Plenlonga mRNA-sekvencado-nanopore
Trajtoj
● Kaptado de Poly-A mRNA sekvita de cDNA-sintezo kaj biblioteka preparado
● Sekvenco de la plenlongaj transskribaĵoj
● Bioinformata analizo bazita sur vicigo al referenca genomo
● Bioinformata analizo inkluzivas ne nur esprimon ĉe geno kaj izoforma nivelo sed ankaŭ analizon de lncRNA, genaj fandadoj, poli-adenilado kaj gena strukturo
Servaj avantaĝoj
●Kvantigo de esprimo ĉe la izoforma nivelo: Ebligante detalan kaj precizan espriman analizon, malkaŝante ŝanĝon, kiu povas esti maskita kiam oni analizas la tutan genan esprimon
●Reduktitaj datumpostuloj:Kompare kun venonta generacia sekvenco (NGS), nanopore-sekvencado montras pli malaltajn datumajn postulojn, ebligante ekvivalentajn nivelojn de gena esprimo kvantiga saturado kun pli malgrandaj datumoj.
●Pli alta precizeco de esprimo kvantigo: ambaŭ ĉe geno kaj izoforma nivelo
●Identigo de pliaj transkriptomaj informoj: alternativa poliadenilado, fandaj genoj kaj lcnRNA kaj iliaj celaj genoj
●Vasta kompetenteco: Nia teamo alportas riĉan sperton al ĉiu projekto, kompletiginte pli ol 850 nanopore plenlongajn transkriptomajn projektojn kaj prilaboris pli ol 8.000 specimenojn.
●Post-venda subteno: Nia devontigo etendas preter projekt-kompletigo kun 3-monata post-venda serva periodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas sekvadon de projektoj, problemojn pri helpo, kaj Q & A-sesioj por trakti iujn ajn demandojn rilatajn al la rezultoj.
Specimaj postuloj kaj liverado
| Biblioteko | Sekvenca Strategio | Datumoj Rekomenditaj | Kvalitkontrolo |
| Poli riĉigita | Illumina PE150 | 6/12 GB | Meza Kvalita Poentaro: Q10 |
Specimaj postuloj:
Nukleotidoj:
| Conc. (Ng/µl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA -poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: Rin≥7.0; Por bestoj: Rin≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alto |
● Plantoj:
Radiko, tigo aŭ petalo: 450 mg
Folio aŭ semo: 300 mg
Frukto: 1.2 G
● Besto:
Koro aŭ intesto: 300 mg
Viscera aŭ cerbo: 240 mg
Muskolo: 450 mg
Ostoj, haroj aŭ haŭto: 1g
● Artropodoj:
Insektoj: 6g
Krustacea: 300 mg
● Tuta sango: 1 tubo
● Ĉeloj: 106 ĉeloj
Rekomendita ekzempla liverado
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (stana folio ne rekomendas)
Specimena etikedado: Grupo+replikas ekz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendo:
1. Seka-glacio: Specimenoj devas esti enpakitaj en sakoj kaj entombigitaj en seka glacio.
2. RNAstable -tuboj: RNA -specimenoj povas esti sekigitaj en RNA -stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj ekspedita en ĉambra temperaturo.
Serva laborfluo
Nukleotidoj:
Ekzempla liverado
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Post-vendaj servoj
Serva laborfluo
Histo:
Eksperimenta Dezajno
Ekzempla liverado
RNA -eltiro
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Post-vendaj servoj
● Kruda datumtraktado
● Transskriba identigo
● Alternativa Splicing
● Esprima kvantigo en gena nivelo kaj izoforma nivelo
● Analizo de diferenca esprimo
● Funkcia komentario kaj riĉigo (DEGS kaj DETS)
Alternativa splicing -analizo
Alternativa poliadenilada analizo (APA)
lncRNA -antaŭdiro
Komentario pri novaj genoj
Alkroĉado de dets
Protein-proteinaj retoj en DEGS
Esploru la progresojn faciligitaj de la nanopore de BMKGene plenlongaj mRNA-sekvencaj servoj per komisiita kolekto de publikaĵoj.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetika kaj transkripta aktivado de la sekreta kinase FAM20C kiel oncogeno en glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), pp 422-433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Li, Z. et al. (2023) 'Plenlonga transkripta sekvenco de limfocitoj respondas al IFN-γ rivelas Th1-skewed-imunan respondon en Flounder (Paralichthys Olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. Doi: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Kompara analizo de PACBIO kaj ONT RNA -sekvencaj metodoj por Nemopilema Nomurai Venom Identification', Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analizo rivelas malsamajn funkciajn tendencojn inter ekzosomoj kaj mikrovesikloj derivitaj de humsc', stem-ĉela esplorado kaj terapio, 14 (1), pp 1-13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/tabloj/6.
