De nova funga genoma asembleo
BMKGENE ofertas multvalorajn solvojn por fungaj genomoj, gastigante diversajn esplorajn bezonojn kaj deziratan genoman kompletecon. Uzi mallong-legitan Illumina sekvencon sole permesas la generacion de projekta genomo. Mallongaj legoj kaj long-legata sekvenco uzanta nanopore aŭ pacbio estas kombinitaj por pli rafinita funga genomo kun pli longaj konturoj. Plie, integri Hi-C-sekvencon plue plibonigas la kapablojn, ebligante la atingon de kompleta kromosom-nivela genomo.
Servaj Trajtoj
Kun tri eblaj elektoj por elekti depende de la dezirata grado de genoma kompleteco:
● Skizo de genoma opcio: Mallong-lega sekvenco kun Illumina Novaseq PE150.
● Funga fajna genoma opcio:
Enketo pri Genomo: Illumina Novaseq PE150.
Genoma Asembleo: Pacbio Revo (HiFi Reads) aŭ Nanopore Promethion 48.
● Kromosoma-nivela funga genomo:
Enketo pri Genomo: Illumina Novaseq PE150.
Genoma Asembleo: Pacbio Revo (HiFi Reads) aŭ Nanopore Promethion 48.
Contig ankranta kun Hi-C-Asembleo.
Servaj avantaĝoj
●Multnombraj sekvencaj strategioj haveblaj: Por malsamaj esplorceloj kaj postuloj de genoma kompleteco
●Kompleta Bioinformatika Laborfluo:Ĉi tio inkluzivas genoman asembleon kaj la antaŭdiron de multoblaj genomaj elementoj, funkcia gena notacio kaj kontiga ankrado.
●Vasta kompetenteco: Kun pli ol 12.000 mikrobaj genomoj kunvenitaj, ni alportas pli ol jardekon da sperto, tre lerta analiza teamo, ampleksa enhavo kaj bonega post-venda subteno.
●Post-venda subteno:Nia devontigo etendas preter projekt-kompletigo kun 3-monata post-venda servo-periodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas sekvadon de projektoj, problemojn pri helpo, kaj Q & A-sesioj por trakti iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
Servaj Specifoj
| Servo | Sekvenca Strategio | Kvalitkontrolo |
| Projekta genomo | Illumina PE150 100X | Q30≥85% |
| Bona genomo | Enketo de Genomoj: Illumina PE150 50 X Asembleo: Pacbio Hifi 30x aŭ Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio Unicelular） Contig N50 ≥2MB （Ont Unicelular） Contig N50 ≥500KB （Aliaj） |
| Kromosoma-nivela genomo | Enketo de Genomoj: Illumina PE150 50 X Asembleo: Pacbio Hifi 30x aŭ Nanopore 100x Hi-C Asembleo 100x | Contig -ankra proporcio> 90%
|
Servaj Postuloj
| Koncentriĝo (ng/µL) | Tuta kvanto (µg) | Volumo (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Unicelula fungo: ≥3.5x1010 ĉeloj
Makro -fungo: ≥10 g
Serva laborfluo
Ekzempla liverado
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Post-vendaj servoj
Inkluzivas la jenan analizon:
Enketo pri Genoma:
- Sekvencado de datumkvalita kontrolo
- Genoma takso: grandeco, heterozigoseco, ripetaj elementoj
Fajna genoma asembleo:
- Sekvencado de datumkvalita kontrolo
- De novoAsembleo
- Analizo de Genoma Komponento: Antaŭdiro de KD -oj kaj Multoblaj Genomaj Elementoj
- Funkcia komentario kun multnombraj ĝeneralaj datumbazoj (Iru, Kegg, ktp.) Kaj altnivelaj datumbazoj (karto, VFDB, ktp.)
Hi-C Asembleo:
- Hi-C Library Assessment.
- Konturoj ankrumantaj grupigon, ordigon kaj orientiĝon
- Taksado de Hi-C-Asembleo: Surbaze de referenca genomo kaj varmega mapo
Enketo pri Genoma: K-Mer-distribuo
Genoma Asembleo: Gene Homologa Notacio (NR -datumbazo)
Genoma Asembleo: Funkcia Gene -Annotacio (Iru)
Esploru la progresojn faciligitajn de la fungaj genomaj asembleaj servoj de BMKGENE per komisiita kolekto de publikaĵoj.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrita omika profilado de la medikamenta fungo inonototus obliquus sub mergitaj kondiĉoj',BMC -Genomiko, 24 (1), pp 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/ciferoj/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Sekvencado de genomoj malkaŝas la evoluajn kaj patogenajn mekanismojn de la tritika akra okulpoto patogena rizoctonia cerealis',La rikolta gazeto, 11 (2), pp 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genomaj rimedoj por kvar Clarireedia -specioj kaŭzantaj dolaron -makulon sur diversaj turfgrasoj',Planta Malsano, 107 (3), pp 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetika kaj molekula evidenteco de tetrapola pariĝa sistemo en la manĝebla fungo Grifola frondosa',Revuo por Fungoj, 9 (10), p. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
