Pacbio Plenlonga transkriptomo

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, ebligas precizan identigon de transskribaj izoformoj, ĵetante lumon pri alternativa poliadeniligo kaj splisado, kaj kondukante al pli preciza genesprimo-analizo. La BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome-dukto estas dizajnita por analizi cDNA-bibliotekojn sekvencitajn en Circular Consensus Sequencing (CCS) reĝimo kaj identigas Plenlongajn Non-Chimeric (FLNC) sekvencojn, kiuj tiam estas amasigitaj en ne-redundaj transskribaĵoj. Posta BUSCO-analizo taksas la kompletecon de la transkriptomasembleo. De la kunvenita transcriptome, multoblaj analizoj estas faritaj: alternativa splisado, simpla sekvencripeto (SSR), prognozo de lncRNA kaj ekvivalentaj celgenoj, antaŭdiro de novaj genoj, genfamilianalizo, transkripcifaktoranalizo, kaj funkcia komentario de transskribaĵoj.