Evolua Genetiko
Servaj Avantaĝoj
Takagi et al.,La plantĵurnalo, 2013
●Ampleksa bioinformatika analizo:ebligante la takson de genetika diverseco, kiu reflektas la evoluan potencialon de specioj, kaj rivelante fidindan filogenetikan rilaton inter specioj kun minimumigita influo de konverĝa evoluo kaj paralela evoluo
●Laŭvola personecigita analizo: kiel ekzemple la takso de diverĝtempo kaj rapideco surbaze de varioj ĉe nukleotida kaj aminoacida nivelo.
●Ampleksa Fakultato kaj publikigado-rekordoj: BMKGene akumulis amasan sperton en projektoj pri populacio kaj evolua genetiko dum pli ol 15 jaroj, kovrante milojn da specioj, ktp. kaj kontribuis al pli ol 1000 altnivelaj projektoj publikigitaj en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ktp.
● Tre sperta bioinformatika teamo kaj mallonga analiza ciklo: kun granda sperto en altnivela genomika analizo, la teamo de BMKGene liveras ampleksajn analizojn kun rapida tempodaŭro.
● Postvenda Subteno:Nia devontigo etendiĝas preter la kompletiĝo de la projekto kun 3-monata post-venda servoperiodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri solvo de problemoj kaj sesiojn pri demandoj kaj respondoj por trakti demandojn rilate al la rezultoj.
Servaj Specifoj kaj postuloj
| Tipo de sinsekvo | Rekomendita loĝantarskalo | Sekvenca strategio | Nukleotidaj postuloj |
| Tuta Genoma Sekvencado | ≥ 30 individuoj, kun ≥ 10 individuoj de ĉiu subgrupo
| 10x | Koncentriĝo: ≥ 1 ng/ µL Suma kvanto ≥ 30ng Limigita aŭ neniu degenero aŭ poluado |
| Specif-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Etikedo profundo: 10x Nombro da etikedoj: <400 Mb: WGS rekomendas <1Gb: 100K etikedoj 1 Gb > 2Gb: 300K etikedoj Maksimume 500k etikedoj | Koncentriĝo ≥ 5 ng/µL Suma kvanto ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose-ĝelo: neniu aŭ limigita degenero aŭ poluado
|
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Servo inkluzivas analizon de loĝantarstrukturo (filogenetika arbo, PCA, loĝantara tavoligdiagramo), loĝantara diverseco, kaj populacioselektado (liga malekvilibro, selektema sving-selektado de avantaĝaj ejoj). La servo ankaŭ povas inkluzivi personecigitan analizon (ekz. diverĝtempo, genfluo).
*Demonstraj rezultoj ĉi tie estas ĉiuj el genaroj publikigitaj kun BMKGENE
1.Evolucia analizo enhavas konstruadon de filogenetika arbo, populaciostrukturo kaj PCA bazita sur genetikaj variadoj.
Filogenetika arbo reprezentas taksonomiajn kaj evoluajn rilatojn inter specioj kun komuna prapatro.
PCA celas bildigi proksimecon inter sub-populacioj.
Populaciostrukturo montras la ĉeeston de genetike klara subpopulacio laŭ alelfrekvencoj.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Selektema balaado
Selektema svingo rilatas al procezo per kiu avantaĝa retejo estas elektita kaj frekvencoj de ligitaj neŭtralaj retejoj estas pliigitaj kaj tiuj de neligitaj retejoj estas malpliigitaj, rezultigante redukton de regionaj.
Genaro-kovranta detekto sur selektemaj balaaj regionoj estas prilaborita kalkulante populaciogenetikan indicon（π，Fst, Tajima's D) de ĉiuj SNP-oj ene de glita fenestro (100 Kb) ĉe certa paŝo (10 Kb).
Nukleotiddiverseco (π)
D. de Tajima
Fiksa indekso (Fst)
Wu, et. al.,Molekula Planto, 2018
3.Gene Fluo
Wu, et. al.,Molekula Planto, 2018
4.Demografia historio
Zhang, et. al.,Naturekologio kaj Evoluo, 2021
5.Diverĝa tempo
Zhang, et. al.,Naturekologio kaj Evoluo, 2021
Esploru la progresojn facilitajn de la evolugenetikaj servoj de BMKGene per vikariita kolekto de publikaĵoj:
Hassanyar, AK et al. (2023) "Malkovro de SNP-Molekulaj Signiloj kaj Kandidataj Genoj Asociitaj kun Sacbrood Virus Resistance en Larvoj de Apis cerana cerana per Tuta-Genoma Resequencing",Internacia Ĵurnalo de Molekulaj Sciencoj, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) "Eltrovo de sovaĝa, genetike pura ĉina giganta salamandro kreas novajn konservajn ŝancojn",Zoologia Esploro, 2022, Vol. 43, Numero 3, Paĝoj: 469-480, 43 (3), pp 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) "Filogeografia Ŝablono kaj Populacio-Evoluo-Historio de Indiĝena Elymus sibiricus L. sur Ĉinghaj-Tibeta Altebenaĵo",Limoj en Plantscienco, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "Genomic sights in longan-evoluo de kromosom-nivela genarasembleo kaj populaciogenaro de longansurtroniĝoj",Hortikultura Esplorado, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
