Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Ensaluti

Produktoj

Hi-C-bazita kromatina interagado

Hi-C estas metodo desegnita por kapti genomikan agordon kombinante sondadon de proksimeco-bazitaj interagoj kaj altrapida sekvenco. La metodo baziĝas sur kromatina interligo kun formaldehido, sekvita de digesto kaj re-ligado en maniero, ke nur fragmentoj, kiuj estas kovalente ligitaj, formos ligajn produktojn. Sekvencante ĉi tiujn ligajn produktojn, eblas studi la 3D -organizon de la genomo. Hi-C ebligas studi la distribuadon de la porcioj de la genomo, kiuj estas malpeze plenplenaj (kupeoj, eŭkromatino) kaj pli verŝajne transkripcie aktivaj, kaj la regionoj pli firme plenplenaj (B-kupeoj, heterokromatino). Hi-C ankaŭ povas esti uzata por kalkuli topologie asociitajn domajnojn (TADS), regionojn de la genomo, kiuj havas falditajn strukturojn kaj verŝajne havas similajn esprimajn padronojn, kaj por identigi kromatinajn buklojn, DNA-regionojn, kiuj estas ankritaj kune de proteinoj kaj kiuj estas ofte riĉigita en reguligaj elementoj. La sekvenca servo de HI-C de BMKGene rajtigas esploristojn esplori la spacajn dimensiojn de genomiko, malfermante novajn avenuojn por kompreni genom-reguladon kaj ĝiajn implicojn en sano kaj malsano.

Kontaktu nin

Servaj Detaloj

Bioinformatiko

Demo -rezultoj

Prezentataj Eldonaĵoj

Servaj Trajtoj

● Sekvenco pri Illumina Novaseq kun PE150.

● Servo postulas specimenojn de histoj, anstataŭ ĉerpitaj nukleaj acidoj, por interligi kun formaldehido kaj konservi la interagojn de DNA-proteino.

● La HI-C-eksperimento implikas limigon kaj finan riparon de la gluecaj finoj kun biotino, sekvita per cirkulado de la rezultaj malpuraj finoj konservante la interagojn. La DNA tiam estas detruita per streptavidinaj bidoj kaj purigita por posta biblioteka preparo.

Servaj avantaĝoj

●Optimuma limiga enzima desegno: Por certigi altan HI-C-efikecon sur malsamaj specioj kun ĝis 93% validaj interagaj paroj.

●Ampleksaj kompetentecoj kaj publikigaj registroj:BMKGENE havas vastan sperton kun> 2000 Hi-C-sekvencaj projektoj el 800 malsamaj specioj kaj diversaj patentoj. Pli ol 100 eldonitaj kazoj kun akumula efika faktoro de pli ol 900.

●Tre lerta bioinformatika teamo:kun enlandaj patentoj kaj programaj kopirajtoj por HI-C-eksperimentoj kaj datuma analizo kaj mem-evoluinta bildiga datuma programaro.

●Post-venda subteno:Nia devontigo etendas preter projekt-kompletigo kun 3-monata post-venda servo-periodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas sekvadon de projektoj, problemojn pri helpo, kaj Q & A-sesioj por trakti iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.

●Ampleksa komentario: Ni uzas multoblajn datumbazojn por funkcie noti la genojn kun identigitaj variadoj kaj plenumi la respondan riĉigan analizon, provizante komprenojn pri multnombraj esplorprojektoj.

Servaj Specifoj

Biblioteko

Sekvenca Strategio

Rekomendita datuma eligo

Hi-C-signal-rezolucio

Hi-C Biblioteko

Illumina PE150

Kromatina buklo: 150x

Tad: 50x

Kromatina buklo: 10kb

Tad: 40kb

Servaj Postuloj

Ekzempla tipo	Bezonata sumo
Besta histo	≥2g
Tuta sango	≥2ml
Fungoj	≥1g
Planto- juna histo	1G/Aliquot, 2-4 alikotoj rekomenditaj
Kulturĉeloj	≥1x10⁷

Antaŭa: TGuide Smart Magnetic Plant RNA Kit

Sekva: DNBSEQ Antaŭfaritaj Bibliotekoj

Inkluzivas la jenan analizon:

● krudaj datumoj QC;

● Mapado kaj Hi-C Biblioteko QC: Validaj interagaj paroj kaj interagaj kadukaj eksponentoj (IDEoj);

● Genoma-larĝa interagado profilaktado: cis/trans-analizo kaj Hi-C-interaga mapo;

● Analizo de A/B -kupea distribuo;

● Identigo de TADS kaj kromatinaj bukloj;

● Diferenca analizo pri 3D kromatina strukturo -elementoj inter specimenoj kaj responda funkcia komentario de asociitaj genoj.

Cis kaj trans proporcia distribuo

Varmego de kromosomaj interagoj inter specimenoj

Genoma larĝa distribuo de A/B-kupeoj

Genoma larĝa distribuo de kromatinaj bukloj

Vidigo de Tads

Esploru la esploradajn progresojn faciligitajn de la HI-C-sekvencaj servoj de BMKGENE per komisiita kolekto de publikaĵoj.

Meng, T. et al. (2021) 'Kompara integra multi-uja analizo identigas Ca2 kiel novan celon por kordomo',Neŭro-onkologio, 23 (10), pp 1709-1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. et al. (2021) '3D-malorganizado kaj reordigo de genomo donas komprenojn pri patogenesis de NAFLD per integra Hi-C, Nanopore, kaj RNA-sekvencado',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.