BMKMANU S1000 Spaca Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Karakterizaĵoj
● Rezolucio: 5 µM
● Makulo-Diametro: 2.5 µM
● Nombro da makuloj: proksimume 2 Milionoj
● 3 eblaj formatoj de kapta areo: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm aŭ 15 mm * 20 mm
● Ĉiu strekkodita bido estas ŝarĝita kun enkondukoj kunmetitaj de 4 sekcioj:
poli(dT) vosto por mRNA-pretigo kaj cDNA-sintezo
Unika Molekula Identigilo (UMI) por korekti plifortbiason
Spaca strekkodo
Liganta sekvenco de parta legado 1 sekvenca enkonduko
● H&E kaj fluoreska makulado de sekcioj
● Eblo uziteknologio de ĉela segmentado: integriĝo de H&E-makulado, fluoreska makulado kaj RNA-sekvencado por determini la limojn de ĉiu ĉelo kaj ĝuste asigni genekspresion al ĉiu ĉelo.
Avantaĝoj de BMKMANU S1000
●Subĉela Rezolucio: Ĉiu kaptareo enhavis >2 milionojn da spacaj Barcoded Spots kun diametro de 2.5 µm kaj interspacigo de 5 µm inter punktocentroj, ebligante spacan transcriptome-analizon kun subĉela rezolucio (5 µm).
●Plurnivela Rezolucia Analizo:Fleksebla plurnivela analizo intervalanta de 100 μm ĝis 5 μm por solvi diversajn histajn trajtojn ĉe optimuma rezolucio.
●Ebleco uzi "Tri en unu glito" Ĉela Segmenta Teknologio:Kombinante fluoreskecan makuladon, H&E-makuladon kaj RNA-sekvencon sur ununura glito, nia "tri-en-unu" analizalgoritmo povigas la identigon de ĉelaj limoj por postaj ĉel-bazitaj transcriptomics.
●Kongrua kun Multoblaj Sekvencaj Platformoj: Kaj NGS kaj long-lega sekvencado haveblaj.
●Fleksebla Dezajno de 1-8 Aktiva Kapta Areo: La grandeco de la kapta areo estas fleksebla, ebligante uzi 3 formatojn (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm kaj 15 mm * 20 mm)
●Unu-halta Servo: Ĝi integras ĉiujn spertojn kaj kapablo-bazitajn paŝojn, inkluzive de krio-sekcio, makulado, histooptimumigo, spaca strekkodado, biblioteka preparo, sekvencado kaj bioinformadiko.
●Ampleksa Bioinformadiko kaj Uzantamika Bildigo de Rezultoj:pako inkluzivas 29 analizojn kaj 100+ altkvalitajn figurojn, kombinitajn kun la uzo de interna evoluinta programaro por bildigi kaj personecigi ĉeldividadon kaj makuligon.
●Agordita Datuma Analizo kaj Bildigo: disponebla por malsamaj esplorpetoj
●Tre sperta Teknika Teamo: kun sperto en pli ol 250 histotipoj kaj pli ol 100 specioj inkluzive de homo, muso, mamulo, fiŝo kaj plantoj.
●Realtempaj Ĝisdatigoj pri Tuta Projekto: kun plena kontrolo de eksperimenta progreso.
●Laŭvola Komuna Analizo kun Unuĉela mRNA-Sekvencado
Specifoj de Servo
|
Specimeno Postuloj
| Biblioteko |
Sekvenca strategio
| Datenoj rekomenditaj | Kvalita Kontrolo |
| OCT-enigitaj krioprovaĵoj, 3 blokoj per specimeno | S1000 cDNA-biblioteko | Illumina PE150 (aliaj platformoj haveblaj) | 100K PE legoj po 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Por pliaj detaloj pri specimena prepargvido kaj serva laborfluo, bonvolu paroli kun aBMKGENE fakulo
Serva Laborfluo
En la specimena preparfazo, komenca pogranda RNA-ekstraktadprovo estas farita por certigi altkvalitan RNA povas esti akirita. En la hista optimumigstadio la sekcioj estas makulitaj kaj bildigitaj kaj la permeabiligkondiĉoj por mRNA-liberigo de histo estas optimumigitaj. La optimumigita protokolo tiam estas aplikita dum bibliotekkonstruo, sekvita per sekvencado kaj datenanalizo.
La kompleta serva laborfluo implikas realtempajn ĝisdatigojn kaj klientajn konfirmojn por konservi respondeman respondbuklon, certigante glatan projektekzekuton.
La datumoj generitaj de BMKMANU S1000 estas analizitaj per la programaro "BSTMatrix", kiu estas sendepende desegnita de BMKGENE, generante Gene Expression Matrix. De tie, norma raporto estas generita, kiu inkluzivas datuman kvalitkontrolon, internan specimenan analizon kaj intergrupan analizon.
● Kontrolo de Kvalito de Datumoj:
Eligo de datumoj kaj distribuo de kvalito-poentaro
Gen-detekto per punkto
Hista kovrado
● Analizo de interna specimeno:
Gena riĉeco
Punkta grupigo, inkluzive de reduktita dimensia analizo
Diferenca esprimo-analizo inter aretoj: identigo de signogenoj
Funkcia komentario kaj riĉigo de signogenoj
● Intergrupa analizo:
Re-kombinado de makuloj de ambaŭ specimenoj (ekz. malsana kaj kontrolo) kaj re-grupo
Identigo de signogenoj por ĉiu areto
Funkcia komentario kaj riĉigo de signogenoj
Diferenciala esprimo de la sama areto inter grupoj
Aldone, BMKGENE evoluigis "BSTViewer" estas uzant-amika ilo, kiu ebligas al la uzanto bildigi la genekspresion kaj makuliĝon ĉe malsamaj rezolucioj.
BMKGene evoluigis softvaron por uzant-amika bildigo
BSTViewer-punkta amasiĝo ĉe plurnivela rezolucio
BSTCellViewer: aŭtomata kaj mana ĉeldividado
Analizo de interna specimeno
Punkta grupigo:
Signigilgenidentigo kaj spaca distribuo:
Intergrupa Analizo
Datumkombinaĵo de ambaŭ grupoj kaj re-grupo:
Signilaj genoj de novaj aretoj:
Esploru la progresojn faciligita de la spacaj transcriptomic-servoj de BMKGene kun la BMKManu S1000-teknologio en ĉi tiu elstara publikaĵo:
Kanto, X. et al. (2023) "Spaca transcriptomics rivelas lum-induktitajn klorenkimajn ĉelojn implikitajn en antaŭenigado de ŝosregenerado en tomata kalo".Procedoj de la Nacia Akademio de Sciencoj de la Usono de Ameriko, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Vi, Y. et al. (2023) "Sistema komparo de sekvenc-bazitaj spacaj transcriptomic-metodoj",bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
