-
Genaro-kovranta Asocia Analizo
La celo de Genome-Wide Association Studies (GWAS) estas identigi genetikajn variaĵojn (genotipoj) ligitajn al specifaj trajtoj (fenotipoj). Esplorante genetikajn signojn tra la tuta genaro en granda nombro da individuoj, GWAS eksterpolas gentip-fenotipajn asociojn per loĝantar-nivelaj statistikaj analizoj. Tiu metodaro trovas ampleksajn aplikojn en esplorado de homaj malsanoj kaj esplorado de funkciaj genoj ligitaj al kompleksaj trajtoj en bestoj aŭ plantoj.
Ĉe BMKGENE, ni ofertas du vojojn por konduki GWAS sur grandaj populacioj: utiligi Tut-Genoman Sekvencadon (WGS) aŭ elektante reduktitan reprezentan genaron-sekvencadmetodon, la endome-evoluitan Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Dum WGS konvenas pli malgrandajn genarojn, SLAF aperas kiel kostefika alternativo por studado de pli grandaj populacioj kun pli longaj genaroj, efike minimumigante sekvenckostojn, garantiante altan genetikan signo-malkovran efikecon.
-
Ununuklea RNA-sekvencado
La evoluo de unuĉela kapto kaj kutimaj bibliotekkonstruaj teknikoj, kunligitaj kun alt-produkta sekvencado, revoluciigis genajn esprimojn sur la ĉelnivelo. Tiu sukceso permesas pli profundan kaj pli ampleksan analizon de kompleksaj ĉelpopulacioj, venkante la limigojn asociitajn kun averaĝi genekspresion super ĉiuj ĉeloj kaj konservante la veran heterogenecon ene de tiuj populacioj. Dum unuĉela RNA-sekvencado (scRNA-seq) havas nekontesteblajn avantaĝojn, ĝi renkontas defiojn en certaj histoj kie la kreado de unuĉela suspendo pruvas malfacila kaj postulas freŝajn provaĵojn. Ĉe BMKGene, ni traktas ĉi tiun obstaklon ofertante unukernan RNA-sekvencon (snRNA-seq) uzante la plej altnivelan teknologion 10X Genomics Chromium. Tiu aliro plilarĝigas la spektron de provaĵoj alireblaj al transkriptomanalizo sur la unuĉela nivelo.
La izolado de nukleoj estas plenumita per la noviga 10X Genomics Chromium-peceto, havante ok-kanalan mikrofluidikan sistemon kun duoblaj krucoj. Ene de tiu sistemo, ĝelperloj asimilantaj strekkodojn, enkondukojn, enzimojn, kaj ununuran nukleon estas enkapsuligitaj en nanoliter-grandaj oleogutoj, formante Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Sekvante GEM-formadon, ĉellizo kaj strekkodliberigo okazas ene de ĉiu GEM. Poste, mRNA-molekuloj spertas inversan transskribon en cDNAojn, asimilante 10X strekkodojn kaj Unique Molecular Identifiers (UMI). Tiuj cDNAoj tiam estas submetitaj al norma sekvenca bibliotekkonstruo, faciligante fortikan kaj ampleksan esploradon de genekspresioprofiloj sur la unuĉela nivelo.
Platformo: 10× Genomics Chromium kaj Illumina NovaSeq Platform
-
Planto/Besto Tuta Genaro Sekvencado
Whole Genome Sequencing (WGS), ankaŭ konata kiel resekvencado, rilatas al la tuta genarsekvencado de malsamaj individuoj de specioj kun konataj referencgenaroj. Sur tiu bazo, la genomaj diferencoj de individuoj aŭ populacioj povas esti plu identigitaj. WGS ebligas la identigon de Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure-vario (SV), kaj Copy Number Variation (CNV). SVoj konsistas el pli granda parto de la variadbazo ol SNPoj kaj havas pli grandan efikon al la genaro, sufiĉe influante vivantajn organismojn. Dum mallonglega resekvencado estas efika en identigado de SNPoj kaj InDels, longlega resekvencado permesas pli precizan identigon de grandaj fragmentoj kaj komplikaj varioj.
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spaca transcriptomics estas avangarda teknologio kiu permesas al esploristoj esplori gen-esprimpadronojn ene de histoj konservante ilian spacan kuntekston. Unu potenca platformo en ĉi tiu domajno estas 10x Genomics Visium kunligita kun Illumina-sekvencado. La principo de 10X Visium kuŝas sur speciala blato kun elektita kapta areo kie histosekcioj estas metitaj. Tiu kaptareo enhavas strekkoditajn punktojn, ĉiu egalrilatante al unika spaca loko ene de la histo. La kaptitaj RNA-molekuloj de la histo tiam estas etikeditaj kun unikaj molekulaj identigiloj (UMI) dum la inversa transskriba procezo. Tiuj strekkoditaj punktoj kaj UMIoj ebligas precizan spacan mapadon kaj kvantigon de genekspresio ĉe unuĉela rezolucio. La kombinaĵo de space strekkoditaj provaĵoj kaj UMI-oj certigas la precizecon kaj specifecon de la datenoj generitaj. Uzante ĉi tiun Spatial Transcriptomics-teknologion, esploristoj povas akiri pli profundan komprenon de la spaca organizo de ĉeloj kaj la kompleksaj molekulaj interagoj okazantaj ene de histoj, ofertante valoregajn sciojn pri la mekanismoj subestaj biologiaj procezoj en multoblaj kampoj, inkluzive de onkologio, neŭroscienco, evolubiologio, imunologio. , kaj botanikaj studoj.
Platformo: 10X Genomics Visium kaj Illumina NovaSeq
-
Plenlonga mRNA Sequencing-Nanopore
Dum NGS-bazita mRNA-sekvencado estas multflanka ilo por kvantigi genekspresion, ĝia dependeco de mallongaj legadoj limigas sian efikecon en kompleksaj transcriptomaj analizoj. Aliflanke, nanoporsekvencado utiligas longlegatan teknologion, ebligante la sekvencadon de plenlongaj mRNA-transskribaĵoj. Tiu aliro faciligas ampleksan esploradon de alternativa splisado, genfuzioj, poli-adeniligo, kaj la kvantigon de mRNA-izoformoj.
Nanoporsekvencado, metodo kiu dependas de nanoporaj unu-molekulaj realtempaj elektraj signaloj, disponigas rezultojn en reala tempo. Gvidite per motorproteinoj, duoble-senhelpa DNA ligas al nanoporproteinoj enigitaj en biofilmo, malvolviĝante kiam ĝi pasas tra la nanoporkanalo sub tensiodiferenco. La karakterizaj elektraj signaloj generitaj de malsamaj bazoj sur la DNA-fadeno estas detektitaj kaj klasifikitaj en reala tempo, faciligante precizan kaj kontinuan nukleotidsekvencadon. Ĉi tiu noviga aliro venkas mallonglegajn limigojn kaj disponigas dinamikan platformon por malsimpla genoma analizo, inkluzive de kompleksaj transcriptomaj studoj, kun tujaj rezultoj.
Platformo: Nanopore PromethION 48
-
Plenlonga mRNA-sekvencado -PacBio
Dum NGS-bazita mRNA-sekvencado estas multflanka ilo por kvantigi genekspresion, ĝia dependeco de mallongaj legadoj limigas sian uzon en kompleksaj transcriptomaj analizoj. Aliflanke, PacBio-sekvencado (Iso-Seq) utiligas long-legatan teknologion, ebligante la sekvencadon de plenlongaj mRNA-transskribaĵoj. Tiu aliro faciligas ampleksan esploradon de alternativa splisado, genfuzioj kaj poli-adeniligo. Tamen, ekzistas aliaj elektoj por genekspresio-kvantigo pro la alta kvanto da datenoj postulataj. PacBio-sekvenca teknologio dependas de unu-molekula, realtempa (SMRT) sekvencado, disponigante klaran avantaĝon en kaptado de plenlongaj mRNA-transskribaĵoj. Tiu noviga aliro implikas uzi nul-reĝimajn ondgvidilojn (ZMWoj) kaj mikrofabrikitajn putojn kiuj ebligas la realtempan observadon de DNA-polimerazagado dum sekvencado. Ene de tiuj ZMWoj, la DNA-polimerazo de PacBio sintezas komplementan fadenon de DNA, generante longajn legadojn kiuj ampleksas la tutecon de mRNA-transskribaĵoj. PacBio-operacio en Circular Consensus-sekvencado (CCS) reĝimo plibonigas precizecon plurfoje sekvencante la saman molekulon. La generitaj HiFi-legoj havas precizecon komparebla al NGS, plue kontribuante al ampleksa kaj fidinda analizo de kompleksaj transcriptomaj trajtoj.
Platformo: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eŭkariota mRNA Sequencing-NGS
mRNA-sekvencado, multflanka teknologio, povigas la ampleksan profiladon de ĉiuj mRNA-transskribaĵoj ene de ĉeloj sub specifaj kondiĉoj. Kun siaj ampleksaj aplikoj, ĉi tiu avangarda ilo malkaŝas malsimplajn gen-esprimprofilojn, genajn strukturojn kaj molekulajn mekanismojn asociitajn kun diversaj biologiaj procezoj. Vaste adoptita en fundamenta esplorado, klinika diagnozo kaj drog-evoluo, mRNA-sekvencado ofertas sciojn pri la komplikaĵoj de ĉela dinamiko kaj genetika reguligo, ekigante scivolemon pri ĝia potencialo en diversaj kampoj.
Platformo: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Ne-Referenco bazita mRNA Sequencing-NGS
mRNA-sekvencado povigas la ampleksan profiladon de ĉiuj mRNA-transskribaĵoj ene de ĉeloj sub specifaj kondiĉoj. Ĉi tiu avangarda teknologio funkcias kiel potenca ilo, malkaŝante malsimplajn genajn esprimojn profilojn, genajn strukturojn kaj molekulan mekanismojn asociitajn kun diversaj biologiaj procezoj. Vaste adoptita en fundamenta esplorado, klinika diagnozo kaj drog-evoluo, mRNA-sekvencado ofertas sciojn pri la komplikaĵoj de ĉela dinamiko kaj genetika reguligo.
Platformo: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Longa Ne-koda Sekvencado-Illumina
Longaj ne-kodigaj RNAoj (lncRNAoj) estas pli longaj ol 200 nukleotidoj kiuj posedas minimuman kodigan potencialon kaj estas pivotaj elementoj ene de ne-kodiga RNA. Trovita en la nukleo kaj citoplasmo, tiuj RNA-oj ludas decidajn rolojn en epigenetika, transskriba, kaj post-transskriba reguligo, substrekante sian signifon en formado de ĉelaj kaj molekulaj procezoj. LncRNA-sekvencado estas potenca ilo en Ĉeldiferencigo, Ontogenezo, kaj Homaj malsanoj.
Platformo: Illumina NovaSeq
-
Malgranda RNA Sequencing-Illumina
Malgrandaj RNA (sRNA) molekuloj, inkludas mikroRNA (miRNA), malgrandajn interferajn RNA (siRNA), kaj piwi-interagantajn RNA (piRNA). Inter tiuj, miRNAoj, proksimume 18-25 nukleotidoj longaj, estas precipe rimarkindaj por siaj pivotaj reguligaj roloj en diversaj ĉelaj procesoj. Kun histospecifaj kaj scenspecifaj esprimopadronoj, miRNAoj elmontras altan konservadon trans malsamaj specioj.
Platformo: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Cirkla RNA-sekvencado (circRNA-seq) devas profili kaj analizi cirklajn RNAojn, klason de RNA-molekuloj kiuj formas fermitajn buklojn pro ne-kanonikaj splisaj okazaĵoj, provizante tiun RNA per pliigita stabileco. Dum kelkaj circRNA'oj pruviĝis funkcii kiel mikroRNA-spongoj, sekvestrante mikroRNA'ojn kaj malhelpante ilin reguligado de siaj celmRNA'oj, aliaj circRNA'oj povas interagi kun proteinoj, moduli genekspresion, aŭ havi rolojn en ĉelaj procesoj. CirRNA-esprim-analizo disponigas sciojn pri la reguligaj roloj de tiuj molekuloj kaj ilian signifon en diversaj ĉelaj procezoj, evoluaj stadioj, kaj malsankondiĉoj, kontribuante al pli profunda kompreno de la komplekseco de RNA-reguligo en la kunteksto de genekspresio.
-
Tuta Transcriptome Sekvencado - Illumina
Tuta transkriptomsekvencado ofertas ampleksan aliron al profilado de diversspecaj RNA-molekuloj, ampleksante kodigajn (mRNA) kaj ne-kodigajn RNAojn (lncRNA, circRNA, kaj miRNA). Tiu tekniko kaptas la tutan transcriptomon de specifaj ĉeloj en antaŭfiksita momento, enkalkulante holisman komprenon de ĉelaj procezoj. Ankaŭ konata kiel "totala RNA-sekvencado", ĝi planas riveli malsimplajn reguligajn retojn sur la transcriptome-nivelo, ebligante profundan analizon kiel konkuranta endogena RNA (ceRNA) kaj komunan RNA-analizon. Tio markas la komencan paŝon direkte al funkcia karakterizado, precipe en malimplikado de la reguligaj retoj implikantaj circRNA-miRNA-mRNA-bazitajn ceRNA-interagojn.
-
Kromatina Imunprecipita Sekvencado (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) estas tekniko kiu ekspluatas antikorpojn por selekteme riĉigi DNA-devigajn proteinojn kaj iliajn ekvivalentajn genomiccelojn. Ĝia integriĝo kun NGS ebligas la genar-kovrantan profiladon de DNA-celoj asociitaj kun histonmodifo, transkripcifaktoroj, kaj aliaj DNA-devigaj proteinoj. Ĉi tiu dinamika aliro ebligas komparojn de ligejoj trans diversaj ĉeltipoj, histoj aŭ kondiĉoj. La aplikoj de ChIP-Seq daŭras de studado de transkripcia reguligo kaj evoluaj vojoj ĝis pliklarigado de malsano-mekanismoj, igante ĝin nemalhavebla ilo por kompreni genomicreguligajn pejzaĝojn kaj progresi terapiajn komprenojn.
Platformo: Illumina NovaSeq
