Amplicon -sekvenco (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ĝia) sekvenco kun Illumina estas metodo por analizi mikrobian diversecon per identigado de mikrobaj profiloj laŭ iliaj sekvencoj kaj tiam provi deĉifri komunuman riĉecon kaj diversecon ene de ĉiu specimeno kaj inter specimenoj. La dukto BMKCloud Amplicon (NGS) permesas la analizon de 16S, 18S, ĝiaj kaj multoblaj funkciaj genoj. Ĝi komenciĝas per legita garnizono, parigita-fina legita asembleo kaj kvalito-takso, sekvita de grupigo de similaj legaĵoj por generi operaciajn taksonomiajn unuojn (OTUoj) uzataj en ses malsamaj analizaj sekcioj. Taksonomia komentario donas informojn pri la relativa abundo kaj konsisto de ĉiu specimeno, dum alfa kaj beta -diversecaj analizoj fokusas pri mikrobiana diverseco ene de kaj inter specimenoj respektive. Diferenca analizo inter grupoj trovas OTU-ojn, kiuj malsamas uzante ambaŭ parametrajn kaj ne-parametrikajn provojn, dum korelacia analizo rilatas ĉi tiujn diferencojn al mediaj faktoroj. Fine, funkcia gena abundo estas antaŭdirita surbaze de markanta gena abundo, provizante komprenon pri funkcio kaj ekologio en ĉiu specimeno ..