Planto/besto tuta genoma sekvenco
Servaj Trajtoj
● Biblioteko-preparo povas esti norma aŭ PCR-libera
● Havebla en 4 sekvencaj platformoj: Illumina Novaseq, Mgi T7, Nanopore Promethion P48, aŭ Pacbio Revio.
● Bioinformata analizo temigis la detekton de variantoj: SNP, Indel, SV kaj CNV
Servaj avantaĝoj
●Ampleksaj kompetentecoj kaj publikigaj registroj: Akumulita sperto pri sekvencado de genomoj por pli ol 1000 specioj rezultigis pli ol 1000 eldonitajn kazojn kun akumula efika faktoro de pli ol 5000.
●Ampleksa bioinformatika analizo: Inkluzive de varia alvoko kaj funkcia komentario.
● Post-venda subteno:Nia devontigo etendas preter projekt-kompletigo kun 3-monata post-venda servo-periodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas sekvadon de projektoj, problemojn pri helpo, kaj Q & A-sesioj por trakti iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
●Ampleksa komentario: Ni uzas multoblajn datumbazojn por funkcie noti la genojn kun identigitaj variadoj kaj plenumi la respondan riĉigan analizon, provizante komprenojn pri multnombraj esplorprojektoj.
Servaj Specifoj
| Variantoj identigeblaj | Sekvenca Strategio | Rekomendita profundo |
| SNP kaj Indel | Illumina Novaseq PE150 aŭ Mgi T7 | 10x |
| SV kaj CNV (malpli preciza) | 30x | |
| SV kaj CNV (pli preciza) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPS, Indels, SV kaj CNV | Pacbio Revo | 10x |
Specimaj postuloj
| Histo aŭ ĉerpitaj nukleaj acidoj | Illumina/Mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Besto viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Besta muskolo | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Mamula sango | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Birdo/fiŝa sango | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Planto- freŝa folio | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kulturĉeloj |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekto mola histo/individuo | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ĉerpita DNA
| Koncentriĝo: ≥ 1 ng/ µl Kvanto: ≥ 30 ng Limigita aŭ neniu degenero aŭ poluado
| Koncentriĝo Kvanto
OD260/280
OD260/230
Limigita aŭ neniu degenero aŭ poluado
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/flua ĉelo/specimeno
1.7-2.2
≥1.5 | Koncentriĝo Kvanto
OD260/280
OD260/230
Limigita aŭ neniu degenero aŭ poluado | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/flua ĉelo/specimeno
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-libera biblioteka preparo: Koncentriĝo≥ 40 ng/ µl Kvanto ≥ 500 ng | |||||
Serva laborfluo
Ekzempla liverado
Eltiro de DNA
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Liverado de datumoj
Inkluzivas la jenan analizon:
- Kruda datumkvalita kontrolo
- Statistikoj pri vicigo al referenca genomo
- Varianta Identigo: SNP, Indel, SV kaj CNV
- Funkcia komentario de variantoj
Statistikoj de Aliĝo al Referenca Genomo - Sekvenca Profunda Distribuo
SNP -alvoko inter multoblaj specimenoj
Indel-identigo-Statistikoj pri la Indel-longo en la regiono CDS kaj la genoma-larĝa regiono
Varianta distribuo tra la genomo - Circos -intrigo
Funkcia komentario de genoj kun identigitaj variantoj - gena ontologio
Chai, Q. et al. (2023) 'Glutationa s -transferase GHTT19 determinas floran petalan pigmentadon per reguliga antocianina amasiĝo en kotono', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. DOI: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kromosoma-nivela sovaĝa hevea brasiliensis genomo provizas novajn ilojn por genomik-helpata reproduktado kaj valora loci por altigi kaŭĉukan rendimenton', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genomo de la estuara ostro donas komprenojn pri klimata efiko kaj adapta plastikeco', Komunikado -Biologio 2021 4: 1, 4 (1), pp 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analizo de genomoj kaj metilado ŝanĝoj en ĉinaj indiĝenaj kokidoj tra la tempo donas komprenon pri konservado de specioj', Komunikado -Biologio, 5 (1), pp 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
