De novo Bacterial Genome Assembly
Ni provizas kompletan servon pri asembleo de bakteria genaro, garantiante 0 breĉojn. Ĉi tio eblas per integrado de long-legaj sekvencaj teknologioj, kiel ekzemple Nanopore kaj PacBio por kunigo kaj mallonglega sekvencado kun Illumina por kunigvalidigo kaj erarkorektado de ONT-legoj. Nia servo provizas la kompletan bioinformatikan laborfluon de kunigo, funkcia komentario kaj altnivela bioinformatika analizo, plenumante specifajn esplorcelojn. Ĉi tiu servo ebligas la disvolviĝon de precizaj referencaj genaroj por diversaj genetikaj kaj genomaj studoj. Plie, ĝi formas la bazon por aplikoj kiel trostreĉ-optimumigo, genetika inĝenierado kaj mikroba teknologio-disvolviĝo, certigante fidindajn kaj liberajn genomajn datumojn decidajn por antaŭenigi sciencajn komprenojn kaj bioteknologian novigon.
Servaj Trajtoj
● Kun du eblaj elektoj por elekti depende de la dezirata grado de genoma kompleteco.
● Malneto de Genoma Opcio: Mallonglega sekvencado kun Illumina NovaSeq PE150.
● Kompletigu 0 breĉon genaron.
● Long-legita sekvencado sur Nanopore PromethION 48 aŭ PacBio Revio por genomasembleo.
● Mallonglega sekvencado sur Illumina NovaSeq por genarvalidigo kaj erarĝustigo (Nanopore) aŭ por generi skizan genaron.
Servaj Avantaĝoj
●Nula-Gap Genaro Garantiita: Ĉi tio estas pro la integriĝo de Illumina sekvencado kun longa legita sekvencado (Nanopore aŭ PacBio).
●Kompleta Bioinformatika Laborfluo:Ĉi tio inkluzivas genarasembleon kaj antaŭdiron de multoblaj genomicelementoj, funkcian genan komentadon, kaj genarbildigojn kiel Circos-intrigo.
●Vasta Sperto: Kun pli ol 20,000 mikrobaj genaroj kunvenitaj, BMKGENE alportas pli ol jardekon da sperto, tre lerta analiza teamo, ampleksa enhavo kaj bonega postvenda subteno.
●Postvenda Subteno:Nia devontigo etendiĝas preter la kompletiĝo de la projekto kun 3-monata post-venda servoperiodo. Dum ĉi tiu tempo, ni ofertas projektan sekvadon, helpon pri solvo de problemoj kaj sesiojn pri demandoj kaj respondoj por trakti demandojn rilate al la rezultoj.
●Disponeblaj Multoblaj Sekvencaj Strategioj:Por malsamaj esplorceloj kaj postuloj de genoma kompleteco.
Specifoj de Servo
| Servo | Sekvenca Strategio |
| Malneto de Genaro | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genaro | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (laŭvola) |
Ekzemplaj Postuloj:
| Koncentriĝo (ng/µL) | Suma kvanto (µg) | Volumo (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Ilumino | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bakterioj: ≥3.5x1010 ĉeloj
Serva Laborfluo
Specimena livero
Biblioteka konstruado
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Inkluzivas la Sekvan Analizon:
● Sekvenca Kontrolo de Kvalito de Datumoj
● Genaro-Asembleo
● Genoma Komponanta Analizo: Antaŭdiro de KD kaj multoblaj genomaj elementoj
● Funkcia komentario kun multoblaj ĝeneralaj datumbazoj (GO, KEGG, ktp) kaj altnivelaj datumbazoj (CARD, VFDB, ktp)
● Genaro-Vidigo
Ni provizas la genaron en facile alirebla fasta formato kaj la genaran komentarion dosieron (gff).
Gen komentario - GO
Gen komentario - CAZY karbonhidratoj
Genarobildigo - Circos-intrigo
Esploru la progresojn faciligitaj de la servoj de BMKGene pri bakteriaj genaro kunvenaj per vikariita kolekto de publikaĵoj.
Dai, W. et al. (2023) "Malkovro de Bacteroides uniformis F18-22 kiel Sekura kaj Nova Probiota Bakterio por la Traktado de Ulcera Kolito de la Sana Homa Kolono",Internacia Revuo de Molekulaj Sciencoj, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) "Multdrog-rezistemaj Proteus mirabilis-izoloj portantaj blaOXA-1 kaj blaNDM-1 de faŭno en Ĉinio: kreskanta risko pri publika sano",Integra Zoologio, 16 (6), pp 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) "Kompleta genarsekvenco de endofito Bacillus flexus KLBMP 4941 rivelas ĝian plantkresko-reklammekanismon kaj genetikan bazon por saltoleremo".Ĵurnalo de Bioteknologio, 260, pp 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "Multiple-Replicon Resistance Plasmids of Klebsiella Mediate Vasta Disvastigo de Antimikrobaj Genoj",Limoj en Mikrobiologio, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
