PacBio 2+3 Plenlonga mRNA-Solvo
Karakterizaĵoj
● Studa dezajno:
Kunigita provaĵo sekvencita kun PacBio por identigi transskribaĵizoformojn
Apartaj specimenoj (reproduktaĵoj kaj kondiĉoj testendaj) sekvencitaj kunNGS por kvantigi transskriban esprimon
● PacBio-sekvencado en CCS-reĝimo, generante HiFi-legojn
● Sekvencado de la plenlongaj transskribaĵoj
● Analizo ne bezonas referencan genaron; tamen, ĝi povas esti utiligita
● Bioinformatika analizo inkluzivas ne nur esprimon ĉe geno kaj izoform-nivelo sed ankaŭ analizon de lncRNA, genfuziojn, poli-adenilation kaj genstrukturon.
Avantaĝoj
● Alta Precizeco: HiFi legas kun precizeco >99.9% (Q30), komparebla al NGS
● Alternativa Splisada Analizo: sekvencado de ĉiuj transskribaĵoj ebligas izoforman identigon kaj karakterizadon.
● Kombinaĵo de PacBio kaj NGS-Fortoj: ebligante kvantigon de esprimo sur la izoformnivelo, rivelante ŝanĝon kiu povas esti maskita dum analizado de la tuta genekspresio
● Vasta Sperto: kun rekordo pri kompletigado de pli ol 1100 plenlongaj transcriptomaj projektoj de PacBio kaj prilaborado de pli ol 2300 specimenoj, nia teamo alportas riĉecon da sperto al ĉiu projekto.
● Post-venda Subteno: nia devontigo etendiĝas preter projektokompletigo kun 3-monata post-venda servoperiodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri solvo de problemoj kaj sesiojn pri demandoj kaj respondoj por trakti demandojn rilate al la rezultoj.
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Sekvenca strategio | Datenoj rekomenditaj | Kvalita Kontrolo |
| PolyA riĉigis mRNA CCS-bibliotekon | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A riĉigita | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidoj
|
| Konk. (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| Biblioteko Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: RIN≥4.0; Por bestoj: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alteco |
| Biblioteko PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Plantoj: RIN≥7.5 Bestoj: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alteco |
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendado:
1. Seka glacio:Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
2. RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Inkluzivas la sekvan analizon:
Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
Alternativa Poliadeniliga Analizo (APA)
Fuzia transskriba analizo
Alternativa Splisada Analizo
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analizo
Nova transskribanalizo: antaŭdiro de kodaj sekvencoj (CDS) kaj funkcia komentario
lncRNA-analizo: prognozo de lncRNA kaj celoj
Mikrosatelita Identigo (SSR)
Differentially Expressed Transcripts (DETs) analizo
Analizo de Differentially Expressed Genes (DEGoj).
Funkcia komentario de DEG kaj DET
BUSCO-analizo
Alternativa Splisada Analizo
Alternativa Poliadeniliga Analizo (APA)
Diference Esprimitaj Genoj (DEGoj) kaj Transskribaĵoj (DETs9 analizo
Protein-proteinaj interagaj retoj de DEToj kaj DEGoj
Esploru la progresojn facilitajn de la plenlonga mRNA-sekvencado de PacBio 2+3 de BMKGene per vikariita kolekto de publikaĵoj.
Chao, Q. et al. (2019) 'La evolua dinamiko de la Populus tigo transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamic Changes in Ascorbic Acid Content during Fruit Development and Ripening of Actinidia latifolia (an Ascorbate-Rich Fruit Crop) and the Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Efika prognozo de biosintezaj padgenoj implikitaj en bioaktivaj polifilinoj en Paris polyphylla", Communications Biology 2022 5:1, 5 (1), pp 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Kombinita PacBio Iso-Seq kaj Illumina RNA-Seq Analizo de la Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome kaj Cytochrome P450 Genoj", Insektoj, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/INSEKTOJ14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Enketo pri transcriptome-komplekseco uzanta PacBio-unu-molekulan realtempan analizon kombinita kun Illumina RNA-sekvencado por pli bona kompreno de ricinoleic-acida biosintezo en Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
