Ειδική ενισχυμένη αλληλουχία θραυσμάτων (SLAF-Seq)
Ροή εργασίας
Τεχνικό σχέδιο
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Ανίχνευση σε NOVASEQ με PE150.
● Προετοιμασία βιβλιοθήκης με διπλή κωδικοποίηση, επιτρέποντας τη συγκέντρωση πάνω από 1000 δειγμάτων.
● Αυτή η τεχνική μπορεί να χρησιμοποιηθεί με ή χωρίς γονιδίωμα αναφοράς, με διαφορετικούς βιοπληροφορικούς αγωγούς για κάθε περίπτωση:
Με το γονιδίωμα αναφοράς: SNP και Indel Discovery
Χωρίς γονιδίωμα αναφοράς: ομαδοποίηση δείγματος και ανακάλυψη SNP
● Στοσε πυρίτιοΠρο-σχεδιασμός Στάδιο Στάδιο πολλαπλών συνδυασμών ενζύμων περιορίζονται για να βρουν εκείνους που παράγουν μια ομοιόμορφη κατανομή των ετικετών SLAF κατά μήκος του γονιδιώματος.
● Κατά τη διάρκεια του προ-πειράματος, τρεις συνδυασμοί ενζύμων δοκιμάζονται σε 3 δείγματα για να δημιουργήσουν 9 βιβλιοθήκες SLAF και αυτές οι πληροφορίες χρησιμοποιούνται για να επιλέξουν τον βέλτιστο συνδυασμό ενζύμων περιορισμού για το έργο.
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Ανακάλυψη υψηλής γενετικής δείκτης: Η ενσωμάτωση ενός συστήματος διπλού γραμμωτού κώδικα υψηλής απόδοσης επιτρέπει την ταυτόχρονη αλληλουχία των μεγάλων πληθυσμών και η ενίσχυση ειδικών για τον τόπο ενισχύει την αποτελεσματικότητα, εξασφαλίζοντας ότι οι αριθμοί ετικετών πληρούν τις ποικίλες απαιτήσεις διαφόρων ερευνητικών ερωτήσεων.
● Χαμηλή εξάρτηση από το γονιδίωμα: Μπορεί να εφαρμοστεί σε είδη με ή χωρίς γονιδίωμα αναφοράς.
●Ευέλικτος σχεδιασμός σχεδίου: Μονοζυμικό, διπλό ενζύμου, πέψη πολλαπλών ενζύμων και διάφοροι τύποι ενζύμων μπορούν να επιλεγούν για να καλύψουν διαφορετικούς ερευνητικούς στόχους ή είδη. Οσε πυρίτιοΗ προ-σχεδιασμό πραγματοποιείται για να εξασφαλιστεί ο βέλτιστος σχεδιασμός ενζύμων.
● Υψηλή απόδοση στην ενζυματική πέψη: Η αγωγιμότητα ενόςσε πυρίτιοΠρο-σχεδιασμός και ένα προ-πειραματικό εξασφαλισμένο βέλτιστο σχεδιασμό με ομοιόμορφη κατανομή ετικετών SLAF στο χρωμόσωμα (1 ετικέτα SLAF/4KB) και μειωμένη επαναλαμβανόμενη αλληλουχία (<5%).
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Η ομάδα μας φέρνει μια πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο, με ιστορικό κλεισίματος πάνω από 5000 έργα SLAF-SEQ σε εκατοντάδες είδη, συμπεριλαμβανομένων φυτών, θηλαστικών, πτηνών, εντόμων και υδρόβιων οργανισμών.
● Αυτο-αναπτυγμένη βιοπληροφορική ροή εργασίας: Το BMKGENE ανέπτυξε μια ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ροή εργασίας για το SLAF-SEQ για να εξασφαλίσει την αξιοπιστία και την ακρίβεια της τελικής παραγωγής.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Τύπος ανάλυσης | Συνιστώμενη κλίμακα πληθυσμού | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | |
| Βάθος αλληλουχίας ετικετών | Αριθμός ετικέτας | ||
| Γενετικοί χάρτες | 2 γονείς και> 150 απόγονοι | Γονείς: 20x WGS Απενεργοποίηση: 10x | Μέγεθος γονιδιώματος: <400 MB: Το WGS συνιστάται <1GB: 100K ετικέτες 1-2GB :: 200K ετικέτες > Ετικέτες 2GB: 300K Ετικέτες μέγιστης 500K |
| Μελέτες σύνδεσης σε όλο το γονιδίωμα (GWAS) | ≥200 δείγματα | 10x | |
| Γενετική εξέλιξη | ≥30 δείγματα, με> 10 δείγματα από κάθε υποομάδα | 10x | |
Απαιτήσεις υπηρεσίας
Συγκέντρωση ≥ 5 ng/μL
Συνολικό ποσό ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Gel Agarose: Όχι ή περιορισμένη αποικοδόμηση ή μόλυνση
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Δοχείο: 2 ml φυγοκεντρικού σωλήνα
(Για τα περισσότερα δείγματα, συνιστούμε να μην διατηρήσετε σε αιθανόλη)
Δείγμα επισήμανσης: Τα δείγματα πρέπει να είναι σαφώς επισημασμένα και πανομοιότυπα με την υποβληθείσα μορφή πληροφοριών δείγματος.
Αποστολή: ξηρό πάγο: Τα δείγματα πρέπει πρώτα να συσκευάζονται σε τσάντες και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
Ροή εργασίας
Δείγμα QC
Πιλοτικό πείραμα
Πειράγματος
Προετοιμασία βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
- Δεδομένα αλληλουχίας QC
- Ανάπτυξη ετικετών SLAF
Χαρτογράφηση στο γονιδίωμα αναφοράς
Χωρίς γονιδίωμα αναφοράς: ομαδοποίηση
- Ανάλυση των ετικετών SLAF: Στατιστικά στοιχεία, διανομή σε όλο το γονιδίωμα
- Discovery Marker: SNP, Indel, SNV, CV κλήση και σχολιασμός
Διανομή ετικετών SLAF σε χρωμοσώματα:
Διανομή SNPs σε χρωμοσώματα:
Σχολιασμός SNP
| Ετος | Εφημερίδα | IF | Τίτλος | Αιτήσεις |
| 2022 | Επικοινωνίες της φύσης | 17.694 | Γονιδιωματική βάση των χρωμοσωμάτων Giga και Giga-Genome of Tree Peony Παίανια | Slaf-gwas |
| 2015 | Νέος φυτολόγος | 7.433 | Τα αποτυπώματα εξημέρωσης αγκυροβολούν γονιδιωματικές περιοχές αγρονομικής σημασίας στο σόγια | Slaf-gwas |
| 2022 | Εφημερίδα της Προηγμένης Έρευνας | 12.822 | Τεχνητές γονιδιώτες τεχνητές του Gossypium Barbadense στο G. Hirsutum Αποκαλύψτε τους ανώτερους τόπους για ταυτόχρονη βελτίωση της ποιότητας και της απόδοσης των ινών βαμβακιού χαρακτηριστικά | Γενετική εξελικτική SLAF |
| 2019 | Μοριακό φυτό | 10.81 | Η πληθυσμιακή γονιδιωματική ανάλυση και η συναρμολόγηση de novo αποκαλύπτουν την προέλευση του Weedy Ρύζι ως εξελικτικό παιχνίδι | Γενετική εξελικτική SLAF |
| 2019 | Φυσική γενετική | 31.616 | Η αλληλουχία γονιδιώματος και η γενετική ποικιλομορφία του κοινού κυπρίνου, Cyprinus carpio | Χάρτης Slaf-Linkage |
| 2014 | Φυσική γενετική | 25.455 | Το γονιδίωμα του καλλιεργούμενου φυστικιού παρέχει πληροφορίες για τους καρυότυπους των οσπρίων, πολυπλοειδές Εξέλιξη και εξημέρωση των καλλιεργειών. | Χάρτης Slaf-Linkage |
| 2022 | Εφημερίδα βιοτεχνολογίας φυτού | 9.803 | Η αναγνώριση του ST1 αποκαλύπτει μια επιλογή που περιλαμβάνει τη συγκέντρωση της μορφολογίας των σπόρων και περιεκτικότητα σε πετρέλαιο κατά τη διάρκεια της εξημέρωσης σόγιας | Ανάπτυξη δεξαμενής |
| 2022 | Διεθνές Περιοδικό Μοριακών Επιστημών | 6.208 | Αναγνώριση και ανάπτυξη δείκτη DNA για ένα σιτάρι-leymus mollis 2ns (2D) Υποκατάσταση του μονής χρωμοσωμάτων | Ανάπτυξη δεξαμενής |
| Ετος | Εφημερίδα | IF | Τίτλος | Αιτήσεις |
| 2023 | Σύνορα στην επιστήμη των φυτών | 6.735 | Χαρτογράφηση QTL και μεταγραφική ανάλυση περιεκτικότητας σε ζάχαρη κατά τη διάρκεια της ωρίμανσης των φρούτων της πυρόφολια | Γενετικός χάρτης |
| 2022 | Εφημερίδα βιοτεχνολογίας φυτού | 8.154 | Η αναγνώριση του ST1 αποκαλύπτει μια επιλογή που περιλαμβάνει τη συγκέντρωση της μορφολογίας των σπόρων και της περιεκτικότητας σε πετρέλαιο κατά τη διάρκεια της εξημέρωσης σόγιας
| SNP Calling |
| 2022 | Σύνορα στην επιστήμη των φυτών | 6.623 | Η χαρτογράφηση συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα των φαινοτύπων του Hulless μόλις στο περιβάλλον της ξηρασίας.
| GWAS |
