Plenlonga mRNA-sekvencado -PacBio
Karakterizaĵoj
● Sintezo de cDNA el poli-A mRNA sekvita de biblioteka preparado
● Sekvencado en CCS-reĝimo, generante HiFi-legojn
● Sekvencado de la plenlongaj transskribaĵoj
● La analizo ne postulas referencan genaron; tamen, ĝi povas esti utiligita
● Bioinformatika analizo ebligas analizon de transskribaĵoj izoforma lncRNA, genfuzioj, poliadeniligo kaj genstrukturo
Servaj Avantaĝoj
●Alta Precizeco: HiFi legas kun precizeco >99.9% (Q30), komparebla al NGS
● Alternativa Splisada Analizo: sekvencado de la tutaj transskribaĵoj ebligas izoforman identigon kaj karakterizadon
●Vasta Sperto: kun rekordo pri kompletigado de pli ol 1100 plenlongaj transcriptomaj projektoj de PacBio kaj prilaborado de pli ol 2300 specimenoj, nia teamo alportas riĉecon da sperto al ĉiu projekto.
●Postvenda Subteno: nia devontigo etendiĝas preter projektokompletigo kun 3-monata post-venda servoperiodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri solvo de problemoj kaj sesiojn pri demandoj kaj respondoj por trakti demandojn rilate al la rezultoj.
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Sekvenca strategio | Datenoj rekomenditaj | Kvalita Kontrolo |
| PolyA riĉigis mRNA CCS-bibliotekon | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Ekzemplaj Postuloj:
Nukleotidoj:
● Plantoj:
Radiko, Tigo aŭ Petalo: 450 mg
Folio aŭ Semo: 300 mg
Frukto: 1,2 g
● Besto:
Koro aŭ Intesto: 300 mg
Intestoj aŭ Cerbo: 240 mg
Muskolo: 450 mg
Ostoj, Haro aŭ Haŭto: 1g
● Artropodoj:
Insektoj: 6 g
Krustacoj: 300 mg
● Tuta sango: 1 tubo
● Ĉeloj: 106 ĉeloj
| Konk. (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: RIN≥7.5; Por bestoj: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alteco |
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendado:
1. Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
2. RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Inkluzivas la sekvan analizon:
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● Alternativa Poliadenilatiga Analizo (APA)
● Fuzia transskriba analizo
● Alternativa Splisada Analizo
● Analizo pri Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
● Nova transskriba analizo: antaŭdiro de kodaj sekvencoj (CDS) kaj funkcia komentario
● Analizo de lncRNA: antaŭdiro de lncRNA kaj celoj
● Mikrosatelita Identigo (SSR)
BUSCO-analizo
Alternativa Splisada Analizo
Alternativa Poliadeniliga Analizo (APA)
Funkcia komentario de novaj transskribaĵoj
Esploru la progresojn facilitajn de la plenlongaj mRNA-sekvencaj servoj de Nanopore de BMKGene en ĉi tiu elstara publikaĵo.
Ma, Y. et al. (2023) "Kompara analizo de PacBio kaj ONT-RNA-sekvencadmetodoj por Nemopilema Nomurai-venenidentigo", Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'La evolua dinamiko de la Populus tigo transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamic Changes in Ascorbic Acid Content during Fruit Development and Ripening of Actinidia latifolia (an Ascorbate-Rich Fruit Crop) and the Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Efika prognozo de biosintezaj padgenoj implikitaj en bioaktivaj polifilinoj en Paris polyphylla", Communications Biology 2022 5:1, 5 (1), pp 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Kombinita PacBio Iso-Seq kaj Illumina RNA-Seq Analizo de la Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome kaj Cytochrome P450 Genoj", Insektoj, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/INSEKTOJ14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Enketo pri transcriptome-komplekseco uzanta PacBio-unu-molekulan realtempan analizon kombinita kun Illumina RNA-sekvencado por pli bona kompreno de ricinoleic-acida biosintezo en Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
