-
Hi-C bazita Kromatina Interago
Hi-C estas metodo dizajnita por kapti genoman konfiguracion kombinante sondajn proksimec-bazitajn interagojn kaj alt-trafian sekvencon. La metodo estas bazita sur kromatina krucligo kun formaldehido, sekvita per digestado kaj religado en maniero kiel ke nur fragmentoj kiuj estas kovalente ligitaj formos ligproduktojn. Sekvencante ĉi tiujn ligproduktojn, estas eble studi la 3D organizon de la genaro. Hi-C ebligas studi la distribuadon de la partoj de la genaro kiuj estas malpeze pakitaj (A-kupeoj, eŭkromatino) kaj pli verŝajne esti transkribe aktivaj, kaj la regionoj kiuj estas pli malloze pakitaj (B-kupeoj, Heterokromatino). Hi-C ankaŭ povas esti uzata por indiki Topologie Asociitajn Domajnojn (TAD), regionojn de la genaro kiuj havas falditajn strukturojn kaj verŝajne havas similajn esprimpadronojn, kaj por identigi kromatinbuklojn, DNA-regionojn kiuj estas ankritaj kune per proteinoj kaj kiuj estas ofte riĉigita je reguligaj elementoj. La servo de sekvencado Hi-C de BMKGene rajtigas esploristojn esplori la spacajn grandecojn de genomiko, malfermante novajn vojojn por kompreni genarreguladon kaj ĝiajn implicojn en sano kaj malsano.
-
Kromatina Imunprecipita Sekvencado (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) estas tekniko kiu ekspluatas antikorpojn por selekteme riĉigi DNA-devigajn proteinojn kaj iliajn ekvivalentajn genomiccelojn. Ĝia integriĝo kun NGS ebligas la genar-kovrantan profiladon de DNA-celoj asociitaj kun histonmodifo, transkripcifaktoroj, kaj aliaj DNA-devigaj proteinoj. Ĉi tiu dinamika aliro ebligas komparojn de ligejoj trans diversaj ĉeltipoj, histoj aŭ kondiĉoj. La aplikoj de ChIP-Seq daŭras de studado de transkripcia reguligo kaj evoluaj vojoj ĝis pliklarigado de malsano-mekanismoj, igante ĝin nemalhavebla ilo por kompreni genomicreguligajn pejzaĝojn kaj progresi terapiajn komprenojn.
Platformo: Illumina NovaSeq
-
Tuta genaro-bisulfitsekvencado (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) staras kiel la or-norma metodaro por profunda esplorado de DNA-metiligo, specife la kvina pozicio en citozino (5-mC), pivota reguligisto de genesprimo kaj ĉela agado. La principo subesta WGBS implikas bisulfittraktadon, induktante la konvertiĝon de nemetiligitaj citozinoj al uracilo (C al U), lasante metiligitajn citozinojn senŝanĝaj. Tiu tekniko ofertas unu-bazan rezolucion, permesante al esploristoj amplekse esplori la metilomon kaj malkovri eksternormajn metiligpadronojn asociitajn kun diversaj kondiĉoj, precipe kancero. Uzante WGBS, sciencistoj povas akiri senekzemplajn komprenojn pri genar-kovrantaj metilaj pejzaĝoj, provizante nuancan komprenon de la epigenezaj mekanismoj kiuj subestas diversajn biologiajn procezojn kaj malsanojn.
-
Analizo por Transposase-Alirebla Kromatino kun Alta Trafia Sekvencado (ATAC-seq)
ATAC-seq estas alt-trafia sekvenca tekniko uzita por genar-kovranta kromatina alirebleco-analizo. Ĝia uzo disponigas pli profundan komprenon de la kompleksaj mekanismoj de tutmonda epigenetika kontrolo de genekspresio. La metodo uzas hiperaktivan Tn5-transposazon por samtempe fragmentigi kaj etikedi malfermajn kromatinregionojn enigante sekvencaj adaptiloj. Posta PCR-plifortigo rezultigas la kreadon de sekvenca biblioteko, kiu enkalkulas la ampleksan identigon de malfermaj kromatinregionoj sub specifaj spactempokondiĉoj. ATAC-seq disponigas holisman vidon de alireblaj kromatinpejzaĝoj, male al metodoj kiuj nur temigas transkripcifaktorajn liglokojn aŭ specifajn histon-modifitajn regionojn. Sekvencante ĉi tiujn malfermajn kromatinregionojn, ATAC-seq rivelas regionojn pli verŝajnajn al aktivaj reguligaj sekvencoj kaj eblajn transkripcifaktorajn ligejojn, ofertante valorajn sciojn pri la dinamika modulado de genesprimo trans la genaro.
-
Reduktita Reprezenta Bisulfita Sekvencado (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) aperis kiel kostefika kaj efika alternativo al Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) en DNA-metiligesplorado. Dum WGBS disponigas ampleksajn komprenojn ekzamenante la tutan genaron ĉe unubaza rezolucio, ĝia alta kosto povas esti limiga faktoro. RRBS strategie mildigas tiun defion selekteme analizante reprezentan parton de la genaro. Tiu metodaro dependas de la riĉigo de CpG-insulaj regionoj per MspI-interfendo sekvita per grandecselektado de 200-500/600 bps fragmentoj. Sekve, nur regionoj proksimaj al CpG-insuloj estas sekvencitaj, dum tiuj kun malproksimaj CpG-insuloj estas ekskluditaj de la analizo. Tiu procezo, kombinita kun bisulfitsekvencado, permesas alt-rezolucian detekton de DNA-metiligo, kaj la sekvencaliro, PE150, temigas specife la finojn de la enigaĵoj prefere ol la mezo, pliigante la efikecon de metiligprofilado. La RRBS estas valorega ilo kiu ebligas kostefikan DNA-metiligesploradon kaj progresigas scion pri epigenezaj mekanismoj.
