Planto/besto de nova genoma sekvencado
De novoSekvenco rilatas al la konstruado de la tuta genomo de specio uzante sekvencajn teknologiojn en foresto de referenca genomo. La enkonduko kaj ĝeneraligita adopto de tria-generacia sekvenco, kun pli longaj legaĵoj, havas signife plibonigitan genoman asembleon pliigante la interkovron inter legaĵoj. Ĉi tiu plibonigo estas aparte grava kiam temas pri malfacilaj genomoj, kiel tiuj, kiuj montras altan heterozigosecon, altan rilatumon de ripetaj regionoj, poliploidoj kaj regionoj kun ripetaj elementoj, eksternormaj GC sola.
Nia unufoja solvo provizas integritajn sekvencajn servojn kaj bioinformatan analizon, kiuj liveras altkvalitan de novo kunmetitan genomon. Komenca genoma enketo kun Illumina provizas taksojn de genoma grandeco kaj komplikeco, kaj ĉi tiu informo estas uzata por gvidi la sekvan paŝon de long-legita sekvenco kun Pacbio Hifi, sekvita dede novoasembleo de konturoj. La posta uzo de HIC-asembleo ebligas ankradon de la konturoj al la genomo, akirante kromosom-nivelan asembleon. Fine, la genomo estas komentita per gena prognozo kaj per sekvencado esprimitaj genoj, recurre al transkriptomoj kun mallongaj kaj longaj legaĵoj.
Servaj Trajtoj
● Integriĝo de multoblaj sekvencaj kaj bioinformataj servoj en unufoja solvo:
Enketo pri genomoj kun Illumina por taksi genomgrandecon kaj gvidi postajn paŝojn;
Longe legu sekvencon porde novoasembleo de konturoj;
Hi-C-sekvenco por ankrado de kromosomoj;
mRNA -sekvenco por komentario de genoj;
Validigo de la Asembleo.
● Servo taŭga por la konstruado de novaj genomoj aŭ plibonigo de ekzistantaj referencaj genomoj por specioj de intereso.
Servaj avantaĝoj
Disvolviĝo de sekvencaj platformoj kaj bioinformatiko ende novogenoma asembleo
(Amarasinghe SL et al.,Genoma Biologio, 2020)
●Ampleksa kompetenteco kaj publikiga rekordo: BMKGENE akumulis amasan sperton en altkvalita genoma asembleo de diversaj specioj, inkluzive de diploidaj genomoj kaj tre kompleksaj genomoj de poliploidaj kaj alopoliploidaj specioj. Ekde 2018, ni kontribuis al300 Alt-Efikaj Eldonaĵoj, kaj 20+ el ili estas publikigitaj en Natur-Genetiko.
● unufoja solvo: Nia integra aliro kombinas multoblajn sekvencajn teknologiojn kaj bioinformatajn analizojn en koheran fluon de laboro, liverante altkvalitan kunvenan genomon.
●Adaptita al viaj bezonoj: Nia serva fluo de laboro estas agordebla, permesante adaptadon por genomoj kun diversaj funkcioj kaj specifaj esploraj bezonoj. Ĉi tio inkluzivas gastigajn gigantajn genomojn, poliproidajn genomojn, tre heterozigotajn genomojn, kaj pli.
●Tre lerta bioinformatiko kaj laborata teamo: Kun bonega sperto en la eksperimenta kaj bioinformatika fronto de kompleksaj genomaj asembleoj kaj serio de patentoj kaj programaj kopirajtoj.
●Post-venda subteno:Nia devontigo etendas preter projekt-kompletigo kun 3-monata post-venda servo-periodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas sekvadon de projektoj, problemojn pri helpo, kaj Q & A-sesioj por trakti iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
Servaj Specifoj
| Genoma Enketo | Genoma asembleo | Kromosoma-Nivelo | Genoma komentario |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS HiFi Legas | 100x hi-c | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (nedeviga) Plenlonga RNA-seq Pacbio 40 GB aŭ Nanopore 12 GB |
Servaj Postuloj
Por Genoma Enketo, Genoma Asembleo kaj Hi-C-Asembleo:
| Histo aŭ ĉerpitaj nukleaj acidoj | Genoma Enketo | Genoma asembleo kun pacbio | Hi-C Asembleo |
| Besto viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Besta muskolo | ≥ 5 g | ||
| Mamula sango | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Birdo/fiŝa sango | ≥ 0,5 ml | ||
| Planto- freŝa folio | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Kulturĉeloj |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insekto | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Ĉerpita DNA | Koncentriĝo: ≥1 ng/ µl Kvanto ≥ 30 ng Limigita aŭ neniu degenero aŭ poluado | Koncentriĝo: ≥ 50 ng/ µl Kvanto: 10 µg/flua ĉelo/specimeno OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Limigita aŭ neniu degenero aŭ poluado |
-
|
Por genoma komentario kun transkriptomiko:
| Histo aŭ ĉerpitaj nukleaj acidoj | Illumina Transcriptome | Pacbio Transcriptome | Nanopore -transkripto |
| Planto- radiko/tigo/petalo | 450 mg | 600 mg | |
| Planto - Folio/Semo | 300 mg | 300 mg | |
| Planto - Frukto | 1.2 G | 1.2 G | |
| Besto -Koro/Intestino | 300 mg | 300 mg | |
| Besto viscera/cerbo | 240 mg | 240 mg | |
| Besta muskolo | 450 mg | 450 mg | |
| Bestaj ostoj/haroj/haŭto | 1 g | 1 g | |
| Artropodo - Insekto | 6 | 6 | |
| Artropodo -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Tuta sango | 1 tubo | 1 tubo | |
| Ĉerpita RNA | Koncentriĝo: ≥ 20 ng/ µl Kvanto ≥ 0,3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Koncentriĝo: ≥ 100 ng/ µl Kvanto ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Koncentriĝo: ≥ 100 ng/ µl Kvanto ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Rekomendita ekzempla liverado
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (stana folio ne rekomendas)
(Por plej multaj specimenoj, ni rekomendas ne konservi en etanolo.)
Specimena etikedado: Specimenoj devas esti klare etiketitaj kaj identaj al la prezentita ekzempla informa formo.
Sendo: Seka-glacio: Specimenoj devas esti enpakitaj en sakoj unue kaj entombigitaj en seka glacio.
Laborfluo
Serva laborfluo
Eksperimenta Dezajno
Ekzempla liverado
Eltiro de DNA
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Post-vendaj servoj
Kompleta bioinforma analizo, apartigita en 4 paŝoj:
1) Genoma Enketo, surbaze de K-Mer-analizo kun NGS-legaĵoj:
Takso de genoma grandeco
Takso de heterozigoseco
Takso de ripetaj regionoj
2) Genoma Asembleo kun Pacbio Hifi:
De novoAsembleo
Asembleo -Takso: Inkluzive de Busco -Analizo por genoma kompleteco kaj mapado de NGS kaj Pacbio Hifi legas
3) Hi-C Asembleo:
Hi-C Library QC: Taksado de validaj Hi-C-Interagoj
Hi-C-Asembleo: grupigo de konturoj en grupoj, sekvita de konti-ordigado ene de ĉiu grupo kaj asignanta kontinan orientiĝon
Hi-C-takso
4) Genoma komentario:
Ne-kodiga RNA-antaŭdiro
Ripetaj Sekvencoj Identigo (Transposons kaj Tandem Repeats)
Gene -prognozo
§De novo: ab initio -algoritmoj
§ Surbaze de homologio
§ Surbaze de transkripto, kun longaj kaj mallongaj legaĵoj: legaĵoj estasde novokunvenigita aŭ mapita al la projekta genomo
§ Komentario de antaŭdiritaj genoj kun multnombraj datumbazoj
1) Genoma Enketo- K-Mer-analizo
2) Genoma Asembleo
2) Genoma Asembleo - Pacbio HiFi Legas Mapadon al Projekta Asembleo
2) Hi-C-Asembleo-Taksado de Hi-C Validaj Interagaj Paroj
3) Hi-C Post-Asembla Taksado
4) Genoma komentario - integriĝo de antaŭviditaj genoj
4) Genoma komentario - antaŭdirita gena komentario
Esploru la progresojn faciligitajn de la de novo -genoma asembleo de BMKGene per komisiita kolekto de publikaĵoj:
Li, C. et al. (2021) 'Genomaj sekvencoj malkaŝas tutmondajn disvastigajn itinerojn kaj sugestas konverĝajn genetikajn adaptojn en marborda evoluo', Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'Grandskalaj kromosomaj ŝanĝoj kondukas al genom-nivelaj esprimaj ŝanĝoj, media adapto kaj speciigo en la gaja (Bos frontalis)', molekula biologio kaj evoluo, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) 'Genoma asembleo kaj genetika disekto de eminenta sekeco-rezistema maizo-ĝermoplasmo', Natura Genetiko 2023 55: 3, 55 (3), pp 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Malkaŝa evoluo de tropana alkaloida biosintezo analizante du genomojn en la familio Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Defiaj Kazo-Studoj:
Telomere-al-Telomera Asembleo:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-al-telomera genoma asembleo de amara melono (Momordica charantia L. var. Abbreviata ser.) Malkaŝas fruktan disvolviĝon, kunmetaĵon kaj maturiĝajn genetikajn trajtojn', hortikulturan esploradon, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Haplotipo -Asembleo:Hu, W. et al. (2021) 'Alel-difinita genomo rivelas biallelikan diferencigon dum kasava evoluo', Molekula Planto, 14 (6), pp 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Giganta Genoma Asembleo:Yuan, J. et al. (2022) 'genoma bazo de la giga-kromosomoj kaj giga-genomo de arbo peona paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploida genoma asembleo:Zhang, Q. et al. (2022) 'Genomaj komprenoj pri la lastatempa kromosoma redukto de aŭtopolyploida sukerkano sakra spontaneum', Naturo -Genetiko 2022 54: 6, 54 (6), pp 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
