Bmkmanu S3000_Spatial Transcriptome
Bmkmanu S3000 Spatial Transcriptome Technical Skemo
Trajtoj
- Rezolucio: 3,5 µm
- makula diametro: 2,5 µm
- Nombro de makuloj: proksimume 4 milionoj
- 3 Eblaj kaptaj areaj formatoj: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm aŭ 15 mm * 20 mm
- Ĉiu barkodita bido estas ŝarĝita per printempoj kunmetitaj de 4 sekcioj:
• Poli (dt) vosto por mRNA -primado kaj cDNA -sintezo,
• Unika molekula identigilo (UMI) por korekti amplifan fleksiĝon
• Spaca barkodo
• Liganta sekvenco de parta legado de 1 sekvenca printilo
- H&E kaj fluoreska makulado de sekcioj
- Ebleco uzi ĉelan segmentan teknologion: Integriĝo de H&E -makulado, fluoreska makulado kaj RNA -sekvenco por determini la limojn de ĉiu ĉelo kaj ĝuste asigni genan esprimon al ĉiu ĉelo. Prilaborado de malsupren -spaca profilakta analizo bazita sur ĉela rubujo.
- Ebla por atingi multnivelan rezolucian analizon: Fleksebla multnivela analizo inter 100Um ĝis 3,5 UM por solvi diversajn histajn ecojn ĉe optimuma rezolucio.
Avantaĝoj de BMKMANU S3000
-Duobligante kaptajn makulojn al 4 milionoj: Kun plibonigita rezolucio de 3,5 UM, kondukante al pli alta geno kaj UMI -detekto per ĉelo. Ĉi tio rezultigas plibonigitan grupigon de ĉeloj bazitaj sur transkripciaj profiloj, kun pli fajna detalo, kiu kongruas kun la strukturo de histoj.
- Sub-ĉela rezolucio:Ĉiu kapta areo enhavis> 2 milionojn da spacaj barkoditaj makuloj kun diametro de 2,5 µm kaj interspaco de 5 µm inter makulaj centroj, ebligante spacan transkriptoman analizon kun subĉela rezolucio (5 µm).
-Multnivela rezolucia analizo:Fleksebla plurnivela analizo inter 100 μm ĝis 5 μm por solvi diversajn histojn ĉe optimuma rezolucio.
-Ebleco uzi "tri en unu glito" ĉela segmenta teknologio:Kombinante fluoreskan makuladon, H&E-makuladon, kaj RNA-sekvencon sur ununura glito, nia "tri-en-unu" analiza algoritmo rajtigas la identigon de ĉelaj limoj por postaj ĉel-bazitaj transkriptomikoj.
-Kongrua kun multnombraj sekvencaj platformoj: Ambaŭ NG-oj kaj long-legita sekvenco haveblas.
-Fleksebla dezajno de 1-8 aktiva kapta areo: La grandeco de la kapta areo estas fleksebla, eblas uzi 3 formatojn (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm kaj 15 mm * 20 mm)
-Unufoja servo: integras ĉiujn spertojn kaj lertajn paŝojn, inkluzive de krio-sekcio, makulado, histo-optimumigo, spaca barkodado, biblioteka preparado, sekvencado kaj bioinformatiko.
-Kompleta bioinformatiko kaj uzebla bildigo de rezultoj:Pako inkluzivas 29 analizojn kaj 100+ altkvalitajn ciferojn, kombinitajn kun la uzo de Inhouse evoluinta programaro por bildigi kaj agordi ĉelajn dividadojn kaj makulajn grupojn.
-Agordita datuma analizo kaj bildigo: Havebla por malsamaj esploraj petoj
-Tre lerta teknika teamo: Kun sperto en pli ol 250 histaj tipoj kaj 100+ specioj inkluzive de homo, muso, mamulo, fiŝoj kaj plantoj.
-Realtempaj ĝisdatigoj pri tuta projekto: kun plena kontrolo de eksperimenta progreso.
-Nedeviga komuna analizo kun unu-ĉela mRNA-sekvenco
Servaj Specifoj
| Specimaj postuloj | Biblioteko | Sekvenca Strategio | Datumoj Rekomenditaj | Kvalitkontrolo |
| Oct-enŝovitaj krio-specimenoj (Optimuma diametro: ĉ. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blokoj per specimeno 1 por eksperimento, 1 por sekurkopio | S3000 cDNA -biblioteko | Illumina PE150 | 160k PE legas po 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Por pliaj detaloj pri specimeno -preparado -gvidado kaj serva fluo de laboro, bonvolu paroli kunSpertulo pri bmkgene
Serva laborfluo
En la fazo de preparado de specimenoj, komenca pogranda RNA-eltiro-provo estas farita por certigi altkvalitan RNA. En la histo -optimumiga stadio la sekcioj estas makulitaj kaj videblaj kaj la permeabilizaj kondiĉoj por mRNA -liberigo de histo estas optimumigitaj. La optimumigita protokolo tiam estas aplikata dum biblioteka konstruado, sekvita de sekvencado kaj datuma analizo.
La kompleta serva fluo de laboro implikas realtempajn ĝisdatigojn kaj konfirmojn de klientoj por konservi respondan retroscigan buklon, certigante glatan projektan ekzekuton.
La datumoj generitaj de BMKMANU S3000 estas analizitaj per la programaro "BSTMatrix", kiu estas sendepende desegnita de BMKGENE, generante ĉelan nivelon kaj multnivelan rezolucian genan esprimon. De tie, norma raporto estas generita, kiu inkluzivas datuman kvalitan kontrolon, internan-specimenan analizon kaj inter-grupan analizon.
- Datuma kvalito -kontrolo:
- Datuma eligo kaj kvalita poentara distribuo
- Gene -detekto per makulo
- Tissua kovrado
- Interna-specimena analizo:
- Gene -riĉeco
- Spot -grupigo, inkluzive de reduktita dimensia analizo
- Diferenca esprimo -analizo inter rampoj: identigo de markaj genoj
- Funkcia komentario kaj riĉigo de markaj genoj
- Intergrupa analizo
-Re-kombinado de makuloj de ambaŭ specimenoj (ekz. Malsana kaj kontrolo) kaj re-cluster
- Identigo de markaj genoj por ĉiu areto
- Funkcia komentario kaj riĉigo de markaj genoj
- Diferenca esprimo de la sama amaso inter grupoj
Aldone, la BMKGENE disvolvis "BSTViewer" estas uzebla ilo, kiu ebligas al la uzanto videbligi la genan esprimon kaj makuladon ĉe malsamaj rezolucioj.
BMKGENE ofertas spacajn profilaktajn servojn ĉe preciza unu-ĉela rezolucio (surbaze de ĉela rubujo aŭ multnivela kvadrata rubujo de 100UM ĝis 3.5UM).
Spacaj profilaj datumoj de histaj sekcioj sur S3000 -glito farita bone kiel sube.
Kazo -Studo 1: Musa cerbo
Analizo de musa cerba sekcio kun S3000 rezultigis la identigon de ~ 94 000 ĉeloj, kun meza sinsekvo de ~ 2000 genoj per ĉelo. La plibonigita rezolucio de 3,5 UM rezultigis tre detalan grupigon de la ĉeloj bazitaj sur transkripciaj padronoj, kun la grapoj de ĉeloj imitantaj la cerbon diferencitajn strukturojn. Ĉi tio estas facile observata per bildigo de la distribuo de ĉeloj grupigitaj kiel oligodendrocitoj kaj microglia ĉeloj, kiuj estas preskaŭ ekskluzive en griza kaj blanka materio respektive.
Kazo -Studo 2: musa embrio
Analizo de musa embria sekcio kun S3000 rezultigis la identigon de ~ 2200 000 ĉeloj, kun meza sinsekvo de ~ 1600 genoj per ĉelo. La plibonigita rezolucio de 3,5 UM rezultigis tre detalan grupigon de la ĉeloj bazitaj sur transkripciaj ŝablonoj, kun 12 rampoj en la areo de la okulo kaj 28 grapoj en la areo de la cerbo.
Interna-specimena analizo ĉela grupigo:
Marker Genes Identigo kaj Spaca Distribuo:
-Pli alta subĉela rezolucio: Kompare kun S1000-glito, ĉiu kapta areo de S3000 enhavis> 4 milionojn (Kvadrata bin: 3,5 µm).
- Pli alta kapta efikeco: Kompare kun S1000 -glito, meza_umi kresko de 30% al 70%, meza_gena kresko de 30% al 60%
Skemo de S1000 -blato:
Skemo de S3000 -blato:
