Genoma evoluo, pangenomo
Kio estas Pan-Genoma?
Akumulitaj evidentecoj montras, ke varianco inter malsamaj streĉoj de specio povas esti grandega. Unu sola genomo estas sufiĉe malproksima por akiri la tutan bildon de genetikaj informoj de unu specio. La celo de pan-genoma studo estas akiri pli ampleksan genomikan grafeon de specio kaj malkodi la rilatojn inter trajtoj kaj genetikaj kodoj per farado de genomo de nova muntado de multnombraj streĉoj, kio permesas pli profundan kaj pli larĝan minadon de la variaĵoj.
Tendencoj de pan-genoma studo
Figuro 1 La tendencoj de publikigitaj esploraj artikoloj de pan-genomo.
Noto: La figuro montras la rezulton de prenado de "Pan-Genoma" kiel la ŝlosila vorto por serĉi la titolojn de artikoloj publikigitaj en Naturo, Ĉelaj kaj Sciencaj Serioj.
a. Legaĵoj de multnombraj specimenoj estas vicigitaj al referenco kaj nealignitaj estas kunvenigitaj en novaj konturoj. Aldonante ĉi tiujn novajn kontaktojn al la originala referenca sekvenco, pangenoma referenco povas esti konstruita. Dispensaj regionoj estas determinitaj surbaze de mapado ĉiuj legas reen al la pangenomo.
b. De novo -asembleo de la genomoj de multnombraj aliroj permesas tutajn aliĝajn alirojn por identigi dispenseblajn genomajn regionojn.
c. Pan-genoma grafeo povas esti konstruita el tutaj genomaj vicoj aŭ de de novo grafika asembleo, kiu efike stokas variantajn informojn de dispenseblaj regionoj kiel unikaj vojoj tra la grafeo.
Kiel konstrui pan-genomon?
Figuro 2 Komparo de pan-genomaj aliroj1
a. Legaĵoj de multnombraj specimenoj estas vicigitaj al referenco kaj nealignitaj estas kunvenigitaj en novaj konturoj. Aldonante ĉi tiujn novajn kontaktojn al la originala referenca sekvenco, pangenoma referenco povas esti konstruita. Dispensaj regionoj estas determinitaj surbaze de mapado ĉiuj legas reen al la pangenomo.
b. De novo -asembleo de la genomoj de multnombraj aliroj permesas tutajn aliĝajn alirojn por identigi dispenseblajn genomajn regionojn.
c. Pan-genoma grafeo povas esti konstruita el tutaj genomaj vicoj aŭ de de novo grafika asembleo, kiu efike stokas variantajn informojn de dispenseblaj regionoj kiel unikaj vojoj tra la grafeo.
Lastatempe eldonitaj pan-genomoj
● Seksperforto Pan-Genomoj2
● Tomato pan-genomoj 3
● Rizo Pan -Genomo4
● sunfloro pan-genoma5
● sojfabo pan-genoma 6
● Rizo Pan-Genomo7
● Hordea Pan-Genomo8
● Tritika Pan-Genomo9
● sorgo pan-genoma10
● Fitoplanktona pan-genomo11
Referenco
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomoj estas la nova referenco. NAT -plantoj. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Kanto JM, Guan Z, Hu J, et al. Ok altkvalitaj genomoj malkaŝas pan-genoman arkitekturon kaj ekotipan diferencadon de Brassica napus. NAT -plantoj. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. La tomato pan-genoma malkovras novajn genojn kaj maloftan alelon reguligantan fruktan guston. Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Pan-genoma analizo reliefigas la amplekson de genoma variaĵo en kultivita kaj sovaĝa rizo [eldonita korekto aperas en NAT Genet. 2018 Aug; 50 (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Sunfloro pan-genoma analizo montras, ke hibridigo ŝanĝis genan enhavon kaj malsanan reziston. NAT -plantoj. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-genomo de sovaĝaj kaj kultivitaj sojfaboj. Ĉelo. 2020; 182 (1): 162-176.E13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Pan-genoma analizo de 33 genetike diversaj rizaj aliroj malkaŝas kaŝitajn genomajn variaĵojn [publikigita interrete antaŭ presaĵo, 2021 25 majo]. Ĉelo. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. La hordea pan-genomo rivelas la kaŝitan heredaĵon de mutaciado. Naturo. 2020; 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Multoblaj tritikaj genomoj malkaŝas tutmondan variadon en moderna reproduktado. Naturo. 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Vasta variado ene de la pan-genomo de kultivita kaj sovaĝa sorgo [publikigita interrete antaŭ presaĵo, 2021 20 majo]. NAT -plantoj. 2021; 10.1038 / S41477-021-00925-X. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Fitoplanktona pangenomo rivelas vastan prokariotan horizontalan genan translokigon de diversaj funkcioj. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Eldonita 2020 Apr 29. DOI: 10.1126/sciadv.aba0111
Afiŝotempo: Jan-04-2022