Αλληλουχία μονής πυρήνα RNA
Τεχνικό σχέδιο
Η απομόνωση των πυρήνων επιτυγχάνεται με 10χ γονιδιωματική chromium ™, η οποία αποτελείται από οκτώ καναλιές σύστημα μικρορευστών με διπλές διασταυρώσεις. Σε αυτό το σύστημα, ένα πηκτώματο σφαιρίδια με γραμμωτούς κώδικες και εκκινητή, ένζυμα και έναν μόνο πυρήνα ενθυλακωμένα σε σταγόνα λαδιού μεγέθους νανοολίτης, δημιουργώντας σφαιρίδια πηκτής (GEM). Μόλις σχηματιστούν πολύτιμο κόσμημα, εκτελούνται σε κάθε κόσμημα λύση κυττάρων και απελευθέρωσης γραμμωτού κώδικα. Το mRNA μεταγράφονται αντίστροφα σε μόρια cDNA με 10χ γραμμωτούς κώδικες και UMI, τα οποία υπόκεινται περαιτέρω σε τυποποιημένη κατασκευή βιβλιοθήκης αλληλουχίας.
Χαρακτηριστικά
● Προετοιμασία εναιωρήματος μονού 1-Nuclei από κατεψυγμένους ιστούς
● Ο σχηματισμός του σφαιριδίου πηκτής (GEM) ακολουθούμενη από σύνθεση cDNA
● Κάθε σφαιρίδιο σε πολύτιμο λίθο φορτώνεται με εκκινητές που αποτελούνται από 4 τμήματα:
Πολυ (DT) ουρά για εκκίνηση mRNA και σύνθεση cDNA,
Μοναδικό μοριακό αναγνωριστικό (UMI) για τη διόρθωση της μεροληψίας της ενίσχυσης
10x γραμμικός κώδικας
Αρχή δέσμευσης μερικής ανάγνωσης 1 εκκινητή αλληλουχίας
Φόντα
Η αλληλουχία RNA ενός νουκλέου παρακάμπτει τους περιορισμούς της αλληλουχίας RNA ενός κυττάρου, επιτρέποντας:
● Η χρήση κατεψυγμένων δειγμάτων και όχι μόνο περιορίζεται σε φρέσκα δείγματα
● Χαμηλή πίεση των κατεψυγμένων κυττάρων σε σύγκριση με την ενζυματική θεραπεία των φρέσκων κυττάρων, που αντικατοπτρίζονται στα δεδομένα μεταγραφικού στοιχείου με τη μορφή λιγότερο επαγόμενων από το στρες γονιδίων
● Δεν υπάρχει ανάγκη για προηγούμενη απομάκρυνση των ερυθρών αιμοσφαιρίων
● Απεριόριστη διαμέτρου κυττάρων
● Μεγάλη σειρά δειγμάτων που είναι επιλέξιμα για ανάλυση, συμπεριλαμβανομένων σύνθετων και εύθραυστων τύπων ιστών που είναι επιρρεπείς σε συσσώρευση ή καταστροφή κυττάρων κατά τη διάσπαση των ιστών
Δείγματα που δεν μπορούν να αναλυθούν με αλληλουχία RNA ενός κυττάρου και είναι επιλέξιμα για αλληλουχία μονής πυρήνα RNA:
| Κυψέλη / ιστός | Λόγος |
| Μη κατεψυγμένος ιστός | Δεν είναι δυνατή η λήψη φρέσκων ή μακροχρόνιων οργανώσεων |
| Κύτταρα μυών, μεγακαρυοκύτταρο, λίπος… | Η διαμέτρου των κυττάρων είναι πολύ μεγάλη για να εισέλθετε στο όργανο |
| Συκώτι… | Πολύ εύθραυστο για να σπάσει, ανίκανος να διακρίνει μεμονωμένα κύτταρα |
| Κυτταρικό νευρώνα, εγκέφαλο… | Πιο ευαίσθητο, εύκολο στο άγχος, θα αλλάξει τα αποτελέσματα της αλληλουχίας |
| Παγκρέας, θυρεοειδής… | Πλούσιο σε ενδογενή ένζυμα, επηρεάζοντας την παραγωγή ανάρτησης ενός κυττάρου |
Μονής θάλασσας έναντι μονού κυττάρου
| Μενούνας | Κυτταρικός κύτταρο |
| Απεριόριστη διάμετρο κυττάρων | Διάμετρος κυττάρων: 10-40 μm |
| Το υλικό μπορεί να παγώσει τον ιστό | Το υλικό πρέπει να είναι φρέσκο ιστό |
| Χαμηλή πίεση κατεψυγμένων κυττάρων | Η θεραπεία ενζύμου μπορεί να προκαλέσει αντίδραση κυτταρικού στρες |
| Δεν πρέπει να αφαιρεθούν τα ερυθρά αιμοσφαίρια | Τα ερυθρά αιμοσφαίρια πρέπει να αφαιρεθούν |
| Η πυρηνική εκφράζει τη βιοπληροφόρηση | Ολόκληρο το κύτταρο εκφράζει τη βιοπληροφόρηση |
Προδιαγραφές
| Απαιτήσεις δειγματοληψίας | Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Ζωικός ιστός ≥ 200 mg Φυτικός ιστός ≥ 400 mg | 10x γονιδιωματική SN cDNA βιβλιοθήκη | Illumina PE150 | 100K PE διαβάζει ανά κελί (100-200 GB) | 700-1200 πυρήνες/μL και ακεραιότητα πυρήνων που παρατηρούνται κάτω από μικροσκόπιο |
Για περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με την καθοδήγηση για την προετοιμασία του δείγματος και τη ροή εργασίας υπηρεσιών, παρακαλούμε να μιλήσετε με έναΕμπειρογνώμονας Bmkgene
Ροή εργασίας
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας: αριθμός κυττάρων, ανίχνευση γονιδίων, ακριβής ταυτοποίηση κυττάρων, μόρια RNA και ποσοτικοποίηση έκφρασης
● Ανάλυση εσωτερικού δείγματος:
Ομαδοποίηση κυττάρων και σχολιασμός συμπλέγματος
Ανάλυση διαφορικής έκφρασης: ταυτοποίηση των DEG σε συστάδες
Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός του cluster degs
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων:
Συνδυασμός δεδομένων
Ανάλυση διαφορικής έκφρασης: Ταυτοποίηση των DEG σε ομάδες
Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός της ομάδας DEGS
● Προηγμένη ανάλυση:
Ανάλυση κυτταρικού κύκλου
Ανάλυση ψευδοεπιχειρησιακών
Ανάλυση επικοινωνίας κυττάρων (CellphonedB)
Ανάλυση εμπλουτισμού γονιδίου (GSEA)
Ανάλυση εσωτερικού δείγματος
Ομαδοποίηση κυττάρων:
Ανάλυση διαφορικής έκφρασης: cluster degs
Ανάλυση μεταξύ ομάδων
Ανάλυση διαφορικής έκφρασης: Group DEGS
Προηγμένη ανάλυση:
Ανάλυση ψευδοεπιχειρησιακών:
Ανάλυση κυτταρικού κύκλου:
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας RNA του BMKGENE από το 10x Chromium σε αυτές τις παρουσιαζόμενες δημοσιεύσεις:
Wang, L. et αϊ. (2021) «Η μεταγραφική ανάλυση ενός κυττάρου αποκαλύπτει το ανοσοποιητικό τοπίο του πνεύμονα σε επιδείνωση άσθματος ανθεκτικής στα στεροειδή»,Πρακτικά της Εθνικής Ακαδημίας Επιστημών των Ηνωμένων Πολιτειών της Αμερικής, 118 (2), σελ. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, Η. Et αϊ. (2022) «Ένα παγκόσμιο ρυθμιστικό δίκτυο για δυσλειτουργική γονιδιακή έκφραση και μη φυσιολογική μεταβολική σηματοδότηση στα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος στο μικροπεριβάλλον της νόσου του Graves και της θυρεοειδίτιδας του Hashimoto»,Σύνορα στην ανοσολογία, 13, σελ. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
Tian, Η. Et αϊ. (2023) «Το μεταγραφικό μονό κύτταρο αποκαλύπτει την ετερογένεια και τις ανοσολογικές αντιδράσεις των λευκοκυττάρων μετά από εμβολιασμό με απενεργοποιημένο Edwardsiella Tarda στο Flounder (Paralichthys Olivaceus)»,Υδατοκαλλιέργεια, 566, σελ. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Υ. Et αϊ. (2023) Η «φωτοδυναμική θεραπεία βελτιώνει το αποτέλεσμα των αναστολέων του σημείου ελέγχου του ανοσοποιητικού ελέγχου μέσω της αναδιαμόρφωσης της αντι-όγκου ασυλίας σε ασθενείς με καρκίνο του γαστρικού»,,Γαστρικός καρκίνος, 26 (5), σελ. 798-813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/μετρήσεις.
