Varmomapo
La ilo Heatmap akceptas matrican datumdosieron kiel enigaĵon kaj permesas al uzantoj filtri, normaligi kaj grupigi datumojn. La primara uzkazo por varmomapoj estas grupanalizo de genekspresionivelo inter malsamaj provaĵoj.
Gene Annotation
La Gene Annotation-ilo elfaras genan komentadon bazitan sur sekvencparaleligo de enigaĵaj FASTA-dosieroj kontraŭ diversaj datumbazoj.
Baza Loka Alliniiga Serĉilo (BLAST)
La BLAST-ilo estas BMKCloud integra versio de NCBI BLAST kaj povas esti uzata por plenumi la samajn funkciojn uzante datumojn alŝutitajn al la BMKCloud-konto.
CDS_UTR Antaŭdiro
La CDS_UTR-Prognoza ilo estas dizajnita por antaŭdiri kodigajn regionojn (CDS) kaj ne-kodigajn regionojn (UTR) en antaŭfiksitaj transskribaj sekvencoj bazitaj sur BLAST-rezultoj kontraŭ konataj proteindatumbazoj kaj ORF-prognozrezultoj.
Manhatana Intrigo
La Manhattan Plot-ilo ebligas montradon de altaj provaĵeksperimentoj kaj estas ofte uzita en genar-kovrantaj asociostudoj (GWAS).
Cirko Diagramo
La CIRCOS Diagram-ilo disponigas efikan bildigon de kiel genoma trajto estas distribuitaj trans la genaro. Oftaj ecoj inkludas kvantajn lokusojn, SNPojn, InDels, strukturajn kaj kopinumervariaĵojn.
Gena Ontologio (GO) Riĉigo
La GO-Riĉiga ilo disponigas funkcian riĉigan analizon. La primara programaro en ĉi tiu ilo estas la pakaĵo TopGO-Bioconductor, kiu inkluzivas diferencigan esprimanalizon, GO-riĉigan analizon kaj bildigon de la rezultoj.
Pezpezita Gena Kunesprima Reta Analizo (WGCNA)
WGCNA estas vaste uzata datenminadmetodo por malkovri genajn kunesprimmodulojn. Ĝi estas uzebla al diversa esprimo-datunserio inkluzive de mikrotabelo kaj NGS-gen-esprimdatenoj.
InterProScan
La InterProScan-ilo disponigas InterPro-proteinsekvencanalizon kaj klasifikon.
GO KEGG Riĉigo
La GO KEGG-Riĉiga ilo estas dezajno por generi GO-riĉigan histogramon, KEGG-riĉigan histogramon kaj KEGG-riĉigan vojon bazitan sur provizita genaro kaj responda komentario.