj kaj homaj metagenomoj. Ĝi enhavas genarojn de kaj kultiveblaj kaj nekultiveblaj mikroorganismoj. Ĉaspafilo metagenomic-sekvencado kun NGS ebligas la studon de tiuj malsimplaj genomaj pejzaĝoj enkonstruitaj en mediaj provaĵoj disponigante pli ol taksonomia profilado, donante ankaŭ grajnecajn sciojn pri speciodiverseco, abundodinamiko kaj kompleksaj populaciostrukturoj. Preter taksonomiaj studoj, ĉaspafilo metagenomics ankaŭ ofertas funkcian genomikperspektivon, ebligante la esploradon de ĉifritaj genoj kaj iliajn supozajn rolojn en ekologiaj procezoj. Finfine, la establado de korelaciaj retoj inter genetikaj elementoj kaj medifaktoroj kontribuas al holisma kompreno de la malsimpla interagado inter mikrobaj komunumoj kaj ilia ekologia fono. En konkludo, metagenomic-sekvencado staras kiel pivota instrumento por malimpliki la genomajn komplikaĵojn de diversaj mikrobaj komunumoj, prilumante la multfacetajn rilatojn inter genetiko kaj ekologio ene de tiuj kompleksaj ekosistemoj.
Platformoj: Illumina NovaSeq kaj DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Metagenomo estas kolekto de la genetika materialo de miksita komunumo de organismoj, kiel ekzemple mediaj kaj homaj metagenomoj. Ĝi enhavas genarojn de kaj kultiveblaj kaj nekultiveblaj mikroorganismoj. Metagenomic-sekvencado ebligas la studon de tiuj malsimplaj genomaj pejzaĝoj enkonstruitaj en ekologiaj provaĵoj disponigante pli ol taksonomia profilado. Ĝi ankaŭ ofertas funkcian genomikperspektivon esplorante la ĉifritajn genojn kaj iliajn supozajn rolojn en mediaj procezoj. Dum tradiciaj ĉaspafilaliroj kun Illumina sekvencado estis vaste uzitaj en metagenomic-studoj, la apero de Nanopore kaj PacBio long-lega sekvencado ŝanĝis la kampon. Nanopore kaj PacBio-teknologio plibonigas kontraŭfluajn bioinformatikajn analizojn, precipe metagenomasembleon, certigante pli kontinuajn kunigojn. Raportoj indikas, ke metagenomics bazita en Nanopore kaj PacBio sukcese generis kompletajn kaj fermitajn bakteriajn genamojn de kompleksaj mikrobiomoj (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrigi Nanopore-legojn kun Illumina-legoj disponigas strategian aliron por erarkorektado, mildigante la enecan malaltan precizecon de Nanopore. Ĉi tiu sinergia kombinaĵo ekspluatas la fortojn de ĉiu sinsekva platformo, ofertante fortikan solvon por venki eblajn limigojn kaj antaŭenigi la precizecon kaj fidindecon de metagenomaj analizoj.
Platformo: Nanopore PromethION 48, Illumia kaj PacBio Revio
-
Tuta genaro-bisulfitsekvencado (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) staras kiel la or-norma metodaro por profunda esplorado de DNA-metiligo, specife la kvina pozicio en citozino (5-mC), pivota reguligisto de genesprimo kaj ĉela agado. La principo subesta WGBS implikas bisulfittraktadon, induktante la konvertiĝon de nemetiligitaj citozinoj al uracilo (C al U), lasante metiligitajn citozinojn senŝanĝaj. Tiu tekniko ofertas unu-bazan rezolucion, permesante al esploristoj amplekse esplori la metilomon kaj malkovri eksternormajn metiligpadronojn asociitajn kun diversaj kondiĉoj, precipe kancero. Uzante WGBS, sciencistoj povas akiri senekzemplajn komprenojn pri genar-kovrantaj metilaj pejzaĝoj, provizante nuancan komprenon de la epigenezaj mekanismoj kiuj subestas diversajn biologiajn procezojn kaj malsanojn.
-
Analizo por Transposase-Alirebla Kromatino kun Alta Trafia Sekvencado (ATAC-seq)
ATAC-seq estas alt-trafia sekvenca tekniko uzita por genar-kovranta kromatina alirebleco-analizo. Ĝia uzo disponigas pli profundan komprenon de la kompleksaj mekanismoj de tutmonda epigenetika kontrolo de genekspresio. La metodo uzas hiperaktivan Tn5-transposazon por samtempe fragmentigi kaj etikedi malfermajn kromatinregionojn enigante sekvencaj adaptiloj. Posta PCR-plifortigo rezultigas la kreadon de sekvenca biblioteko, kiu enkalkulas la ampleksan identigon de malfermaj kromatinregionoj sub specifaj spactempokondiĉoj. ATAC-seq disponigas holisman vidon de alireblaj kromatinpejzaĝoj, male al metodoj kiuj nur temigas transkripcifaktorajn liglokojn aŭ specifajn histon-modifitajn regionojn. Sekvencante ĉi tiujn malfermajn kromatinregionojn, ATAC-seq rivelas regionojn pli verŝajnajn al aktivaj reguligaj sekvencoj kaj eblajn transkripcifaktorajn ligejojn, ofertante valorajn sciojn pri la dinamika modulado de genesprimo trans la genaro.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
La 16S kaj 18S rRNA-genoj, kune kun la Internal Transcribed Spacer (ITS) regiono, funkcias kiel pivotaj molekulaj fingrospuraj signoj pro sia kombinaĵo de tre konservitaj kaj hiper-variaj regionoj, igante ilin valoregaj iloj por karakterizado de prokariotaj kaj eŭkariotaj organismoj. Plifortigo kaj sekvencado de tiuj regionoj ofertas izolitecan aliron por esplorado de la mikroba kunmetaĵo kaj diverseco trans diversaj ekosistemoj. Dum Illumina sekvencado tipe celas mallongajn hipervariajn regionojn kiel V3-V4 de 16S kaj ITS1, estis pruvite ke supera taksonomia komentario estas atingebla sekvencante la plenan longon de 16S, 18S, kaj ITS. Tiu ampleksa aliro rezultigas pli altajn procentojn de precize klasifikitaj sekvencoj, atingante nivelon de rezolucio kiu etendiĝas al specioidentigo. La sinsekva platformo de Unumolekulo Real-Tempo (SMRT) de PacBio elstaras provizante tre precizajn longajn legadojn (HiFi) kiuj kovras la plenlongajn amplikonojn, konkurante kun la precizeco de Illumina-sekvencado. Ĉi tiu kapablo permesas al esploristoj atingi nekompareblan avantaĝon - panoraman vidon de la genetika pejzaĝo. La plilongigita priraportado signife levas la rezolucion en specia komentario, precipe ene de bakteriaj aŭ fungaj komunumoj, ebligante pli profundan komprenon de la komplikaĵoj de mikrobaj populacioj.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplicon-sekvencado kun Illumina teknologio, specife celanta la 16S, 18S, kaj ITS-genetikajn signojn, estas potenca metodo por malimpliki la filogenion, taksonomio, kaj specioabundon ene de mikrobaj komunumoj. Tiu aliro implikas sekvenci la hipervariajn regionojn de mastrumado-genetikaj signoj. Origine enkondukite kiel molekula fingrospuro deWoeses et alen 1977, tiu tekniko revoluciis mikrobiomprofiladon ebligante izolitecajn analizojn. Per la sinsekvo de 16S (bakterioj), 18S (fungoj), kaj Interna Transskribita Spacer (ITS, fungoj), esploristoj povas identigi ne nur abundajn speciojn sed ankaŭ rarajn kaj neidentigitajn. Vaste adoptita kiel pivota ilo, amplikonsekvencado fariĝis instrumenta por distingi diferencigajn mikrobajn kunmetaĵojn trans diversaj medioj, inkluzive de la homa buŝo, intestoj, feko kaj pretere.
-
Bakteria kaj Funga Tuta Genaro Re-sekvencado
Bakteriaj kaj fungaj tut-genaro re-sekvencaj projektoj estas pivotaj por avancado de mikroba genaro ebligante la kompletigon kaj komparon de mikrobaj genaroj. Ĉi tio faciligas fermentan inĝenieristikon, la optimumigon de industriaj procezoj, kaj la esploradon de sekundaraj metabolaj vojoj. Krome, funga kaj bakteria resekvencado estas decida por kompreni median adaptadon, optimumigi trostreĉojn kaj malkaŝi genetikan evoludinamikon, kun larĝaj implicoj en medicino, agrikulturo kaj mediscienco.
-
PacBio-Plelonga 16S/18S/ITS Amplikon-sekvencado
Amplicon (16S/18S/ITS) platformo estas evoluigita kun jaroj da sperto en mikroba diverseca projekta analizo, kiu enhavas normigitan bazan analizon kaj personigitan analizon: baza analizo kovras la ĉefan analizan enhavon de nuna mikroba esplorado, la analiza enhavo estas riĉa kaj ampleksa, kaj analizrezultoj estas prezentitaj en formo de projektraportoj; La enhavo de personigita analizo estas diversa. Specimenoj povas esti elektitaj kaj parametroj povas esti fiksitaj flekseble laŭ la baza analiza raporto kaj esplora celo, por realigi personecigitajn postulojn. Vindoza operaciumo, simpla kaj rapida.
-
PacBio-Plelonga Transcriptome (Ne-Referenco)
Prenante Pacific Biosciences (PacBio) Isoformajn sekvengajn datumojn kiel enigaĵon, ĉi tiu Apo kapablas identigi plenlongajn transskribajn sekvencojn (sen asembleo). Mapante plenlongajn sekvencojn kontraŭ referenca genaro, transskribaĵoj povas esti optimumigitaj per konataj genoj, transskribaĵoj, kodaj regionoj, ktp. En ĉi tiu kazo, pli preciza identigo de mRNA-strukturoj, kiel ekzemple alternativa splisado, ktp, povas esti atingita. Komuna analizo kun NGS-transcriptome-sekvencaj datumoj ebligas pli ampleksan komentadon kaj pli precizan kvantigon en esprimo sur transskriba nivelo, kiu plejparte profitas kontraŭfluan diferencigan esprimon kaj funkcian analizon.
-
Reduktita Reprezenta Bisulfita Sekvencado (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) aperis kiel kostefika kaj efika alternativo al Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) en DNA-metiligesplorado. Dum WGBS disponigas ampleksajn komprenojn ekzamenante la tutan genaron ĉe unubaza rezolucio, ĝia alta kosto povas esti limiga faktoro. RRBS strategie mildigas tiun defion selekteme analizante reprezentan parton de la genaro. Tiu metodaro dependas de la riĉigo de CpG-insulaj regionoj per MspI-interfendo sekvita per grandecselektado de 200-500/600 bps fragmentoj. Sekve, nur regionoj proksimaj al CpG-insuloj estas sekvencitaj, dum tiuj kun malproksimaj CpG-insuloj estas ekskluditaj de la analizo. Tiu procezo, kombinita kun bisulfitsekvencado, permesas alt-rezolucian detekton de DNA-metiligo, kaj la sekvencaliro, PE150, temigas specife la finojn de la enigaĵoj prefere ol la mezo, pliigante la efikecon de metiligprofilado. La RRBS estas valorega ilo kiu ebligas kostefikan DNA-metiligesploradon kaj progresigas scion pri epigenezaj mekanismoj.
-
Prokariota RNA-sekvencado
RNA-sekvencado povigas la ampleksan profiladon de ĉiuj RNA-transskribaĵoj ene de ĉeloj sub specifaj kondiĉoj. Ĉi tiu avangarda teknologio funkcias kiel potenca ilo, malkaŝante malsimplajn genajn esprimojn profilojn, genajn strukturojn kaj molekulan mekanismojn asociitajn kun diversaj biologiaj procezoj. Vaste adoptita en fundamenta esplorado, klinika diagnozo kaj evoluado de drogoj, RNA-sekvencado ofertas sciojn pri la komplikaĵoj de ĉela dinamiko kaj genetika reguligo. Nia prokariota RNA-specimpla pretigo estas tajlorita por prokariotaj transkriptomoj, implikante rRNA-malplenigon kaj direktan bibliotekan preparon.
Platformo: Illumina NovaSeq
-
Sekvencado de metatransskribo
Utiligante Illumina-sekvencteknologion, la metatranscriptome-sekvenca servo de BMKGENE rivelas la dinamikan genesprimon de diversa aro de mikroboj, enhavante eŭkariotojn al prokariotoj kaj virusoj, ene de naturaj medioj kiel ekzemple grundo, akvo, maro, feko kaj la intesto. Nia ampleksa servo rajtigas esploristojn enprofundiĝi en la kompletajn gen-esprimprofilojn de kompleksaj mikrobaj komunumoj. Preter taksonomia analizo, nia metatranscriptome-sekvenca servo faciligas esploradon en funkcian riĉigon, ĵetante lumon pri diferencige esprimitaj genoj kaj iliaj roloj. Malkovru amason da biologiaj komprenoj dum vi navigas la kompleksajn pejzaĝojn de gena esprimo, taksonomia diverseco kaj funkcia dinamiko ene de ĉi tiuj diversaj mediaj niĉoj.
-
De novo Funga Genaro-Asembleo
BMKGENE ofertas multfacetajn solvojn por fungaj genaroj, respondante diversajn esplorbezonojn kaj deziratan genarkompletecon. Utiligi mallonglegan Illuminan sekvencon sole permesas la generacion de skiza genaro. Mallonga-legadoj kaj long-legaj sekvencado uzanta Nanopore aŭ Pacbio estas kombinitaj por pli rafinita funga genaro kun pli longaj kontigs. Krome, integri Hi-C-sekvencadon plu plibonigas la kapablojn, ebligante la akiron de kompleta kromosom-nivela genaro.
