Nanopora plenlonga transkriptomo

Sekvencado de Nanopore Transcriptome estas potenca metodo por sekvencado de plenlongaj cDNAoj, precize identigante kaj kvantigi transskribajn izoformojn. La plenlonga transkriptoma dukto de BMKCloud-nanopore estas desegnita por analizi datumojn de RNA-Seq generitaj sur la nanopore-platformo kontraŭ altkvalita bone anoncita referenca genomo, provizante kvalitan kaj kvantan analizon ĉe la geno kaj transskriba nivelo. Post kontrolo de kvalito, plenlongaj ne-chimerikaj (FLNC) sekvencoj estas akiritaj kaj konsentaj sekvencoj estas mapitaj al la referenca genomo por forigi redundajn transskribaĵojn. De ĉi tiu transskriba aro, esprimo estas kvantigita kaj malsame esprimitaj genoj kaj transskribaĵoj estas identigitaj kaj funkcie komentitaj. La dukto ankaŭ inkluzivas alternativan poliadenilan (APA) analizon, alternativan splicing -analizon, simplan sekvencan ripeton (SSR) analizon, antaŭdiron de lncRNA kaj respondaj celoj, antaŭdiro de kodaj sekvencoj (CDS), gena familia analizo, transskriba faktoro -analizo, antaŭdiro de novaj genoj kaj funkcia komentario de transskribaĵoj.