mRNA-seq (NGS) - De novo

mRNA-sekvencado permesas profiladon de ĉiuj mRNA-transskribaĵoj en ĉeloj sub specifaj kondiĉoj kaj estas vaste uzita teknologio en diversaj esplorlokoj. La BMKCloud De novo mRNA-seq-dukto estas dizajnita por analizi poli-A riĉigitajn sekvencbibliotekojn kiam neniu referenca genaro estas havebla. La dukto komenciĝas per kvalito-kontrolo, sekvita dede novotransskriba asembleo kaj unigene aro elekto. La unigena strukturanalizo antaŭdiras kodan sekvencon (CDS) kaj simplajn sekvencripetojn (SSR). Poste, la diferenciga esprimo-analizo trovas diferencige esprimitajn genojn (DEG) inter la testitaj kondiĉoj, sekvitaj per funkcia komentario kaj riĉigo de DEG-oj por ĉerpi biologiajn komprenojn.