Μειωμένη αλληλουχία διόλιου αναπαράστασης (RRBS)
Η μειωμένη αλληλουχία διθειώδους αναπαράστασης (RRBS) έχει αναδειχθεί ως μια οικονομικά αποδοτική και αποτελεσματική εναλλακτική λύση για την αλληλούχιση του διθειώδους ολόκληρου γονιδιώματος (WGBS) στην έρευνα μεθυλίωσης του DNA. Ενώ το WGBS παρέχει ολοκληρωμένες γνώσεις εξετάζοντας ολόκληρο το γονιδίωμα σε ανάλυση μιας βάσης, το υψηλό κόστος του μπορεί να είναι ένας περιοριστικός παράγοντας. Το RRBS μετριάζει στρατηγικά αυτή την πρόκληση αναλύοντας επιλεκτικά ένα αντιπροσωπευτικό τμήμα του γονιδιώματος. Αυτή η μεθοδολογία βασίζεται στον εμπλουτισμό των πλούσιων σε νησιωτικών περιοχών CPG με διάσπαση MSPI ακολουθούμενη από επιλογή μεγέθους 200-500/600 bps θραυσμάτων. Κατά συνέπεια, μόνο οι περιοχές που βρίσκονται κοντά στα νησιά CPG αλληλουχίζονται, ενώ εκείνες με μακρινά νησιά CPG αποκλείονται από την ανάλυση. Αυτή η διαδικασία, σε συνδυασμό με την αλληλουχία του διθειώδους, επιτρέπει την ανίχνευση υψηλής ανάλυσης της μεθυλίωσης του DNA και η προσέγγιση αλληλουχίας, PE150, επικεντρώνεται ειδικά στα άκρα των ένθετων και όχι στη μέση, αυξάνοντας την αποτελεσματικότητα του προφίλ μεθυλίωσης. Το RRBS είναι ένα ανεκτίμητο εργαλείο που επιτρέπει την οικονομικά αποδοτική έρευνα μεθυλίωσης DNA και προωθεί τη γνώση των επιγενετικών μηχανισμών.
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Απαιτεί ένα γονιδίωμα αναφοράς.
● Το Lambda DNA χρησιμοποιείται για την παρακολούθηση της αποδοτικότητας μετατροπής διόλι.
● Παρακολουθείται επίσης η απόδοση της πέψης MSPI.
● Διπλή πέψη ενζύμου για δείγματα φυτών.
● Ανεξάρτητα από την Illumina Novaseq.
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Οικονομικά αποδοτική και αποτελεσματική εναλλακτική λύση για το WGBS: Ενεργοποίηση της ανάλυσης να διεξάγεται με χαμηλότερο κόστος και με χαμηλότερες απαιτήσεις δείγματος.
●Πλήρης πλατφόρμα:Παρέχετε εξαιρετική εξυπηρέτηση από την επεξεργασία δείγματος, την κατασκευή βιβλιοθηκών και την αλληλουχία στην ανάλυση βιοπληροφορικής.
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Με τα έργα αλληλουχίας RRBS που ολοκληρώθηκαν με επιτυχία σε ένα ευρύ φάσμα ειδών, το BMKGENE φέρνει μια δεκαετία εμπειρίας, μια ομάδα ανάλυσης υψηλής εξειδίκευσης, ολοκληρωμένο περιεχόμενο και εξαιρετική υποστήριξη μετά την πώληση.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενη έξοδος δεδομένων | Ποιοτικός έλεγχος |
| Η MSPI αφομοιώθηκε και η βιβλιοθήκη που υποβλήθηκε σε αγωγή με διόλι | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Μετατροπή δισουλφίτη> 99% Αποδοτικότητα κοπής MSPI> 95% |
Απαιτήσεις δειγματοληψίας
| Συγκέντρωση (ng/μL) | Συνολικό ποσό (μg) |
| |
| Γονιδιωματικό ϋΝΑ | ≥ 30 | ≥ 1 | Περιορισμένη αποικοδόμηση ή μόλυνση |
Ροή εργασίας
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας πρώτης αλληλουχίας.
● Χαρτογράφηση στο γονιδίωμα αναφοράς.
● Ανίχνευση 5mc μεθυλιωμένων βάσεων και αναγνώρισης μοτίβου.
● Ανάλυση της διανομής μεθυλίωσης και της σύγκρισης δείγματος.
● Ανάλυση διαφορικά μεθυλιωμένων περιοχών (DMRs).
● Λειτουργικός σχολιασμός γονιδίων που σχετίζονται με DMRs.
Έλεγχος ποιότητας: Αποδοτικότητα πέψης (στη χαρτογράφηση γονιδιώματος)
Έλεγχος ποιότητας: Μετατροπή δισουλφίτη (στην εξαγωγή πληροφοριών μεθυλίωσης)
Χάρτης μεθυλίωσης: Διανομή γονιδιώματος 5mc μεθυλίωσης
Σύγκριση δείγματος: Ανάλυση κύριας συνιστώσας
Διαφορικά μεθυλιωμένες περιοχές (DMRS) Ανάλυση: HeatMap
Εξερευνήστε τις ερευνητικές εξελίξεις που διευκολύνθηκαν από τις υπηρεσίες αλληλουχίας του Bmkgene ολόκληρου του γονιδιώματος δισουλφίτη μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Li, Z. et αϊ. (2022) «επαναπρογραμματισμός υψηλής πιστότητας σε κύτταρα τύπου Leydig με ενεργοποίηση CRISPR και παρακρινικούς παράγοντες»,Pnas nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Tian, Η. Et αϊ. (2023) «Ανάλυση μεθυλίωσης DNA σε όλο το γονιδίωμα της σύνθεσης σώματος στα κινεζικά μονοζυγωτικά δίδυμα»,European Journal of Clinical Investigation, 53 (11), σελ. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
Wu, Υ. Et αϊ. (2022) «Μεθυλίωση DNA και αναλογία μέσης προς ισχίο: μελέτη συσχέτισης επιγεμόμισης σε κινεζικά μονοζυγωτικά δίδυμα»,Εφημερίδα της ενδοκρινολογικής έρευνας, 45 (12), σελ. 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
