Ne-referencaj mRNA-sekvencaj ngs
Trajtoj
● Kaptado de poli mRNA antaŭ biblioteka preparo
● Sendepende de iu ajn referenca genomo: surbaze de de novo-asembleo de transskribaĵoj, generante liston de unigenoj, kiuj estas komentitaj per multnombraj datumbazoj (NR, Svisa-Prot, COG, KOG, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Ampleksa bioinformata analizo de gena esprimo kaj transskriba strukturo
Servaj avantaĝoj
●Vasta kompetenteco: Kun trako pri prilaborado de pli ol 600.000 specimenoj ĉe BMKGENE, ampleksante diversajn specimenojn kiel ĉelkulturoj, histoj kaj korpaj fluidoj, nia teamo alportas riĉan sperton al ĉiu projekto. Ni sukcese fermis pli ol 100.000 mRNA-seq-projektojn en diversaj esploraj domajnoj.
●Rigora kvalitkontrolo: Ni efektivigas kernajn kontrolpunktojn tra ĉiuj stadioj, de specimeno kaj biblioteka preparo ĝis sekvencado kaj bioinformatiko. Ĉi tiu skrupula monitorado certigas la liveradon de konstante altkvalitaj rezultoj.
● Ampleksa komentario: Ni uzas multoblajn datumbazojn por funkcie noti la malsamajn esprimitajn genojn (DEG) kaj plenumi la respondan riĉigan analizon, provizante komprenojn pri la ĉelaj kaj molekulaj procezoj sub la transkripta respondo.
●Post-venda subteno: Nia devontigo etendas preter projekt-kompletigo kun 3-monata post-venda serva periodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas sekvadon de projektoj, problemojn pri helpo, kaj Q & A-sesioj por trakti iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
Specimaj postuloj kaj liverado
| Biblioteko | Sekvenca Strategio | Datumoj Rekomenditaj | Kvalitkontrolo |
| Poli riĉigita | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Specimaj postuloj:
Nukleotidoj:
| Conc. (Ng/µl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA -poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: Rin≥4.0; Por bestoj: Rin≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alto |
● Plantoj:
Radiko, tigo aŭ petalo: 450 mg
Folio aŭ semo: 300 mg
Frukto: 1.2 G
● Besto:
Koro aŭ intesto: 300 mg
Viscera aŭ cerbo: 240 mg
Muskolo: 450 mg
Ostoj, haroj aŭ haŭto: 1g
● Artropodoj:
Insektoj: 6g
Krustacea: 300 mg
● Tuta sango: 1 tubo
● Ĉeloj: 106 ĉeloj
Rekomendita ekzempla liverado
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (stana folio ne rekomendas)
Specimena etikedado: Grupo+replikas ekz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendo:
1. Seka-glacio: Specimenoj devas esti enpakitaj en sakoj kaj entombigitaj en seka glacio.
2. RNAstable -tuboj: RNA -specimenoj povas esti sekigitaj en RNA -stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj ekspedita en ĉambra temperaturo.
Serva laborfluo
Eksperimenta Dezajno
Ekzempla liverado
RNA -eltiro
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Post-vendaj servoj
Bioinformatiko
Transkripta Asembleo kaj Unigena Selektado
Unigena komentario
Ekzempla korelacio kaj takso de biologiaj replikoj
Malsame esprimitaj genoj (DEGS)
Funkcia komentario de DEGS
Funkcia riĉigo de DEGS
Esploru la progresojn faciligitajn de la eŭkariotaj NGS -sekvencaj servoj de BMKGENE per sekvencaj servoj per komisiita kolekto de publikaĵoj.
Shen, F. et al. (2020) 'de nova transcriptoma asembleo kaj seks-biasa gena esprimo en la gonadoj de Amur-katfiŝo (Silurus asotus)', Genomiko, 112 (3), pp 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkripta analizo de sukeroza metabolo dum ŝvelaĵo kaj disvolviĝo en cepo (Allium Cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (septembro), p. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'de nova asembleo, karakterizado kaj komentario por la transkriptomo de Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptoma analizo donas komprenojn pri la salo -toleremo de Podocarpus makrofilo sub saleca streso', BMC Plant Biology, 21 (1), pp 1-17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/ciferoj/9.
