Αλληλουχία διθειώδους ολικού γονιδιώματος (WGBS)
Ολόκληρο το γονιδίωμα διθειώδους αλληλουχίας (WGBS) αποτελεί τη μεθοδολογία χρυσού προτύπου για τη σε βάθος διερεύνηση της μεθυλίωσης του DNA, συγκεκριμένα την πέμπτη θέση στην κυτοσίνη (5-mC), έναν κεντρικό ρυθμιστή της γονιδιακής έκφρασης και της κυτταρικής δραστηριότητας. Η αρχή στην οποία βασίζεται το WGBS περιλαμβάνει την επεξεργασία διθειώδους, προκαλώντας τη μετατροπή των μη μεθυλιωμένων κυτοσινών σε ουρακίλη (C σε U), ενώ αφήνει τις μεθυλιωμένες κυτοσίνες αμετάβλητες. Αυτή η τεχνική προσφέρει ανάλυση μίας βάσης, επιτρέποντας στους ερευνητές να διερευνήσουν διεξοδικά το μεθυλώμα και να αποκαλύψουν μη φυσιολογικά μοτίβα μεθυλίωσης που σχετίζονται με διάφορες καταστάσεις, ιδίως τον καρκίνο. Χρησιμοποιώντας το WGBS, οι επιστήμονες μπορούν να αποκτήσουν απαράμιλλες γνώσεις για τα τοπία μεθυλίωσης σε όλο το γονιδίωμα, παρέχοντας μια λεπτή κατανόηση των επιγενετικών μηχανισμών που αποτελούν τη βάση διαφόρων βιολογικών διεργασιών και ασθενειών.
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Απαιτεί γονιδίωμα αναφοράς.
● Προστίθεται DNA λάμδα για την παρακολούθηση της αποτελεσματικότητας μετατροπής των διθειώδων.
● Αλληλουχία στο Illumina NovaSeq.
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
●Χρυσό Πρότυπο για Έρευνα Μεθυλίωσης DNA: Αυτή η ώριμη τεχνολογία επεξεργασίας μετατροπής μεθυλίωσης έχει υψηλή ακρίβεια και καλή αναπαραγωγιμότητα.
●Ευρεία κάλυψη και ανάλυση μίας βάσης:ανίχνευση θέσεων μεθυλίωσης σε επίπεδο γονιδιώματος.
●Πλήρης πλατφόρμα:παρέχει άριστες υπηρεσίες μίας στάσης από την επεξεργασία δειγμάτων, την κατασκευή βιβλιοθήκης, την αλληλουχία έως την ανάλυση βιοπληροφορικής.
●Εκτεταμένη Τεχνογνωσία: με έργα αλληλουχίας WGBS που ολοκληρώθηκαν με επιτυχία σε μια ποικιλία ειδών, η BMKGENE φέρνει πάνω από μια δεκαετία εμπειρίας, μια ομάδα ανάλυσης υψηλής εξειδίκευσης, ολοκληρωμένο περιεχόμενο και εξαιρετική υποστήριξη μετά την πώληση.
●Δυνατότητα Συμμετοχής με Transcriptomics Analysis: επιτρέποντας την ολοκληρωμένη ανάλυση του WGBS με άλλα δεδομένα omics όπως το RNA-seq.
Προδιαγραφές δείγματος
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική Αλληλουχίας | Συνιστώμενη έξοδος δεδομένων | Ποιοτικός έλεγχος |
| Επεξεργασμένο με όξινο θειώδες | Illumina PE150 | 30x βάθος | Q30 ≥ 85% Μετατροπή διθειώδους > 99% |
Απαιτήσεις δειγμάτων
| Συγκέντρωση (ng/µL) | Συνολική ποσότητα (μg) | Πρόσθετες απαιτήσεις | |
| Γονιδιωματικό DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Περιορισμένη υποβάθμιση ή μόλυνση |
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή DNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Παράδοση δεδομένων
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Ακατέργαστος ποιοτικός έλεγχος αλληλουχίας.
● Χαρτογράφηση στο γονιδίωμα αναφοράς.
● Ανίχνευση μεθυλιωμένων βάσεων 5 mC.
● Ανάλυση κατανομής μεθυλίωσης και σχολιασμού.
● Ανάλυση Διαφορικά Μεθυλιωμένων Περιοχών (DMRs).
● Λειτουργικός σχολιασμός γονιδίων που σχετίζονται με DMR.
Ανίχνευση μεθυλίωσης 5 mC: τύποι μεθυλιωμένων θέσεων
Χάρτης μεθυλίωσης. 5 mC κατανομή μεθυλίωσης σε όλο το γονιδίωμα
Σχολιασμός υψηλά μεθυλιωμένων περιοχών
Διαφορικά μεθυλιωμένες περιοχές: συσχετισμένα γονίδια
Διαφορικά μεθυλιωμένες περιοχές: σχολιασμός σχετικών γονιδίων (Οντολογία γονιδίων)
Εξερευνήστε τις ερευνητικές προόδους που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας όξινων θειώδους γονιδιώματος ολόκληρου του BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Fan, Υ. et αϊ. (2020) «Ανάλυση προφίλ μεθυλίωσης DNA κατά την ανάπτυξη σκελετικών μυών προβάτου με χρήση αλληλουχίας διθειώδους ολικού γονιδιώματος»,BMC Genomics, 21(1), σελ. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, Χ. et αϊ. (2022) «Νέες διαταραχές μεθυλίωσης δεοξυριβονουκλεϊκού οξέος σε εργαζόμενους που εκτίθενται σε χλωριούχο βινύλιο»,Τοξικολογία και Βιομηχανική Υγεία, 38(7), σελ. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et αϊ. (2020) «Σχέσεις μεταξύ μεθυλίωσης του γονιδιώματος, επιπέδων μη κωδικοποιητικών RNA, mRNA και μεταβολιτών σε ώριμα φρούτα τομάτας»,The Plant Journal, 103(3), σελ. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
