16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-Pacbio
Servaj Trajtoj
● Sekvenca platformo: Pacbio Revio
● Sekvenca reĝimo: CCS (HiFi Reads)
● Amplekso de cela regiono sekvita de tandema ligado de amplikonoj antaŭ Hifi SMRT Bell Library Preparation
Servaj avantaĝoj
●Pli alta taksonomia rezolucio: THan Short-Amplicon Sequencing,ebligante pli altajn OTU -klasifik -tarifojn ĉe la specio -nivelo.
●Tre preciza bazvoko: PACBIO CCS -reĝima sekvenco (HiFi -legaĵoj).
●Izol-libera: Rapida identigo de mikrobiaj kunmetaĵoj en mediaj specimenoj.
●Vaste aplikebla: Diversaj mikrobaj komunumaj studoj.
●Kompleta bioinformata analizo: La plej nova pakaĵo QiiMe2 (kvanta kompreno pri mikrobiana ekologio) kun diversaj analizoj koncerne datumbazon, komentaron, OTU/ASV.
●Vasta kompetenteco: Kun miloj da ampleksaj sekvencaj projektoj faritaj ĉiujare, BMKGENE alportas pli ol jardekon da sperto, tre lertan analizan teamon, ampleksan enhavon kaj bonegan post-vendan subtenon.
Servaj Specifoj
| Biblioteko | Sekvenca Strategio | Datumoj Rekomenditaj |
| Amplicon | Pacbio Revo | 30/10/50 K etikedoj (CCS) |
Specimaj postuloj
| Koncentriĝo (ng/µL) | Tuta kvanto (µg) | Volumo (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Rekomendita ekzempla liverado
Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj stoku en likva nitrogeno aŭ -80-grado ĝis longtempa rezervo. Specimena sendado kun seka glacio estas bezonata.
Serva laborfluo
Ekzempla liverado
Biblioteko -Konstruado
Sekvenco
Datuma Analizo
Post-vendaj servoj
Inkluzivas la jenan analizon:
● Kruda datumkvalita kontrolo
● OTU-grupigo/de-bruo (ASV)
● OTU -komentario
● Analizo de Alfa Diverseco: Multoblaj Indeksoj, inkluzive de Shannon, Simpson kaj ACE.
● Beta -diversa analizo
● Intergrupa analizo
● Korelacia analizo: inter mediaj faktoroj kaj eksteren kunmetaĵo kaj diverseco
● 16S funkcia gena prognozo
Histogramo de taksonomia distribuo
Komunuma distribuo filogenetika arbo
Analizo de Alfa Diverseco: Ace
Indekso
Beta -diverseca analizo: PCOA
Intergrupa Analizo: ANOVA
Esploru la progresojn faciligitajn de la Amplicon -sekvencaj servoj de BMKGene kun Pacbio per komisiita kolekto de publikaĵoj.
Gao, X. kaj Wang, H. (2023) 'Kompara analizo de rumenaj bakteriaj profiloj kaj funkcioj dum adapto al malsama fenologio (Regreen vs. Herby) en alpa merino -ŝafoj kun du kreskantaj stadioj sur alpa herbejo', fermentado, 9 ( 1), p. 16. DOI: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Kapti la mikrobian malhelan materion en dezertaj grundoj uzante kulturomik-bazitajn metagenomikojn kaj alt-rezolucian analizon', NPJ-biofilmoj kaj mikrobiomoj 2023 9: 1, 9 (1), pp 1-14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Efikoj de grasaj acidaj saloj sur fermentaj trajtoj, bakteria diverseco kaj aerobia stabileco de miksita ensilado preparita kun luzerno, rizo -pajlo kaj tritika branĉo', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102 (4), pp 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'La interagado inter oksidaj streĉaj biomarkiloj kaj intestaj mikrobiotoj en la antioksidaj efikoj de eltiraĵoj de Sonchus brachyotus DC. En intesta oksida streso induktita de oksazolono en plenkreska zebra fiŝo ', antioksidantoj 2023, vol. 12, paĝo 192, 12 (1), p. 192. DOI: 10.3390/ANTIOX12010192.
